SAXSdb — 2oqp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-21

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–155	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成：0.8mM IL21 U-15N, 20mM phosphate, 50mM NaCl, 1mM NaN3 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.8mM IL21 U-15N,13C, 20mM phosphate, 50mM NaCl, 1mM NaN3 \| 100% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2OQP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3TGX IL-21:IL21R complex 提交 2011-08-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–155（133 aa）片段：unp RESIDUES 23-155	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.3 K；1,8-1,9 M di-Ammonium sulphate and 0.1 M Sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.3K	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
3TGX IL-21:IL21R complex 提交 2011-08-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 23–155（133 aa）片段：unp RESIDUES 23-155	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.3 K；1,8-1,9 M di-Ammonium sulphate and 0.1 M Sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.3K	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
3TGX IL-21:IL21R complex 提交 2011-08-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 23–155（133 aa）片段：unp RESIDUES 23-155	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.3 K；1,8-1,9 M di-Ammonium sulphate and 0.1 M Sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.3K	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
3TGX IL-21:IL21R complex 提交 2011-08-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 23–155（133 aa）片段：unp RESIDUES 23-155	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.3 K；1,8-1,9 M di-Ammonium sulphate and 0.1 M Sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.3K	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
3TGX IL-21:IL21R complex 提交 2011-08-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 23–155（133 aa）片段：unp RESIDUES 23-155	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.3 K；1,8-1,9 M di-Ammonium sulphate and 0.1 M Sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.3K	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
3TGX IL-21:IL21R complex 提交 2011-08-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 23–155（133 aa）片段：unp RESIDUES 23-155	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.3 K；1,8-1,9 M di-Ammonium sulphate and 0.1 M Sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.3K	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
3TGX IL-21:IL21R complex 提交 2011-08-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 23–155（133 aa）片段：unp RESIDUES 23-155	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.3 K；1,8-1,9 M di-Ammonium sulphate and 0.1 M Sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.3K	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
3TGX IL-21:IL21R complex 提交 2011-08-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 23–155（133 aa）片段：unp RESIDUES 23-155	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.3 K；1,8-1,9 M di-Ammonium sulphate and 0.1 M Sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.3K	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
8ENT Interleukin-21 signaling complex with IL-21R and IL-2Rg 提交 2022-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 30–162（133 aa）	突变：N68Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1M Tris pH 8, 20% PEG 6000	分辨率 2.83 Å R-free 0.300
8ENT Interleukin-21 signaling complex with IL-21R and IL-2Rg 提交 2022-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 30–162（133 aa）	突变：N68Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1M Tris pH 8, 20% PEG 6000	分辨率 2.83 Å R-free 0.300
8ENT Interleukin-21 signaling complex with IL-21R and IL-2Rg 提交 2022-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 30–162（133 aa）	突变：N68Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1M Tris pH 8, 20% PEG 6000	分辨率 2.83 Å R-free 0.300
8ENT Interleukin-21 signaling complex with IL-21R and IL-2Rg 提交 2022-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 30–162（133 aa）	突变：N68Q	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1M Tris pH 8, 20% PEG 6000	分辨率 2.83 Å R-free 0.300

共 2 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL21_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–134； UniProt 23–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2oqp
沉积日期 deposition_date	2007-02-01
结构标题 title	Solution structure of human interleukin-21
关键词 keywords	FOUR HELIX BUNDLE, CYTOKINE, MULTIPLE CONFORMERS; CYTOKINE
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.67 Å
零角强度 I(0) i0	1473110000.00
分子量 molecular_weight	311700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	385530 Å³
包络体积 envelope_volume	54219 Å³
水化壳体积 shell_volume	22364 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.4 Å
壳层 Rg shell_rg	26.86 Å
包络 Rg envelope_rg	20.34 Å
形状 Rg shape_rg	15.65 Å
总 Rg total_rg	15.95 Å
总原子数 total_atoms	43660
残基数 n_residues	2680
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	53.9 Å
Rg (实空间) rg_real	16.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4730e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6390e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1473000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8122
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.273
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.356
角度范围 angular_range	— – 0.4850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	927700.0000
实空间数据点数 n_real_points	79
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.853; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2oqpa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamily	a.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family family	a.26.1.2 — Short-chain cytokines

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2oqpA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Interleukin-15/Interleukin-21

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	Interleukin-21
分子量 formula_weight	15622.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	43660

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli str. K12 substr. W3110

fit	/app/data/saxs_computation/oq/2oqp/2oqp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oq/2oqp/2oqp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oq/2oqp/2oqp.dat

Solution structure of human interleukin-21

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-21

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)