2pe5

Crystal Structure of the Lac Repressor bound to ONPG in repressed state

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 168.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lactose operon repressor

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 2–331 链 B； UniProt 2–331	片段：sequence database residues 2-331 突变：S61L	;DNA (5'-D(DAPDAPDTPDTPDGPDTPDGPDAPDGPDCPDGPDCPDTPDCPDAPDCPDAPDAPDTPDT)-3') ; × 2 145 2-nitrophenyl beta-D-galactopyranoside × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；281 K；1.8 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5. 11% PEG 400, 14% glycerol, 10X ONPG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K	分辨率 3.50 Å R-free 0.287
2	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 2–331	片段：sequence database residues 2-331 突变：S61L	;DNA (5'-D(DAPDAPDTPDTPDGPDTPDGPDAPDGPDCPDGPDCPDTPDCPDAPDCPDAPDAPDTPDT)-3') ; × 2 145 2-nitrophenyl beta-D-galactopyranoside × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；281 K；1.8 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5. 11% PEG 400, 14% glycerol, 10X ONPG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K	分辨率 3.50 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2PE5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CJG NMR STRUCTURE OF LAC REPRESSOR HP62-DNA COMPLEX 提交 1999-04-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–62（62 aa）片段：HEADPIECE, RESIDUES 1 - 62 链 B 1–62（62 aa）片段：HEADPIECE, RESIDUES 1 - 62	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；315 K；离子强度（mmCIF原始值）SEE ARTICLE；压力 1 NMR样品组成 SEE ARTICLE	分辨率未提供
1EFA CRYSTAL STRUCTURE OF THE LAC REPRESSOR DIMER BOUND TO OPERATOR AND THE ANTI-INDUCER ONPF 提交 2000-02-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–333（333 aa）片段：RESIDUES 1-333 链 B 1–333（333 aa）片段：RESIDUES 1-333	突变：ALA109THR 突变：ALA109THR	NPF 2-nitrophenyl beta-D-fucopyranoside × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；ammonium sulfate, PEG 400, HEPES, Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
1EFA CRYSTAL STRUCTURE OF THE LAC REPRESSOR DIMER BOUND TO OPERATOR AND THE ANTI-INDUCER ONPF 提交 2000-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–333（333 aa）片段：RESIDUES 1-333	突变：ALA109THR	NPF 2-nitrophenyl beta-D-fucopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；ammonium sulfate, PEG 400, HEPES, Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
1JWL Structure of the Dimeric lac Repressor/Operator O1/ONPF Complex 提交 2001-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–333（333 aa）片段：C-terminal deletion mutant 链 B 1–333（333 aa）片段：C-terminal deletion mutant	未记录	NPF 2-nitrophenyl beta-D-fucopyranoside × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；ammonium sulfate, PEG400, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 4.00 Å R-free 0.261
1JWL Structure of the Dimeric lac Repressor/Operator O1/ONPF Complex 提交 2001-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–333（333 aa）片段：C-terminal deletion mutant	未记录	NPF 2-nitrophenyl beta-D-fucopyranoside × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；ammonium sulfate, PEG400, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 4.00 Å R-free 0.261
1JYE Structure of a Dimeric Lac Repressor with C-terminal Deletion and K84L Substitution 提交 2001-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–349（349 aa）片段：C-TERMINAL DELETION MUTANT	突变：YES	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；Sodium Acetate, Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.70 Å R-free 0.241
1JYF Structure of the Dimeric Lac Repressor with an 11-residue C-terminal Deletion. 提交 2001-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–349（349 aa）片段：C-TERMINAL DELETION	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；Sodium Citrate, Sodium Acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.252
1L1M SOLUTION STRUCTURE OF A DIMER OF LAC REPRESSOR DNA-BINDING DOMAIN COMPLEXED TO ITS NATURAL OPERATOR O1 提交 2002-02-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–62（62 aa）片段：N-terminal DNA-binding domain, Residues 1-62 链 B 1–62（62 aa）片段：N-terminal DNA-binding domain, Residues 1-62	突变：V52C 突变：V52C	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；315 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM KPi, 20mM KCl；压力 ambient NMR样品组成 2mM Lac-HP62-V52C U-15N,13C, 10mM KPi, 20mM KCl, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1LBG LACTOSE OPERON REPRESSOR BOUND TO 21-BASE PAIR SYMMETRIC OPERATOR DNA, ALPHA CARBONS ONLY 提交 1996-01-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–360（360 aa）链 B 1–360（360 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.80 Å
1LBG LACTOSE OPERON REPRESSOR BOUND TO 21-BASE PAIR SYMMETRIC OPERATOR DNA, ALPHA CARBONS ONLY 提交 1996-01-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–360（360 aa）链 D 1–360（360 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.80 Å
1LBH INTACT LACTOSE OPERON REPRESSOR WITH GRATUITOUS INDUCER IPTG 提交 1996-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–360（360 aa）链 B 1–360（360 aa）链 C 1–360（360 aa）链 D 1–360（360 aa）	未记录	IPT 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å
1LBI LAC REPRESSOR 提交 1996-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–360（360 aa）链 B 1–360（360 aa）链 C 1–360（360 aa）链 D 1–360（360 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
1LCC STRUCTURE OF THE COMPLEX OF LAC REPRESSOR HEADPIECE AND AN 11 BASE-PAIR HALF-OPERATOR DETERMINED BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY AND RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS 提交 1993-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–51（51 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1LCD STRUCTURE OF THE COMPLEX OF LAC REPRESSOR HEADPIECE AND AN 11 BASE-PAIR HALF-OPERATOR DETERMINED BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY AND RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS 提交 1993-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–51（51 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1LQC LAC REPRESSOR HEADPIECE (RESIDUES 1-56), NMR, 32 STRUCTURES 提交 1996-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–56（56 aa）片段：HEADPIECE, RESIDUES 1 - 56	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1OSL Solution structure of a dimeric lactose DNA-binding domain complexed to a nonspecific DNA sequence 提交 2003-03-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–62（62 aa）片段：N-terminal DNA-binding domain, residues 1-62 链 B 1–62（62 aa）片段：N-terminal DNA-binding domain, residues 1-62	突变：V52C 突变：V52C	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.8；300 K；离子强度（mmCIF原始值）400mM KCl, 60mM KPi；压力 ambient NMR样品组成 2mM LAC-HP62-V52C U-15N,13C, 60mM KPI, 400mM KCL \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1TLF UNPRECEDENTED QUATERNARY STRUCTURE OF E. COLI LAC REPRESSOR CORE TETRAMER: IMPLICATIONS FOR DNA LOOPING 提交 1995-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–319（301 aa）链 B 19–319（301 aa）链 C 19–319（301 aa）链 D 19–319（301 aa）	未记录	EMC ETHYL MERCURY ION × 4 IPT 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
2BJC NMR structure of a protein-DNA complex of an altered specificity mutant of the lac repressor headpiece that mimics the gal repressor 提交 2005-02-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–62（62 aa）片段：DNA BINDING DOMAIN, LAC HEADPIECE RESIDUES 1-62 链 B 1–62（62 aa）片段：DNA BINDING DOMAIN, LAC HEADPIECE RESIDUES 1-62	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；315 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1.0 NMR样品组成 95% WATER/5% D2O	分辨率未提供
2KEI Refined Solution Structure of a Dimer of LAC repressor DNA-Binding domain complexed to its natural operator O1 提交 2009-01-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–62（62 aa）片段：UNP residues 1-62 链 B 1–62（62 aa）片段：UNP residues 1-62	突变：V52C 突变：V52C	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；315 K；离子强度（mmCIF原始值）0.03；压力 ambient NMR样品组成 2 mM DNA (5'-D(DGPDAPDAPDTPDTPDGPDTPDGPDAPDGPDCPDGPDGPDAPDTPDAPDAPDCPDAPDAPDTPDTPDT)-3'), 2 mM DNA (5'-D(PDAPDAPDAPDTPDTPDGPDTPDTPDAPDTPDCPDCPDGPDCPDTPDCPDAPDCPDAPDAPDTPDTPDC)-3'), 2 mM Lac headpiece dimer, 10% D2O, 10 mM potassium phosphate, 20 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KEJ Solution structure of a dimer of LAC repressor DNA-binding domain complexed to its natural operator O2 提交 2009-01-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–62（62 aa）片段：UNP residues 1-62 链 B 1–62（62 aa）片段：UNP residues 1-62	突变：V52C 突变：V52C	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；315 K；离子强度（mmCIF原始值）0.03；压力 ambient NMR样品组成 0.7 mM DNA (5'-D(DGPDAPDAPDTPDTPDGPDTPDGPDAPDGPDCPDGPDGPDAPDTPDAPDAPDCPDAPDAPDTPDTPDT)'), 0.7 mM DNA (5'-D(PDAPDAPDAPDTPDTPDGPDTPDTPDAPDTPDCPDCPDGPDCPDTPDCPDAPDCPDAPDAPDTPDTPDC)'), 0.7 mM Lac headpiece dimer, 5% D2O, 10 mM potassium phosphate, 20 mM potassium chloride, 5% U-100% 2H d8-glycerol, 0.01% sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2KEK Solution structure of a dimer of LAC repressor DNA-binding domain complexed to its natural operator O3 提交 2009-01-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–62（62 aa）片段：UNP residues 1-62 链 B 1–62（62 aa）片段：UNP residues 1-62	突变：V52C 突变：V52C	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；315 K；离子强度（mmCIF原始值）0.03；压力 ambient NMR样品组成 0.7 mM DNA (5'-strand1-3'), 0.7 mM DNA (5'-strand2-3'), 0.7 mM Lac headpiece dimer, 5% D2O, 10 mM potassium phosphate, 20 mM potassium chloride, 5% U-100% 2H d8-glycerol, 0.01% sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2P9H High resolution structure of the Lactose Repressor bound to IPTG 提交 2007-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–330（269 aa）链 B 62–330（269 aa）	未记录	IPT 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；281 K；1.4 M Sodium Acetate, 0.1 M Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
2PAF Crystal Structure of the Lactose Repressor bound to anti-inducer ONPF in induced state 提交 2007-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–330（269 aa）链 B 62–330（269 aa）	未记录	NPF 2-nitrophenyl beta-D-fucopyranoside × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；281 K；1.4 M Sodium Acetate, 0.1 M Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K	分辨率 3.50 Å R-free 0.265
3EDC Crystal Structure of a 1.6-hexanediol Bound Tetrameric Form of Escherichia coli Lac-repressor Refined to 2.1 Resolution 提交 2008-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–360（360 aa）链 B 1–360（360 aa）链 C 1–360（360 aa）链 D 1–360（360 aa）	未记录	HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；microseeded, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.10 Å R-free 0.201

共 21 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LACI_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–330； UniProt 2–331 作者链 B； PDB构建体 1–330； UniProt 2–331 作者链 C； PDB构建体 1–330； UniProt 2–331

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2pe5
沉积日期 deposition_date	2007-04-02
结构标题 title	Crystal Structure of the Lac Repressor bound to ONPG in repressed state
关键词 keywords	;Lac repressor, allosteric effectors, gene regulation, DNA-binding, Transcription, Transcription regulation, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.37 Å
零角强度 I(0) i0	267343000.00
分子量 molecular_weight	122430.0 kDa
排除体积 excluded_volume	148710 Å³
包络体积 envelope_volume	226110 Å³
水化壳体积 shell_volume	44132 Å³
包络直径 envelope_diameter	167.8 Å
壳层 Rg shell_rg	44.96 Å
包络 Rg envelope_rg	48.33 Å
形状 Rg shape_rg	45.28 Å
总 Rg total_rg	45.63 Å
总原子数 total_atoms	8527
残基数 n_residues	1037
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	168.9 Å
Rg (实空间) rg_real	47.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	267100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7609
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.618
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.351
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.569; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.565; Smooth: 0.615

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DAPDAPDTPDTPDGPDTPDGPDAPDGPDCPDGPDCPDTPDCPDAPDCPDAPDAPDTPDT)-3') ;
分子量 formula_weight	6133.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,E,F
原子数 atom_count	8527

AATTGTGAGCGCTCACAATT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Lactose operon repressor
分子量 formula_weight	35410.4 kDa
突变 mutation	S61L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C

KPVTLYDVAEYAGVSYQTVSRVVNQASHVSAKTREKVEAAMAELNYIPNRVAQQLAGKQLLLIGVATSSLALHAPSQIVAAIKSRADQLGASVVVSMVERSGVEACKAAVHNLLAQRVSGLIINYPLDDQDAIAVEAACTNVPALFLDVSDQTPINSIIFSHEDGTRLGVEHLVALGHQQIALLAGPLSSVSARLRLAGWHKYLTRNQIQPIAEREGDWSAMSGFQQTMQMLNEGIVPTAMLVANDQMALGAMRAITESGLRVGADISVVGYDDTEDSSCYIPPLTTIKQDFRLLGQTSVDRLLQLSQGQAVKGNQLLPVSLVKRKTTLA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-nitrophenyl beta-D-galactopyranoside
分子量 formula_weight	301.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2pe5a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.5 — GalR/LacI-like bacterial regulator

结构域编号 domain_id	d2pe5a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamily	c.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family family	c.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like

结构域编号 domain_id	d2pe5b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.5 — GalR/LacI-like bacterial regulator

结构域编号 domain_id	d2pe5b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamily	c.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family family	c.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like

结构域编号 domain_id	d2pe5c1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.5 — GalR/LacI-like bacterial regulator

结构域编号 domain_id	d2pe5c2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamily	c.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family family	c.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	2pe5A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	2pe5A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	2pe5A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	2pe5B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	2pe5B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	2pe5B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	2pe5C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	2pe5C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	2pe5C03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	253.080 Å
晶胞边长 b length_b	253.080 Å
晶胞边长 c length_c	203.247 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	54

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	19.980 Å
R 因子 r_factor	0.2362
R_work r_work	0.2335
R_free r_free	0.2866

fit	/app/data/saxs_computation/pe/2pe5/2pe5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pe/2pe5/2pe5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pe/2pe5/2pe5.dat

Crystal Structure of the Lac Repressor bound to ONPG in repressed state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lactose operon repressor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)