2pqa

Crystal Structure of Full-length Human RPA 14/32 Heterodimer

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication protein A 32 kDa subunit

Homo sapiens

UniProt P15927

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 42–172 片段:UNP residues 42-172 Replication protein A 14 kDa subunit × 1 (P35244) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;293 K;0.1 M Bicine pH 9, 20% saturated ammonium sulfate, 10% acetonitrile, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 9.0 分辨率 2.50 Å R-free 0.280
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 42–172 片段:UNP residues 42-172 Replication protein A 14 kDa subunit × 1 (P35244) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;293 K;0.1 M Bicine pH 9, 20% saturated ammonium sulfate, 10% acetonitrile, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 9.0 分辨率 2.50 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RFA2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–131; UniProt 42–172 作者链 C; PDB构建体 1–131; UniProt 42–172

Replication protein A 14 kDa subunit

Homo sapiens

UniProt P35244

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–121 未记录 Replication protein A 32 kDa subunit × 1 (P15927) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;293 K;0.1 M Bicine pH 9, 20% saturated ammonium sulfate, 10% acetonitrile, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 9.0 分辨率 2.50 Å R-free 0.280
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–121 未记录 Replication protein A 32 kDa subunit × 1 (P15927) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;293 K;0.1 M Bicine pH 9, 20% saturated ammonium sulfate, 10% acetonitrile, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 9.0 分辨率 2.50 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RFA3_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 22–142; UniProt 1–121 作者链 D; PDB构建体 22–142; UniProt 1–121

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2pqa

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2pqa
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2pqa
沉积日期 deposition_date2007-05-01
结构标题 titleCrystal Structure of Full-length Human RPA 14/32 Heterodimer
关键词 keywordsRPA14/32; ssDNA binding protein; OB-fold, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.25
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.34
零角强度 I(0) i046303400.00
分子量 molecular_weight53933.0 kDa
排除体积 excluded_volume68141 ų
包络体积 envelope_volume85155 ų
水化壳体积 shell_volume29217 ų
包络直径 envelope_diameter86.0
壳层 Rg shell_rg31.59
包络 Rg envelope_rg24.40
形状 Rg shape_rg24.30
总 Rg total_rg25.31
总原子数 total_atoms3785
残基数 n_residues483
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.5
Rg (实空间) rg_real25.17
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.53
I(0) (实空间) i0_real4.6300e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.2110e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.19
I(0) (倒空间) i0_reciprocal46300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8857
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.8
偏度 Skewness skewness0.249
峰度 Kurtosis kurtosis-0.377
角度范围 angular_range— – 0.3150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha17220000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.999

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2pqaa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB
结构域编号 domain_idd2pqab_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB
结构域编号 domain_idd2pqac_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB
结构域编号 domain_idd2pqad_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2pqaA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id2pqaB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id2pqaC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id2pqaD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)