SAXSdb — 2pxd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Signal recognition particle protein

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	4.5 S RNA × 1 COBALT HEXAMMINE(III) × 7	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SRP54_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–102； UniProt 329–430

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2pxd
沉积日期 deposition_date	2007-05-14
结构标题 title	Variant 1 of Ribonucleoprotein Core of the E. Coli Signal Recognition Particle
关键词 keywords	GU PAIR, HEXAMINE, RNA PHASING, RNA, CATION BINDING, SIGNALING PROTEIN-RNA COMPLEX; SIGNALING PROTEIN/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2pxd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2pxd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2pxd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.61 Å
Rg（电子密度）	21.28 Å
总 Rg	21.83 Å
原子数	1634
残基数	110
排除体积	25428 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2pxd__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	4.5 S RNA
分子量 formula_weight	15885.5 kDa
突变 mutation	C132G, U133G, A175U, G176U
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	1634

GGGGCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGAAAGGAAGCAGCCAAGGCAGUUCC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Signal recognition particle protein
分子量 formula_weight	12336.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

FDLNDFLEQLRQMKNMGGMASLMGKLPGMGQIPDNVKSQMDDKVLVRMEAIINSMTMKERAKPEIIKGSRKRRIAAGSGMQVQDVNRLLKQFDDMQRMMKKM

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	COBALT HEXAMMINE(III)
分子量 formula_weight	161.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2pxda_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.36 — Signal peptide-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.36.1 — Signal peptide-binding domain
家族 Family family	a.36.1.1 — Signal peptide-binding domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2pxdA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain

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晶胞边长 a length_a	131.881 Å
晶胞边长 b length_b	77.867 Å
晶胞边长 c length_c	32.428 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.04 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2508
R_free r_free	0.2832

Variant 1 of Ribonucleoprotein Core of the E. Coli Signal Recognition Particle

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Signal recognition particle protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2pxd__assembly_1__model_1

2pxd__assembly_1__model_1 | I(q)

2pxd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Variant 1 of Ribonucleoprotein Core of the E. Coli Signal Recognition Particle

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Signal recognition particle protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2pxd__assembly_1__model_1

2pxd__assembly_1__model_1 | I(q)

2pxd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)