8ent

Interleukin-21 signaling complex with IL-21R and IL-2Rg

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 198.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ent
沉积日期 deposition_date	2022-09-30
结构标题 title	Interleukin-21 signaling complex with IL-21R and IL-2Rg
关键词 keywords	IL-21, receptor, complex, signaling, CYTOKINE, CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR complex; CYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.88 Å
零角强度 I(0) i0	744706000.00
分子量 molecular_weight	224140.0 kDa
排除体积 excluded_volume	278700 Å³
包络体积 envelope_volume	436790 Å³
水化壳体积 shell_volume	67715 Å³
包络直径 envelope_diameter	211.7 Å
壳层 Rg shell_rg	56.38 Å
包络 Rg envelope_rg	54.14 Å
形状 Rg shape_rg	55.82 Å
总 Rg total_rg	56.09 Å
总原子数 total_atoms	15780
残基数 n_residues	1888
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	198.5 Å
Rg (实空间) rg_real	55.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6380e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	744100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8531
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	70.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.429
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.202
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	32080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.803; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.909; Smooth: 0.769

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Interleukin-21
分子量 formula_weight	16704.0 kDa
突变 mutation	N68Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	15852

QGQDRHMIRMRQLIDIVDQLKNYVNDLVPEFLPAPEDVETNCEWSAFSCFQKAQLKSANTGNNERIIQVSIKKLKRKPPSTNAGRRQKHRLTCPSCDSYEKKPPKEFLERFKSLLQKMIHQHLSSRTHGSEDSGAPGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Interleukin-21 receptor
分子量 formula_weight	27465.5 kDa
突变 mutation	N78Q, N85Q, N106D, N116Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

CPDLVCYTDYLQTVICILEMWNLHPSTLTLTWQDQYEELKDEATSCSLHRSAHNATHATYTCHMDVFHFMADDIFSVQITDQSGQYSQECGSFLLAESIKPAPPFDVTVTFSGQYQISWRSDYEDPAFYMLKGKLQYELQYRNRGDPWAVSPRRKLISVDSRSVSLLPLEFRKDSSYELQVRAGPMPGSSYQGTWSEWSDPVIFQTQSEEKAASGRGLNDIFEAQKIEWHEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	Cytokine receptor common subunit gamma
分子量 formula_weight	24951.8 kDa
突变 mutation	N53Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I

PLPLPEVQCFVFNVEYMNCTWQSSSEPQPTNLTLHYWYKNSDNDKVQKCSHYLFSEEITSGCQLQKKEIHLYQTFVVQLQDPREPRRQATQMLKLQNLVIPWAPENLTLHKLSESQLELNWNNRFLNHCLEHLVQYRTDWDHSWTEQSVDYRHKFSLPSVDGQKRYTFRVRSRFNPLCGSAQHWSEWSHPIHWGSNTSKENHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	55

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	66.167 Å
晶胞边长 b length_b	66.464 Å
晶胞边长 c length_c	162.684 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	83.34 °
晶胞夹角 β angle_beta	83.71 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	73.10 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.830 Å
最低分辨率 resolution_low	48.170 Å
R 因子 r_factor	0.2551
R_work r_work	0.2536
R_free r_free	0.2997

fit	/app/data/saxs_computation/en/8ent/8ent.fit
pddf	/app/data/pr_computation/en/8ent/8ent.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/en/8ent/8ent.dat

Interleukin-21 signaling complex with IL-21R and IL-2Rg

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)