2q2u

Structure of Chlorella virus DNA ligase-product DNA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chlorella virus DNA ligase

Paramecium bursaria Chlorella virus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(TPTPCPCPGPAPTPAPGPTPGPGPGPGPTPCPGPCPAPAPT)-3' × 1 5'-D(APTPTPGPCPGPAPCP(OMC)PCPCPAPCPTPAPTPCPGPGPAPA)-3' × 1 water × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(TPTPCPCPGPAPTPAPGPTPGPGPGPGPTPCPGPCPAPAPT)-3' × 1 5'-D(APTPTPGPCPGPAPCP(OMC)PCPCPAPCPTPAPTPCPGPGPAPA)-3' × 1 water × 3	与全部聚合物一致
3	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(TPTPCPCPGPAPTPAPGPTPGPGPGPGPTPCPGPCPAPAPT)-3' × 1 5'-D(APTPTPGPCPGPAPCP(OMC)PCPCPAPCPTPAPTPCPGPGPAPA)-3' × 1 water × 2	与全部聚合物一致
4	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(TPTPCPCPGPAPTPAPGPTPGPGPGPGPTPCPGPCPAPAPT)-3' × 1 5'-D(APTPTPGPCPGPAPCP(OMC)PCPCPAPCPTPAPTPCPGPGPAPA)-3' × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O41026_PBCV1
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–319； UniProt 1–298 作者链 B； PDB构建体 22–319； UniProt 1–298 作者链 C； PDB构建体 22–319； UniProt 1–298 作者链 D； PDB构建体 22–319； UniProt 1–298

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2q2u
沉积日期 deposition_date	2007-05-29
结构标题 title	Structure of Chlorella virus DNA ligase-product DNA complex
关键词 keywords	LIGASE, PRODUCT-COMPLEX, PROTEIN-DNA COMPLEX, LIGASE-DNA COMPLEX; LIGASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2q2u__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2q2u__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2q2u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.80 Å
Rg（电子密度）	22.02 Å
总 Rg	22.78 Å
原子数	3217
残基数	334
排除体积	54934 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2q2u__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2q2u__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2q2u__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2q2u__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(TPTPCPCPGPAPTPAPGPTPGPGPGPGPTPCPGPCPAPAP*T)-3'
分子量 formula_weight	6494.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,G,I,K
原子数 atom_count	12924

TTCCGATAGTGGGGTCGCAAT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(APTPTPGPCPGPAPCP(OMC)PCPCPAPCPTPAPTPCPGPGPAP*A)-3'
分子量 formula_weight	6422.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	F,H,J,L

ATTGCGACCCCACTATCGGAA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Chlorella virus DNA ligase
分子量 formula_weight	36833.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D

MGHHHHHHHHHHSSGHIEGRHMAITKPLLAATLENIEDVQFPCLATPKIDGIRSVKQTQMLSRTFKPIRNSVMNRLLTELLPEGSDGEISIEGATFQDTTSAVMTGHKMYNAKFSYYWFDYVTDDPLKKYIDRVEDMKNYITVHPHILEHAQVKIIPLIPVEINNITELLQYERDVLSKGFEGVMIRKPDGKYKFGRSTLKEGILLKMKQFKDAEATIISMTALFKNTNTKTKDNFGYSKRSTHKSGKVEEDVMGSIEVDYDGVVFSIGTGFDADQRRDFWQNKESYIGKMVKFKYFEMGSKDCPRFPVFIGIRHEEDR

来源 Source

来源生物 organism	Paramecium bursaria Chlorella virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10506
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	56

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d2q2ua1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.6 — DNA ligase/mRNA capping enzyme postcatalytic domain

结构域编号 domain_id	d2q2ua2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamily	d.142.2 — DNA ligase/mRNA capping enzyme, catalytic domain
家族 Family family	d.142.2.1 — ATP-dependent DNA ligase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d2q2ub1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.6 — DNA ligase/mRNA capping enzyme postcatalytic domain

结构域编号 domain_id	d2q2ub2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamily	d.142.2 — DNA ligase/mRNA capping enzyme, catalytic domain
家族 Family family	d.142.2.1 — ATP-dependent DNA ligase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d2q2uc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.6 — DNA ligase/mRNA capping enzyme postcatalytic domain

结构域编号 domain_id	d2q2uc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamily	d.142.2 — DNA ligase/mRNA capping enzyme, catalytic domain
家族 Family family	d.142.2.1 — ATP-dependent DNA ligase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d2q2ud1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.6 — DNA ligase/mRNA capping enzyme postcatalytic domain

结构域编号 domain_id	d2q2ud2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamily	d.142.2 — DNA ligase/mRNA capping enzyme, catalytic domain
家族 Family family	d.142.2.1 — ATP-dependent DNA ligase catalytic domain

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2q2uA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2q2uA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — DNA ligase/mRNA capping enzyme

结构域编号 domain_id	2q2uA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	2q2uB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2q2uB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — DNA ligase/mRNA capping enzyme

结构域编号 domain_id	2q2uB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	2q2uC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2q2uC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — DNA ligase/mRNA capping enzyme

结构域编号 domain_id	2q2uC03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	2q2uD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2q2uD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — DNA ligase/mRNA capping enzyme

结构域编号 domain_id	2q2uD03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

▶

晶胞边长 a length_a	66.475 Å
晶胞边长 b length_b	92.895 Å
晶胞边长 c length_c	89.633 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	70.32 °
晶胞夹角 β angle_beta	78.45 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.87 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	24.880 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2490
R_free r_free	0.2830

Structure of Chlorella virus DNA ligase-product DNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chlorella virus DNA ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2q2u__assembly_1__model_1

2q2u__assembly_1__model_1 | I(q)

2q2u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Chlorella virus DNA ligase-product DNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chlorella virus DNA ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2q2u__assembly_1__model_1

2q2u__assembly_1__model_1 | I(q)

2q2u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)