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2ocv

Structural basis of Na+ activation mimicry in murine thrombin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 64.7 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thrombin

Mus musculus

UniProt P19221

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 319–360 链 B； UniProt 361–618 未记录 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；295 K；25% PEG 2000 MME, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 6.50 分辨率 2.20 Å R-free 0.246
2 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 319–360 链 B； UniProt 361–618 未记录 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；295 K；25% PEG 2000 MME, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 6.50 分辨率 2.20 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2OCV Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2PUX Crystal structure of murine thrombin in complex with the extracellular fragment of murine PAR3 提交 2007-05-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 317–360（44 aa）
链 B 361–618（258 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；20% PEG 10000, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.00 Å R-free 0.225
2PV9 Crystal structure of murine thrombin in complex with the extracellular fragment of murine PAR4 提交 2007-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 317–360（44 aa）
链 B 361–618（258 aa）
突变：S195A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；295 K；20% PEG 3350, 200 mM MgSO4, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.50 Å R-free 0.319
2PV9 Crystal structure of murine thrombin in complex with the extracellular fragment of murine PAR4 提交 2007-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 317–360（44 aa）
链 B 361–618（258 aa）
突变：S195A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；295 K；20% PEG 3350, 200 mM MgSO4, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.50 Å R-free 0.319
3EDX Crystal structure of the W215A/E217A mutant of murine thrombin 提交 2008-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 317–360（44 aa）
链 B 361–618（258 aa）
突变：W215A, E217A SO4 SULFATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；295 K；0.2M NA2SO4, 20 % PEG 3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.40 Å R-free 0.243
3EDX Crystal structure of the W215A/E217A mutant of murine thrombin 提交 2008-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 317–360（44 aa）
链 D 361–618（258 aa）
突变：W215A, E217A SO4 SULFATE ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；295 K；0.2M NA2SO4, 20 % PEG 3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.40 Å R-free 0.243
3EDX Crystal structure of the W215A/E217A mutant of murine thrombin 提交 2008-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 317–360（44 aa）
链 F 361–618（258 aa）
突变：W215A, E217A SO4 SULFATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；295 K；0.2M NA2SO4, 20 % PEG 3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.40 Å R-free 0.243
3HK3 Crystal structure of murine thrombin mutant W215A/E217A (one molecule in the asymmetric unit) 提交 2009-05-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 317–360（44 aa） 片段：Light chain: UNP residues 317-360
链 B 361–618（258 aa） 片段：Heavy chain: UNP residues 361-618
突变：W215A, E217A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；295 K；200mM Ammonium chloride, 20% PEG 3350, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.94 Å R-free 0.235
3HK6 Crystal structure of murine thrombin mutant W215A/E217A (two molecules in the asymmetric unit) 提交 2009-05-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 317–360（44 aa） 片段：Light chain: UNP residues 317-360
链 B 361–618（258 aa） 片段：Heavy chain: UNP residues 361-618
突变：W215A, E217A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；200mM Ammonium dihydrogen phosphate, 14% PEG 3350, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.20 Å R-free 0.314
3HK6 Crystal structure of murine thrombin mutant W215A/E217A (two molecules in the asymmetric unit) 提交 2009-05-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 317–360（44 aa） 片段：Light chain: UNP residues 317-360
链 D 361–618（258 aa） 片段：Heavy chain: UNP residues 361-618
突变：W215A, E217A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；200mM Ammonium dihydrogen phosphate, 14% PEG 3350, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.20 Å R-free 0.314
3HKI Crystal structure of murine thrombin mutant W215A/E217A in complex with the extracellular fragment of human PAR1 提交 2009-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 317–360（44 aa） 片段：Light chain: UNP residues 317-360
链 B 361–618（258 aa） 片段：Heavy chain: UNP residues 361-618
突变：W215A, E217A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100mM Tris-HCl pH 8.5, 20% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.20 Å R-free 0.261
3HKI Crystal structure of murine thrombin mutant W215A/E217A in complex with the extracellular fragment of human PAR1 提交 2009-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 317–360（44 aa） 片段：Light chain: UNP residues 317-360
链 E 361–618（258 aa） 片段：Heavy chain: UNP residues 361-618
突变：W215A, E217A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100mM Tris-HCl pH 8.5, 20% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.20 Å R-free 0.261

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 THRB_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 15–28； UniProt 319–360 作者链 B； PDB构建体 1–258； UniProt 361–618

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2ocv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2ocv
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2ocv
沉积日期 deposition_date2006-12-21
结构标题 titleStructural basis of Na+ activation mimicry in murine thrombin
关键词 keywordsSERINE PROTEASE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.20 Å
零角强度 I(0) i018650700.00
分子量 molecular_weight33643.0 kDa
排除体积 excluded_volume42502 ų
包络体积 envelope_volume48215 ų
水化壳体积 shell_volume21366 ų
包络直径 envelope_diameter68.8 Å
壳层 Rg shell_rg25.36 Å
包络 Rg envelope_rg18.65 Å
形状 Rg shape_rg18.16 Å
总 Rg total_rg19.32 Å
总原子数 total_atoms2369
残基数 n_residues237
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.7 Å
Rg (实空间) rg_real19.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real1.8650e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6050e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal18650000.0000
解质量估计 total_estimate0.6291
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary25.5 Å
偏度 Skewness skewness0.192
峰度 Kurtosis kurtosis-0.222
角度范围 angular_range— – 0.4100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7689000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.710; Stabil: 0.992; Sysdev: 0.356; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2ocvB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2ocvB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)