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2op3

The structure of cathepsin S with a novel 2-arylphenoxyacetaldehyde inhibitor derived by the Substrate Activity Screening (SAS) method

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cathepsin S

Homo sapiens

UniProt P25774

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 SULFATE ION × 1 2-[(2',3',4'-TRIFLUOROBIPHENYL-2-YL)OXY]ETHANOL × 1 2,5,8,11,14,17,20,23,26,29,32,35,38,41,44,47,50,53,56,59,62,65,68,71,74,77,80-HEPTACOSAOXADOOCTACONTAN-82-OL × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 2-[(2',3',4'-TRIFLUOROBIPHENYL-2-YL)OXY]ETHANOL × 1 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 4 SULFATE ION × 2 2-[(2',3',4'-TRIFLUOROBIPHENYL-2-YL)OXY]ETHANOL × 4 2,5,8,11,14,17,20,23,26,29,32,35,38,41,44,47,50,53,56,59,62,65,68,71,74,77,80-HEPTACOSAOXADOOCTACONTAN-82-OL × 2 water × 4 与蛋白数一致
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 SULFATE ION × 2 2-[(2',3',4'-TRIFLUOROBIPHENYL-2-YL)OXY]ETHANOL × 2 2,5,8,11,14,17,20,23,26,29,32,35,38,41,44,47,50,53,56,59,62,65,68,71,74,77,80-HEPTACOSAOXADOOCTACONTAN-82-OL × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1glo 1ms6 1npz 1npz 1nqc 2c0y 2f1g 2f1g 2fra 2fra 2frq 2frq

共 107 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
2hhn 2op3 4p6e 6yyn 6yyo 6yyp 6yyq 6yyq 6yyr

共 9 个 assembly

同源四聚体
2hhn 2hhn 2op3

共 3 个 assembly

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
8pi3 8rnd

共 2 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CATS_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–220； UniProt 112–331 作者链 B； PDB构建体 1–220； UniProt 112–331

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2op3
沉积日期 deposition_date2007-01-26
结构标题 titleThe structure of cathepsin S with a novel 2-arylphenoxyacetaldehyde inhibitor derived by the Substrate Activity Screening (SAS) method
关键词 keywordsCathepsin S, NONpeptidic, Substrate Activity Screening, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2op3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2op3__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2op3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）17.53 Å
Rg（电子密度）16.35 Å
总 Rg17.45 Å
原子数1730
残基数217
排除体积30536 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2op3__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2op3__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 2op3__assembly_3__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 2op3__assembly_4__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2op3a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamilyd.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family familyd.3.1.1 — Papain-like
结构域编号 domain_idd2op3b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamilyd.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family familyd.3.1.1 — Papain-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2op3A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cysteine proteinases
结构域编号 domain_id2op3B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cysteine proteinases
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7. 引用文献 (1)