2ol3

crystal structure of BM3.3 ScFV TCR in complex with PBM8-H-2KBM8 MHC class I molecule

Method: X-RAY DIFFRACTION
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BM3.3 T-CELL RECEPTOR ALPHA-CHAIN

Mus musculus

UniProt Q5R1F1

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 5 BM3.3 T-CELL RECEPTOR BETA-CHAIN × 1 (P04214) ALLOGENEIC H-2KBM8 MHC CLASS I MOLECULE × 1 (P01901) Beta-2-microglobulin × 1 (P01887) NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PBM8 × 1 (Q91YE7) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q5R1F1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–94; UniProt 23–116

BM3.3 T-CELL RECEPTOR BETA-CHAIN

Mus musculus

UniProt P04214

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 5 BM3.3 T-CELL RECEPTOR ALPHA-CHAIN × 1 (Q5R1F1) ALLOGENEIC H-2KBM8 MHC CLASS I MOLECULE × 1 (P01901) Beta-2-microglobulin × 1 (P01887) NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PBM8 × 1 (Q91YE7) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TVB6_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–95; UniProt 22–116

ALLOGENEIC H-2KBM8 MHC CLASS I MOLECULE

Mus musculus

UniProt P01901

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 5 BM3.3 T-CELL RECEPTOR ALPHA-CHAIN × 1 (Q5R1F1) BM3.3 T-CELL RECEPTOR BETA-CHAIN × 1 (P04214) Beta-2-microglobulin × 1 (P01887) NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PBM8 × 1 (Q91YE7) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HA1B_MOUSE
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–279; UniProt 22–300

Beta-2-microglobulin

Mus musculus

UniProt P01887

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 5 BM3.3 T-CELL RECEPTOR ALPHA-CHAIN × 1 (Q5R1F1) BM3.3 T-CELL RECEPTOR BETA-CHAIN × 1 (P04214) ALLOGENEIC H-2KBM8 MHC CLASS I MOLECULE × 1 (P01901) NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PBM8 × 1 (Q91YE7) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_MOUSE
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119

NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PBM8

物种未注明

UniProt Q91YE7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 5 BM3.3 T-CELL RECEPTOR ALPHA-CHAIN × 1 (Q5R1F1) BM3.3 T-CELL RECEPTOR BETA-CHAIN × 1 (P04214) ALLOGENEIC H-2KBM8 MHC CLASS I MOLECULE × 1 (P01901) Beta-2-microglobulin × 1 (P01887) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RBM5_MOUSE
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–8; UniProt 484–491

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2ol3
沉积日期 deposition_date2007-01-18
结构标题 titlecrystal structure of BM3.3 ScFV TCR in complex with PBM8-H-2KBM8 MHC class I molecule
关键词 keywordsT CELL RECEPTOR, CLASS I MHC, H-2KBm8, TCR-PMHC COMPLEX, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ol3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ol3__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ol3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)31.08 Å
Rg(电子密度)31.23 Å
总 Rg31.76 Å
原子数4996
残基数615
排除体积88424 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2ol3__assembly_1__model_1 pentameric (5) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd2ol3a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd2ol3b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd2ol3h1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd2ol3h2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain
结构域编号 domain_idd2ol3l2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd2ol3l3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id2ol3A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2ol3B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2ol3H01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id2ol3H02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2ol3L00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
▶

7. 引用文献 (1)