2oev

Crystal structure of ALIX/AIP1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 159.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Programmed cell death 6-interacting protein

Homo sapiens

UniProt Q8WUM4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–698 片段:Bro1-V Domains, residues 1-698 突变:K268Y, K269Y 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;286 K;8% PEG 4000, 0.1M ammonium acetate, 0.1M magnesium acetate, 0.05M hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K 分辨率 3.30 Å R-free 0.317

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PDC6I_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 8–705; UniProt 1–698

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2oev

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2oev
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2oev
沉积日期 deposition_date2007-01-01
结构标题 titleCrystal structure of ALIX/AIP1
关键词 keywordscoiled-coil, tetratricopeptide repeat, TPR, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.79
零角强度 I(0) i092480800.00
分子量 molecular_weight77968.0 kDa
排除体积 excluded_volume97923 ų
包络体积 envelope_volume148550 ų
水化壳体积 shell_volume32351 ų
包络直径 envelope_diameter161.3
壳层 Rg shell_rg41.03
包络 Rg envelope_rg44.04
形状 Rg shape_rg44.79
总 Rg total_rg44.53
总原子数 total_atoms5486
残基数 n_residues697
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax159.5
Rg (实空间) rg_real47.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.88
I(0) (实空间) i0_real9.3230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.11
I(0) (倒空间) i0_reciprocal92410000.0000
解质量估计 total_estimate0.5390
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary31.0
偏度 Skewness skewness0.580
峰度 Kurtosis kurtosis-0.427
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha2.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4884000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.616; Stabil: 0.903; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.293; Smooth: 0.169

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2oevA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily280 — alix/aip1 like domains
结构域编号 domain_id2oevA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily560 — alix/aip1 in complex with the ypdl late domain
结构域编号 domain_id2oevA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — alix/aip1 like domains

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)