2oj2

NMR Structure Analysis of the Hematopoetic Cell Kinase SH3 Domain complexed with an artificial high affinity ligand (PD1)

Method: SOLUTION NMR Dmax: 96.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hematopoetic Cell Kinase, SH3 domain

Homo sapiens

UniProt P08631

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 60–140 片段:SH3 artificial peptide PD1 × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.7;298 K;离子强度(mmCIF原始值)20mM KPO4, 20mM NaCl;压力 1 NMR样品组成:1.3mM Hck-SH3 U-13C, U-15N: 1.3mM PD1, 20mM KPO4, 20mM NaCl, pH=6.7 | 93% H2O/7% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、59 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HCK_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–86; UniProt 60–140

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2oj2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2oj2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2oj2
沉积日期 deposition_date2007-01-12
结构标题 titleNMR Structure Analysis of the Hematopoetic Cell Kinase SH3 Domain complexed with an artificial high affinity ligand (PD1)
关键词 keywordshuman Hck; SH3; Src-type tyrosine kinase; NMR, SIGNALING PROTEIN, TRANSFERASE-INHIBITOR COMPLEX; SIGNALING PROTEIN,TRANSFERASE/INHIBITOR
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.73
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.15
零角强度 I(0) i0685560000.00
分子量 molecular_weight217100.0 kDa
排除体积 excluded_volume269880 ų
包络体积 envelope_volume92886 ų
水化壳体积 shell_volume25127 ų
包络直径 envelope_diameter113.8
壳层 Rg shell_rg35.53
包络 Rg envelope_rg37.53
形状 Rg shape_rg20.13
总 Rg total_rg20.64
总原子数 total_atoms30060
残基数 n_residues1960
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax96.4
Rg (实空间) rg_real20.86
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.33
I(0) (实空间) i0_real6.8560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0560e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.68
I(0) (倒空间) i0_reciprocal685500000.0000
解质量估计 total_estimate0.6157
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary16.3
偏度 Skewness skewness1.159
峰度 Kurtosis kurtosis0.938
角度范围 angular_range— – 0.4050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha833000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.001; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.000; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2oj2A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)