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2ovz

MMP-9 active site mutant with phosphinate inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Matrix metalloproteinase-9 (EC 3.4.24.35) (MMP-9) (92 kDa type IV collagenase) (92 kDa gelatinase) (Gelatinase B) (GELB)

Homo sapiens

UniProt P14780

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 2 CALCIUM ION × 5 CHLORIDE ION × 3 NALPHA-{(2S)-3-[(S)-HYDROXY(PHENYL)PHOSPHORYL]-2-[(3-PHENYLISOXAZOL-5-YL)METHYL]PROPANOYL}-L-TRYPTOPHANAMIDE × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 2 CALCIUM ION × 5 CHLORIDE ION × 1 NALPHA-{(2S)-3-[(S)-HYDROXY(PHENYL)PHOSPHORYL]-2-[(3-PHENYLISOXAZOL-5-YL)METHYL]PROPANOYL}-L-TRYPTOPHANAMIDE × 1 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 4 ZINC ION × 8 CALCIUM ION × 20 CHLORIDE ION × 8 NALPHA-{(2S)-3-[(S)-HYDROXY(PHENYL)PHOSPHORYL]-2-[(3-PHENYLISOXAZOL-5-YL)METHYL]PROPANOYL}-L-TRYPTOPHANAMIDE × 4 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1gkc 1gkc 1l6j 2ovx 2ovx 2ovz 2ovz 2ow0 2ow0 2ow1 2ow1 2ow2

共 42 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
1gkd 1itv 2ow0 2ow0 4h82 4h82 4hma 5ue4

共 8 个 assembly

同源四聚体
2ovx 2ovz 2ow0 2ow1 2ow2 5ue3

共 6 个 assembly

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
4jij 4jij 4jqg 4jqg 4jqg 5th9 5th9 5th9

共 8 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MMP9_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–106； UniProt 110–215 作者链 A； PDB构建体 107–159； UniProt 391–443 作者链 B； PDB构建体 1–106； UniProt 110–215 作者链 B； PDB构建体 107–159； UniProt 391–443

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2ovz
沉积日期 deposition_date2007-02-15
结构标题 titleMMP-9 active site mutant with phosphinate inhibitor
关键词 keywordsMATRIX METALLOPROTEINASE, S1-PRIME POCKET, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ovz__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ovz__assembly_3__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ovz__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）28.23 Å
Rg（电子密度）27.35 Å
总 Rg28.06 Å
原子数5216
残基数628
排除体积92351 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2ovz__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2ovz__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 2ovz__assembly_3__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2ovza_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain
结构域编号 domain_idd2ovzb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2ovzA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id2ovzB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
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7. 引用文献 (1)