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2pjt

Crystal structure of the catalytic domain of MMP-13 complexed with WAY-344

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Collagenase 3

Homo sapiens

UniProt P45452

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 2 CALCIUM ION × 3 TERT-BUTYL 4-({[4-(BUT-2-YN-1-YLAMINO)PHENYL]SULFONYL}METHYL)-4-[(HYDROXYAMINO)CARBONYL]PIPERIDINE-1-CARBOXYLATE × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 2 CALCIUM ION × 2 TERT-BUTYL 4-({[4-(BUT-2-YN-1-YLAMINO)PHENYL]SULFONYL}METHYL)-4-[(HYDROXYAMINO)CARBONYL]PIPERIDINE-1-CARBOXYLATE × 1 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 2 CALCIUM ION × 3 TERT-BUTYL 4-({[4-(BUT-2-YN-1-YLAMINO)PHENYL]SULFONYL}METHYL)-4-[(HYDROXYAMINO)CARBONYL]PIPERIDINE-1-CARBOXYLATE × 1 water × 1 与蛋白数一致
4 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 2 CALCIUM ION × 2 TERT-BUTYL 4-({[4-(BUT-2-YN-1-YLAMINO)PHENYL]SULFONYL}METHYL)-4-[(HYDROXYAMINO)CARBONYL]PIPERIDINE-1-CARBOXYLATE × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1eub 1fls 1fm1 1pex 1xuc 1xuc 1xud 1xud 1you 1you 1ztq 1ztq

共 66 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
1xur 2yig 3elm 3i7g 3i7i 3o2x 3o2x 3wv1 3wv2 3wv3 3zxh 456c

共 26 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源四聚体
1xur 1you 2ow9 3elm 3i7g 3i7i 3kry 3o2x 3zxh 4a7b 4l19

共 11 个 assembly

其他同源多聚体
2ozr

共 1 个 assembly

异源或核酸复合物
2e2d 5uwm 5uwm

共 3 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MMP13_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–165； UniProt 104–268 作者链 B； PDB构建体 1–165； UniProt 104–268 作者链 C； PDB构建体 1–165； UniProt 104–268 作者链 D； PDB构建体 1–165； UniProt 104–268

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2pjt
沉积日期 deposition_date2007-04-16
结构标题 titleCrystal structure of the catalytic domain of MMP-13 complexed with WAY-344
关键词 keywords;MMPS, METALLOPROTEASE, HYDROLASE, MMP-13, COLLAGENASE, ZINC CHELATOR, HYDROXAMATE, HYDROPHOBIC S1', P1' GROUP, Calcium, Collagen degradation, Disease mutation, Extracellular matrix, Glycoprotein, Metal-binding, Polymorphism, Secreted, Zymogen ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2pjt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2pjt__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2pjt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）15.81 Å
Rg（电子密度）14.62 Å
总 Rg15.88 Å
原子数1329
残基数162
排除体积23653 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2pjt__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2pjt__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 2pjt__assembly_3__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 2pjt__assembly_4__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2pjta_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain
结构域编号 domain_idd2pjtb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain
结构域编号 domain_idd2pjtc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain
结构域编号 domain_idd2pjtd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2pjtA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id2pjtB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id2pjtC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id2pjtD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
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7. 引用文献 (1)