SAXSdb — 2pg1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dynein light chain 1, cytoplasmic

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–89 链 B； UniProt 1–89	未记录	Dynein light chain Tctex-type × 2 （Q94524） Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 2 （Q62871） SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；1.8 M - 2.2 M Ammonium Sulfate, 0 - 20 % glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.253
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–89 链 D； UniProt 1–89	未记录	Dynein light chain Tctex-type × 2 （Q94524） Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 2 （Q62871） SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；1.8 M - 2.2 M Ammonium Sulfate, 0 - 20 % glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.253
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–89 链 B； UniProt 1–89 链 C； UniProt 1–89 链 D； UniProt 1–89	未记录	Dynein light chain Tctex-type × 4 （Q94524） Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 4 （Q62871） SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；1.8 M - 2.2 M Ammonium Sulfate, 0 - 20 % glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2PG1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1RHW The solution structure of the pH-induced monomer of dynein light chain LC8 from Drosophila 提交 2003-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 0.8-1.4mM LC8 protein \| 50mM citrate phosphate, pH 3.0, 50mM NaCl, 1mM sodium Azide, 10%D20, 3% glycerol	分辨率未提供
2P2T Crystal structure of dynein light chain LC8 bound to residues 123-138 of intermediate chain IC74 提交 2007-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–89（89 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
3BRI Crystal Structure of apo-LC8 提交 2007-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；Potassium tartrate 0.2M, sodium citrate 0.1M, ammonium sulfate 2.0M, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.212
3BRL Crystal Structure of LC8 S88E / Swa 提交 2007-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–89（89 aa）	突变：S88E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；Calcium acetate 0.2M, sodium cacodylate 0.1M, 15% PEG8000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.254
3DVH LC8 Point mutant K36P 提交 2008-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–89（89 aa）	突变：K36P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；50 mM CaCl2, 100 mM HEPES, 28% (w/v) PEG MME 2000, 10% glycerol, 10 mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.244
3DVH LC8 Point mutant K36P 提交 2008-07-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	突变：K36P 突变：K36P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；50 mM CaCl2, 100 mM HEPES, 28% (w/v) PEG MME 2000, 10% glycerol, 10 mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.244
3DVP Pak1 peptide bound LC8 提交 2008-07-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	突变：K36P 突变：K36P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 200 mM NaCl, 27% (w/v) PEG 4000, and 10% 0.1 M (NH4)6CoCl3, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.263
3DVT Biochemical and structural characterization of the PAK1- LC8 interaction 提交 2008-07-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–89（89 aa）链 F 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；50 mM MgCl2, 100 mM MES, 32% (w/v) PEG 4000, and 20% xylitol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.258
3DVT Biochemical and structural characterization of the PAK1- LC8 interaction 提交 2008-07-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–89（89 aa）链 D 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；50 mM MgCl2, 100 mM MES, 32% (w/v) PEG 4000, and 20% xylitol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.258
3DVT Biochemical and structural characterization of the PAK1- LC8 interaction 提交 2008-07-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；50 mM MgCl2, 100 mM MES, 32% (w/v) PEG 4000, and 20% xylitol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.258
3E2B Crystal structure of Dynein Light chain LC8 in complex with a peptide derived from Swallow 提交 2008-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–89（89 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.2M sodium potassium tartrate, 0.1M sodium citrate, 2.0M ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.266
3FM7 Quaternary Structure of Drosophila melanogaster IC/Tctex-1/LC8; Allosteric Interactions of Dynein Light Chains with Dynein Intermediate Chain 提交 2008-12-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–89（89 aa）链 F 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 Hanging Drop；pH 6.5；277.15 K；16% PEG 8K, 100 mM sodium cacodylate, 200 mM calcium acetate, pH 6.5, Hanging Drop, temperature 277.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.275
3GLW Quaternary Structure of Drosophila melanogaster IC/Tctex-1/LC8; Allosteric Interactions of Dynein Light Chains with Dynein Intermediate Chain 提交 2009-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；30% PEG 400, 100 mM Hepes, 200 mM magnesium chloride at pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K	分辨率 3.15 Å R-free 0.271
4QH7 LC8 - Ana2 (159-168) Complex 提交 2014-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–89（89 aa）片段：LC8 链 B 1–89（89 aa）片段：LC8	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.3M magnesium acetate, 0.1M sodium cacodylate, 26% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 1.83 Å R-free 0.207
4QH7 LC8 - Ana2 (159-168) Complex 提交 2014-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–89（89 aa）片段：LC8 链 F 1–89（89 aa）片段：LC8	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.3M magnesium acetate, 0.1M sodium cacodylate, 26% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 1.83 Å R-free 0.207
4QH8 LC8 - Ana2 (237-246) Complex 提交 2014-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–89（89 aa）片段：LC8 链 B 1–89（89 aa）片段：LC8	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293.15 K；0.19M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate, 0.1% beta-mercaptoethanol, and 27% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 1.90 Å R-free 0.236
4QH8 LC8 - Ana2 (237-246) Complex 提交 2014-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–89（89 aa）片段：LC8 链 F 1–89（89 aa）片段：LC8	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293.15 K；0.19M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate, 0.1% beta-mercaptoethanol, and 27% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 1.90 Å R-free 0.236
4QH8 LC8 - Ana2 (237-246) Complex 提交 2014-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–89（89 aa）片段：LC8 链 H 1–89（89 aa）片段：LC8	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293.15 K；0.19M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate, 0.1% beta-mercaptoethanol, and 27% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 1.90 Å R-free 0.236
5E0L LC8 - Chica (415-424) Complex 提交 2015-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3–89（87 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, 15% polyethylene glycol 8000	分辨率 1.31 Å R-free 0.202
5E0M LC8 - Chica (468-476) Complex 提交 2015-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–89（89 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 25% polyethylene glycol 3350	分辨率 1.65 Å R-free 0.232
7K3J Crystal structure of dLC8 in complex with Panoramix TQT+TQ peptide 提交 2020-09-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–89（89 aa）链 G 1–89（89 aa）链 I 1–89（89 aa）链 K 1–89（89 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris pH 8.5, 40% (v/v) PEG 400	分辨率 2.50 Å R-free 0.272
7K3J Crystal structure of dLC8 in complex with Panoramix TQT+TQ peptide 提交 2020-09-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–89（89 aa）链 E 1–89（89 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris pH 8.5, 40% (v/v) PEG 400	分辨率 2.50 Å R-free 0.272
7K3K Crystal structure of dLC8 in complex with Panoramix TQT peptide 提交 2020-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M NH4Ac, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 17% (w/v) PEG 10000	分辨率 1.42 Å R-free 0.201
7K3L Crystal structure of dLC8 in complex with Panoramix TQ peptide 提交 2020-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–89（89 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M KSCN, 30% (w/v) PEG 2000 MME	分辨率 1.79 Å R-free 0.209

共 17 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DYL1_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–91； UniProt 1–89 作者链 B； PDB构建体 3–91； UniProt 1–89 作者链 C； PDB构建体 3–91； UniProt 1–89 作者链 D； PDB构建体 3–91； UniProt 1–89

Dynein light chain Tctex-type

Drosophila melanogaster

UniProt Q94524

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–111 链 G； UniProt 1–111	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Dynein light chain 1, cytoplasmic × 2 （Q24117） Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 2 （Q62871） SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；1.8 M - 2.2 M Ammonium Sulfate, 0 - 20 % glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.253
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–111 链 H； UniProt 1–111	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Dynein light chain 1, cytoplasmic × 2 （Q24117） Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 2 （Q62871） SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；1.8 M - 2.2 M Ammonium Sulfate, 0 - 20 % glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.253
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–111 链 F； UniProt 1–111 链 G； UniProt 1–111 链 H； UniProt 1–111	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Dynein light chain 1, cytoplasmic × 4 （Q24117） Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 4 （Q62871） SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；1.8 M - 2.2 M Ammonium Sulfate, 0 - 20 % glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2PG1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1YGT Dynein Light Chain TcTex-1 提交 2005-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–111（111 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；0.1M CHES, pH 9.5, 2.4 M (NH4)2SO4 and 0.1M Li2SO4, vapor diffusion, temperature 293K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；0.1M CHES, pH 9.5, 2.4 M (NH4)2SO4 and 0.1M Li2SO4, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.235
3FM7 Quaternary Structure of Drosophila melanogaster IC/Tctex-1/LC8; Allosteric Interactions of Dynein Light Chains with Dynein Intermediate Chain 提交 2008-12-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–111（111 aa）链 B 1–111（111 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 Hanging Drop；pH 6.5；277.15 K；16% PEG 8K, 100 mM sodium cacodylate, 200 mM calcium acetate, pH 6.5, Hanging Drop, temperature 277.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.275

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DYLT_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–111； UniProt 1–111 作者链 F； PDB构建体 1–111； UniProt 1–111 作者链 G； PDB构建体 1–111； UniProt 1–111 作者链 H； PDB构建体 1–111； UniProt 1–111

Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2

Rattus norvegicus

UniProt Q62871

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 132–164 链 L； UniProt 132–164	片段：LC binding site, sequence database residues 132-164	Dynein light chain 1, cytoplasmic × 2 （Q24117） Dynein light chain Tctex-type × 2 （Q94524） SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；1.8 M - 2.2 M Ammonium Sulfate, 0 - 20 % glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.253
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 132–164 链 K； UniProt 132–164	片段：LC binding site, sequence database residues 132-164	Dynein light chain 1, cytoplasmic × 2 （Q24117） Dynein light chain Tctex-type × 2 （Q94524） SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；1.8 M - 2.2 M Ammonium Sulfate, 0 - 20 % glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.253
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 132–164 链 J； UniProt 132–164 链 K； UniProt 132–164 链 L； UniProt 132–164	片段：LC binding site, sequence database residues 132-164	Dynein light chain 1, cytoplasmic × 4 （Q24117） Dynein light chain Tctex-type × 4 （Q94524） SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；1.8 M - 2.2 M Ammonium Sulfate, 0 - 20 % glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DC1I2_RAT
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–33； UniProt 132–164 作者链 J； PDB构建体 1–33； UniProt 132–164 作者链 K； PDB构建体 1–33； UniProt 132–164 作者链 L； PDB构建体 1–33； UniProt 132–164

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2pg1
沉积日期 deposition_date	2007-04-06
结构标题 title	Structural analysis of a cytoplasmic dynein Light Chain-Intermediate Chain complex
关键词 keywords	Dynein intermediate chain, dynein light chain, LC8, PIN, TcTex1, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.49 Å
零角强度 I(0) i0	154218000.00
分子量 molecular_weight	99316.0 kDa
排除体积 excluded_volume	123650 Å³
包络体积 envelope_volume	162430 Å³
水化壳体积 shell_volume	40504 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.2 Å
壳层 Rg shell_rg	38.42 Å
包络 Rg envelope_rg	37.57 Å
形状 Rg shape_rg	37.59 Å
总 Rg total_rg	37.20 Å
总原子数 total_atoms	6927
残基数 n_residues	856
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.7 Å
Rg (实空间) rg_real	37.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	154200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7578
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.715
峰度 Kurtosis kurtosis	0.131
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27780000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.568; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.470; Smooth: 0.675

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dynein light chain 1, cytoplasmic
分子量 formula_weight	10635.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6951

MDMSDRKAVIKNADMSEEMQQDAVDCATQALEKYNIEKDIAAYIKKEFDKKYNPTWHCIVGRNFGSYVTHETRHFIYFYLGQVAILLFKSG

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Dynein light chain Tctex-type
分子量 formula_weight	12631.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

MDDSREESQFIVDDVSKTIKEAIETTIGGNAYQHDKVNNWTGQVVENCLTVLTKEQKPYKYIVTAMIMQKNGAGLHTASSCYWNNDTDGSCTVRWENKTMYCIVSVFGLAV

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2
分子量 formula_weight	3677.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L

GRGPIKLGMAKITQVDFPPREIVTYTKETQTPV

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	24

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2pg1a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.39 — DLC
超家族 Superfamily superfamily	d.39.1 — DLC
家族 Family family	d.39.1.1 — DLC

结构域编号 domain_id	d2pg1b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.39 — DLC
超家族 Superfamily superfamily	d.39.1 — DLC
家族 Family family	d.39.1.1 — DLC

结构域编号 domain_id	d2pg1c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.39 — DLC
超家族 Superfamily superfamily	d.39.1 — DLC
家族 Family family	d.39.1.1 — DLC

结构域编号 domain_id	d2pg1d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.39 — DLC
超家族 Superfamily superfamily	d.39.1 — DLC
家族 Family family	d.39.1.1 — DLC

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2pg1A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	740 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase;

结构域编号 domain_id	2pg1B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	740 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase;

结构域编号 domain_id	2pg1C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	740 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase;

结构域编号 domain_id	2pg1D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	740 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase;

结构域编号 domain_id	2pg1E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1140 — Ribosomal protein S3 C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — Tctex-1

结构域编号 domain_id	2pg1F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1140 — Ribosomal protein S3 C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — Tctex-1

结构域编号 domain_id	2pg1G01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1140 — Ribosomal protein S3 C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — Tctex-1

结构域编号 domain_id	2pg1H01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1140 — Ribosomal protein S3 C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — Tctex-1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	116.969 Å
晶胞边长 b length_b	119.870 Å
晶胞边长 c length_c	211.702 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.980 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2080
R_free r_free	0.2530

fit	/app/data/saxs_computation/pg/2pg1/2pg1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pg/2pg1/2pg1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pg/2pg1/2pg1.dat

Structural analysis of a cytoplasmic dynein Light Chain-Intermediate Chain complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dynein light chain 1, cytoplasmic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Dynein light chain Tctex-type

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)