2p2c

Inhibition of caspase-2 by a designed ankyrin repeat protein (DARPin)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 161.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 167–333 链 B； UniProt 348–452 链 C； UniProt 167–333 链 D； UniProt 348–452	片段：Residues 167-333 片段：Residues 348-452	Caspase-2 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；17% PEG 5000-MME, 0.1 M Tris-HOAc, 0.1 M KSCN, 30% ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.24 Å R-free 0.305
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 167–333 链 F； UniProt 348–452 链 G； UniProt 167–333 链 H； UniProt 348–452	片段：Residues 167-333 片段：Residues 348-452	Caspase-2 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；17% PEG 5000-MME, 0.1 M Tris-HOAc, 0.1 M KSCN, 30% ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.24 Å R-free 0.305
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 167–333 链 J； UniProt 348–452 链 K； UniProt 167–333 链 L； UniProt 348–452	片段：Residues 167-333 片段：Residues 348-452	Caspase-2 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；17% PEG 5000-MME, 0.1 M Tris-HOAc, 0.1 M KSCN, 30% ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.24 Å R-free 0.305

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2P2C	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1PYO Crystal Structure of Human Caspase-2 in Complex with Acetyl-Leu-Asp-Glu-Ser-Asp-cho 提交 2003-07-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 167–333（167 aa）片段：subunit p18, sequence database residues 151-316 链 B 348–452（105 aa）片段：subunit p12, sequence database residues 331-435 链 C 167–333（167 aa）片段：subunit p18, sequence database residues 151-316 链 D 348–452（105 aa）片段：subunit p12, sequence database residues 331-435	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；PEG 6000, MOPS, DTT, SUCROSE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.65 Å R-free 0.213
3R5J Crystal structure of active caspase-2 bound with Ac-ADVAD-CHO 提交 2011-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 175–333（159 aa）链 B 349–452（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.77 Å R-free 0.218
3R5J Crystal structure of active caspase-2 bound with Ac-ADVAD-CHO 提交 2011-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 175–333（159 aa）链 D 349–452（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.77 Å R-free 0.218
3R5J Crystal structure of active caspase-2 bound with Ac-ADVAD-CHO 提交 2011-03-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 175–333（159 aa）链 B 349–452（104 aa）链 C 175–333（159 aa）链 D 349–452（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.77 Å R-free 0.218
3R6G Crystal structure of active caspase-2 bound with Ac-VDVAD-CHO 提交 2011-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 175–333（159 aa）链 B 349–452（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.07 Å R-free 0.210
3R6G Crystal structure of active caspase-2 bound with Ac-VDVAD-CHO 提交 2011-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 175–333（159 aa）链 D 349–452（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.07 Å R-free 0.210
3R6G Crystal structure of active caspase-2 bound with Ac-VDVAD-CHO 提交 2011-03-21	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 175–333（159 aa）链 B 349–452（104 aa）链 C 175–333（159 aa）链 D 349–452（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.07 Å R-free 0.210
3R6L Caspase-2 T380A bound with Ac-VDVAD-CHO 提交 2011-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 175–333（159 aa）链 B 349–452（104 aa）	突变：T380A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.194
3R6L Caspase-2 T380A bound with Ac-VDVAD-CHO 提交 2011-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 175–333（159 aa）链 D 349–452（104 aa）	突变：T380A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.194
3R6L Caspase-2 T380A bound with Ac-VDVAD-CHO 提交 2011-03-21	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 175–333（159 aa）链 B 349–452（104 aa）链 C 175–333（159 aa）链 D 349–452（104 aa）	突变：T380A 突变：T380A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.194
3R7B Caspase-2 bound to one copy of Ac-DVAD-CHO 提交 2011-03-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 175–333（159 aa）链 B 349–452（104 aa）链 C 175–333（159 aa）链 D 349–452（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES (pH 7.0), 15% PEG 3350, 3mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
3R7N Caspase-2 bound with two copies of Ac-DVAD-CHO 提交 2011-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 175–333（159 aa）链 B 349–452（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.33 Å R-free 0.227
3R7N Caspase-2 bound with two copies of Ac-DVAD-CHO 提交 2011-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 175–333（159 aa）链 D 349–452（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.33 Å R-free 0.227
3R7N Caspase-2 bound with two copies of Ac-DVAD-CHO 提交 2011-03-22	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 175–333（159 aa）链 B 349–452（104 aa）链 C 175–333（159 aa）链 D 349–452（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.33 Å R-free 0.227
3R7S Crystal Structure of Apo Caspase2 提交 2011-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 175–333（159 aa）片段：UNP residues 175-333 链 B 349–452（104 aa）片段：UNP residues 349-452	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.25 Å R-free 0.226
3R7S Crystal Structure of Apo Caspase2 提交 2011-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 175–333（159 aa）片段：UNP residues 175-333 链 D 349–452（104 aa）片段：UNP residues 349-452	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.25 Å R-free 0.226
3R7S Crystal Structure of Apo Caspase2 提交 2011-03-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 175–333（159 aa）片段：UNP residues 175-333 链 B 349–452（104 aa）片段：UNP residues 349-452 链 C 175–333（159 aa）片段：UNP residues 175-333 链 D 349–452（104 aa）片段：UNP residues 349-452	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.25 Å R-free 0.226
3RJM CASPASE2 IN COMPLEX WITH CHDI LIGAND 33c 提交 2011-04-15	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 167–333（167 aa）片段：Residues 167-333 链 B 348–452（105 aa）片段：Residues 348-452 链 C 167–333（167 aa）片段：Residues 167-333 链 D 348–452（105 aa）片段：Residues 348-452	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；26% PEG 3500, 100MM MES PH 6.5 - PH 7.0, SITTING DROP, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 290K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.55 Å R-free 0.249
6S9K Structure of 14-3-3 gamma in complex with caspase-2 peptide containing 14-3-3 binding motif Ser139 and NLS 提交 2019-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 135–168（34 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；PEG 400, calcium chloride, HEPES, 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol	分辨率 1.60 Å R-free 0.221
6SAD Structure of 14-3-3 gamma in complex with double phosphorylated caspase-2 peptide on Ser139 and Ser164 提交 2019-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 135–168（34 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol	分辨率 2.75 Å R-free 0.271
8VP4 Crystal Structure of JF1cpCasp2 with Peptide Inhibitor AcVDVAD-CHO 提交 2024-01-16	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 334–448（115 aa）链 A 176–333（158 aa）链 B 334–448（115 aa）链 B 176–333（158 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M Sodium chloride, 20% w/v PEG 6000	分辨率 1.51 Å R-free 0.214
9C2Y Crystal Structure of JF1cpCasp2 in complex with MUR-65 提交 2024-05-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 334–448（115 aa）链 A 177–333（157 aa）链 B 334–448（115 aa）链 B 177–333（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M Sodium chloride, 20% w/v PEG 6000	分辨率 1.96 Å R-free 0.248
9C2Y Crystal Structure of JF1cpCasp2 in complex with MUR-65 提交 2024-05-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 334–448（115 aa）链 C 177–333（157 aa）链 D 334–448（115 aa）链 D 177–333（157 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M Sodium chloride, 20% w/v PEG 6000	分辨率 1.96 Å R-free 0.248

共 12 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CASP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–169； UniProt 167–333 作者链 C； PDB构建体 3–169； UniProt 167–333 作者链 E； PDB构建体 3–169； UniProt 167–333 作者链 G； PDB构建体 3–169； UniProt 167–333 作者链 I； PDB构建体 3–169； UniProt 167–333 作者链 K； PDB构建体 3–169； UniProt 167–333 作者链 B； PDB构建体 2–106； UniProt 348–452 作者链 D； PDB构建体 2–106； UniProt 348–452 作者链 F； PDB构建体 2–106； UniProt 348–452 作者链 H； PDB构建体 2–106； UniProt 348–452 作者链 J； PDB构建体 2–106； UniProt 348–452 作者链 L； PDB构建体 2–106； UniProt 348–452

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2p2c
沉积日期 deposition_date	2007-03-07
结构标题 title	Inhibition of caspase-2 by a designed ankyrin repeat protein (DARPin)
关键词 keywords	;apoptosis, caspase, caspase-2, inhibition, protein design, protein libraries, designed ankyrin repeat proteins, ribosome display, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.59 Å
零角强度 I(0) i0	1107290000.00
分子量 molecular_weight	273930.0 kDa
排除体积 excluded_volume	341010 Å³
包络体积 envelope_volume	505130 Å³
水化壳体积 shell_volume	80140 Å³
包络直径 envelope_diameter	169.1 Å
壳层 Rg shell_rg	57.28 Å
包络 Rg envelope_rg	49.84 Å
形状 Rg shape_rg	51.62 Å
总 Rg total_rg	51.67 Å
总原子数 total_atoms	19256
残基数 n_residues	2464
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	161.7 Å
Rg (实空间) rg_real	51.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1070e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1100e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1108000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8692
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	75.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.108
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.682
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	84950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.449

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Caspase-2
分子量 formula_weight	19006.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K
原子数 atom_count	19285

MANKDGPLCLQVKPCTPEFYQTHFQLAYRLQSRPRGLALVLSNVHFTGEKELEFRSGGDVDHSTLVTLFKLLGYDVHVLCDQTAQEMQEKLQNFAQLPAHRVTDSCIVALLSHGVEGAIYGVDGKLLQLQEVFQLFDNANCPSLQNKPKMFFIQACRGDETDRGVDQQD

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Caspase-2
分子量 formula_weight	12052.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L

MAGKEKLPKMRLPTRSDMICGYACLKGTAAMRNTKRGSWYIEALAQVFSERACDMHVADMLVKVNALIKDREGYAPGTEFHRCKEMSEYCSTLCRHLYLFPGHPPT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Caspase-2
分子量 formula_weight	18444.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q,R,S,T,U

MRGSHHHHHHGSDLGKKLLEAARAGQDDEVRILMANGADVNATDWLGHTPLHLAAKTGHLEIVEVLLKYGADVNAWDNYGATPLHLAADNGHLEIVEVLLKHGADVNAKDYEGFTPLHLAAYDGHLEIVEVLLKYGADVNAQDKFGKTAFDISIDNGNEDLAEILQKLN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	29

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	2p2cA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	2p2cB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1470 — Caspase-like

结构域编号 domain_id	2p2cC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	2p2cD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1470 — Caspase-like

结构域编号 domain_id	2p2cE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	2p2cF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1470 — Caspase-like

结构域编号 domain_id	2p2cG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	2p2cH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1470 — Caspase-like

结构域编号 domain_id	2p2cI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	2p2cJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1470 — Caspase-like

结构域编号 domain_id	2p2cK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	2p2cL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1470 — Caspase-like

结构域编号 domain_id	2p2cP00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

结构域编号 domain_id	2p2cQ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

结构域编号 domain_id	2p2cR00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

结构域编号 domain_id	2p2cS00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

结构域编号 domain_id	2p2cT00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

结构域编号 domain_id	2p2cU00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.020 Å
晶胞边长 b length_b	229.210 Å
晶胞边长 c length_c	114.930 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.11 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.240 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2620
R_free r_free	0.3050

fit	/app/data/saxs_computation/p2/2p2c/2p2c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p2/2p2c/2p2c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p2/2p2c/2p2c.dat

Inhibition of caspase-2 by a designed ankyrin repeat protein (DARPin)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)