2pi2

Full-length Replication protein A subunits RPA14 and RPA32

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 112.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication protein A 32 kDa subunit

Homo sapiens

UniProt P15927

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–270 未记录 Replication protein A 14 kDa subunit × 1 (P35244) DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;10% dioxane, 0.1 M MES pH 6.5, 39% saturated ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.255
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–270 未记录 Replication protein A 14 kDa subunit × 1 (P35244) DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;10% dioxane, 0.1 M MES pH 6.5, 39% saturated ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.255
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–270 未记录 Replication protein A 14 kDa subunit × 1 (P35244) DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;10% dioxane, 0.1 M MES pH 6.5, 39% saturated ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.255
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–270 未记录 Replication protein A 14 kDa subunit × 1 (P35244) DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;10% dioxane, 0.1 M MES pH 6.5, 39% saturated ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RFA2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–270; UniProt 1–270 作者链 B; PDB构建体 1–270; UniProt 1–270 作者链 C; PDB构建体 1–270; UniProt 1–270 作者链 D; PDB构建体 1–270; UniProt 1–270

Replication protein A 14 kDa subunit

Homo sapiens

UniProt P35244

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–121 未记录 Replication protein A 32 kDa subunit × 1 (P15927) DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;10% dioxane, 0.1 M MES pH 6.5, 39% saturated ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.255
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–121 未记录 Replication protein A 32 kDa subunit × 1 (P15927) DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;10% dioxane, 0.1 M MES pH 6.5, 39% saturated ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.255
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–121 未记录 Replication protein A 32 kDa subunit × 1 (P15927) DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;10% dioxane, 0.1 M MES pH 6.5, 39% saturated ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.255
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–121 未记录 Replication protein A 32 kDa subunit × 1 (P15927) DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;10% dioxane, 0.1 M MES pH 6.5, 39% saturated ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RFA3_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 22–142; UniProt 1–121 作者链 F; PDB构建体 22–142; UniProt 1–121 作者链 G; PDB构建体 22–142; UniProt 1–121 作者链 H; PDB构建体 22–142; UniProt 1–121

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2pi2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2pi2
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2pi2
沉积日期 deposition_date2007-04-12
结构标题 titleFull-length Replication protein A subunits RPA14 and RPA32
关键词 keywordsfull-length RPA14/32, ssDNA binding protein, OB-fold, Dioxane, REPLICATION, DNA BINDING PROTEIN; REPLICATION, DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.45
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.99
零角强度 I(0) i0169819000.00
分子量 molecular_weight108790.0 kDa
排除体积 excluded_volume137870 ų
包络体积 envelope_volume188560 ų
水化壳体积 shell_volume43594 ų
包络直径 envelope_diameter115.4
壳层 Rg shell_rg42.28
包络 Rg envelope_rg36.05
形状 Rg shape_rg37.00
总 Rg total_rg37.36
总原子数 total_atoms7636
残基数 n_residues972
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax112.3
Rg (实空间) rg_real37.34
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.66
I(0) (实空间) i0_real1.6980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.41
I(0) (倒空间) i0_reciprocal169800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8916
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary48.1
偏度 Skewness skewness0.097
峰度 Kurtosis kurtosis-0.789
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15910000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.986; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.638

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd2pi2a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB
结构域编号 domain_idd2pi2b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB
结构域编号 domain_idd2pi2c_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB
结构域编号 domain_idd2pi2d_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB
结构域编号 domain_idd2pi2e_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB
结构域编号 domain_idd2pi2f_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB
结构域编号 domain_idd2pi2g_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB
结构域编号 domain_idd2pi2h_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id2pi2A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id2pi2B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id2pi2C00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id2pi2D00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id2pi2E00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id2pi2F00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id2pi2G00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id2pi2H00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)