9e2t

Structure of a de novo designed interleukin-21 mimetic complex with IL-21R and IL-2Rg

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 205.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e2t
沉积日期 deposition_date	2024-10-22
结构标题 title	Structure of a de novo designed interleukin-21 mimetic complex with IL-21R and IL-2Rg
关键词 keywords	cytokine, immunology, interleukin, DE NOVO PROTEIN, DE NOVO PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; DE NOVO PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	63.56 Å
零角强度 I(0) i0	530020000.00
分子量 molecular_weight	187850.0 kDa
排除体积 excluded_volume	233370 Å³
包络体积 envelope_volume	357470 Å³
水化壳体积 shell_volume	54766 Å³
包络直径 envelope_diameter	226.1 Å
壳层 Rg shell_rg	49.56 Å
包络 Rg envelope_rg	63.82 Å
形状 Rg shape_rg	63.57 Å
总 Rg total_rg	63.09 Å
总原子数 total_atoms	13210
残基数 n_residues	1591
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	205.3 Å
Rg (实空间) rg_real	63.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2990e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1630e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	60.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	527600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6955
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.621
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.522
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	18740000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.503; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.511; Smooth: 0.023

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	21h10
分子量 formula_weight	12186.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,I
原子数 atom_count	13255

DEEELKEIMKEAAECARKELEKLDNTDEDTRWLKITLKKIVRMANRIVRMREREADSKRFEIRMRGLIDIADHVKREFASEDLKEVMERAKSAAQKALGRWL

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Interleukin-21 receptor
分子量 formula_weight	24405.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,J

ADPCPDLVCYTDYLQTVICILEMWNLHPSTLTLTWQDQYEELKDEATSCSLHRSAHNATHATYTCHMDVFHFMADDIFSVQITDQSGQYSQECGSFLLAESIKPAPPFDVTVTFSGQYQISWRSDYEDPAFYMLKGKLQYELQYRNRGDPWAVSPRRKLISVDSRSVSLLPLEFRKDSSYELQVRAGPMPGSSYQGTWSEWSDPVIFQTQSE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	Cytokine receptor common subunit gamma
分子量 formula_weight	24295.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

ADPLPLPEVQCFVFNVEYMNCTWNSSSEPQPTNLTLHYWYKNSDNDKVQKCSHYLFSEEITSGCQLQKKEIHLYQTFVVQLQDPREPRRQATQMLKLQNLVIPWAPENLTLHKLSESQLELNWNNRFLNHCLEHLVQYRTDWDHSWTEQSVDYRHKFSLPSVDGQKRYTFRVRSRFNPLCGSAQHWSEWSHPIHWGSNTSKEN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	31

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	75.499 Å
晶胞边长 b length_b	78.082 Å
晶胞边长 c length_c	101.219 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	94.63 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	114.55 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.280 Å
最低分辨率 resolution_low	41.170 Å
R 因子 r_factor	0.2006
R_work r_work	0.1988
R_free r_free	0.2422

fit	/app/data/saxs_computation/e2/9e2t/9e2t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e2/9e2t/9e2t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e2/9e2t/9e2t.dat

Structure of a de novo designed interleukin-21 mimetic complex with IL-21R and IL-2Rg

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)