SAXSdb — 2p63

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division control protein 4

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 222–273 链 B； UniProt 222–273 链 C； UniProt 222–273 链 D； UniProt 222–273	片段：D Domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；300 K；50%MPD, 100 mM (NH4)H2PO4 ph 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.67 Å R-free 0.279
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 222–273 链 D； UniProt 222–273	片段：D Domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；300 K；50%MPD, 100 mM (NH4)H2PO4 ph 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.67 Å R-free 0.279
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 222–273 链 B； UniProt 222–273	片段：D Domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；300 K；50%MPD, 100 mM (NH4)H2PO4 ph 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.67 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2P63	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1NEX Crystal Structure of ScSkp1-ScCdc4-CPD peptide complex 提交 2002-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 263–744（482 aa）片段：residues 601-604 and 609-624 deleted	突变：C608L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Ammonium Sulphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.273
1NEX Crystal Structure of ScSkp1-ScCdc4-CPD peptide complex 提交 2002-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 263–744（482 aa）片段：residues 601-604 and 609-624 deleted	突变：C608L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Ammonium Sulphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.273
3MKS Crystal Structure of yeast Cdc4/Skp1 in complex with an allosteric inhibitor SCF-I2 提交 2010-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 263–744（482 aa）片段：UNP Residues 263-744 with 602-605 and 609-624 deleted 链 D 263–744（482 aa）片段：UNP Residues 263-744 with 602-605 and 609-624 deleted	未记录	SO4 SULFATE ION × 11 C1C 1,1'-binaphthalene-2,2'-dicarboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；1.5 M Ammonium sulfate, 100mM Tris pH 8.5, 15% glycerol, 1mM SCF-I2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
3MKS Crystal Structure of yeast Cdc4/Skp1 in complex with an allosteric inhibitor SCF-I2 提交 2010-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 263–744（482 aa）片段：UNP Residues 263-744 with 602-605 and 609-624 deleted	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；1.5 M Ammonium sulfate, 100mM Tris pH 8.5, 15% glycerol, 1mM SCF-I2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
3MKS Crystal Structure of yeast Cdc4/Skp1 in complex with an allosteric inhibitor SCF-I2 提交 2010-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 263–744（482 aa）片段：UNP Residues 263-744 with 602-605 and 609-624 deleted	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 C1C 1,1'-binaphthalene-2,2'-dicarboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；1.5 M Ammonium sulfate, 100mM Tris pH 8.5, 15% glycerol, 1mM SCF-I2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
3V7D Crystal Structure of ScSkp1-ScCdc4-pSic1 peptide complex 提交 2011-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 263–744（482 aa）片段：UNP residues 263-744	突变：C608L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammonium Sulphate, 0.1 M Hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.31 Å R-free 0.221
3V7D Crystal Structure of ScSkp1-ScCdc4-pSic1 peptide complex 提交 2011-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 263–744（482 aa）片段：UNP residues 263-744	突变：C608L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammonium Sulphate, 0.1 M Hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.31 Å R-free 0.221

共 3 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDC4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–56； UniProt 222–273 作者链 B； PDB构建体 5–56； UniProt 222–273 作者链 C； PDB构建体 5–56； UniProt 222–273 作者链 D； PDB构建体 5–56； UniProt 222–273

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2p63
沉积日期 deposition_date	2007-03-16
结构标题 title	Suprafacial orientation of the SCFCdc4 dimer accommodates multiple geometries for substrate ubiquitination
关键词 keywords	ubiquitination, helix bundle, scf complex, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.61 Å
零角强度 I(0) i0	10624900.00
分子量 molecular_weight	23966.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29917 Å³
包络体积 envelope_volume	37922 Å³
水化壳体积 shell_volume	16968 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.8 Å
壳层 Rg shell_rg	24.79 Å
包络 Rg envelope_rg	19.75 Å
形状 Rg shape_rg	19.64 Å
总 Rg total_rg	20.34 Å
总原子数 total_atoms	1678
残基数 n_residues	203
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.5 Å
Rg (实空间) rg_real	20.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6010e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7756
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	26.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.343
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.105
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1238000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.699; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2p63A01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	30 — Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Cdc4 dimerisation domain-like

结构域编号 domain_id	2p63B01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	30 — Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Cdc4 dimerisation domain-like

结构域编号 domain_id	2p63C01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	30 — Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Cdc4 dimerisation domain-like

结构域编号 domain_id	2p63D01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	30 — Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Cdc4 dimerisation domain-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	37.816 Å
晶胞边长 b length_b	37.816 Å
晶胞边长 c length_c	298.118 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.670 Å
最低分辨率 resolution_low	49.690 Å
R 因子 r_factor	0.2240
R_work r_work	0.2197
R_free r_free	0.2785

描述 description	Cell division control protein 4
分子量 formula_weight	6429.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	1742

Suprafacial orientation of the SCFCdc4 dimer accommodates multiple geometries for substrate ubiquitination

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division control protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	37

fit	/app/data/saxs_computation/p6/2p63/2p63.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p6/2p63/2p63.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p6/2p63/2p63.dat