2q3y

Ancestral Corticiod Receptor in Complex with DOC

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 61.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear receptor 0B2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 18–27	片段：hSHP NR Box1	Ancestral Corticiod Receptor × 1 1CA DESOXYCORTICOSTERONE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2Q3Y	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1YUC Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to Phospholipid and a Fragment of Human SHP 提交 2005-02-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 15–28（14 aa）片段：NR Box1	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
1YUC Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to Phospholipid and a Fragment of Human SHP 提交 2005-02-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 15–28（14 aa）片段：NR Box1	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
1YUC Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to Phospholipid and a Fragment of Human SHP 提交 2005-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 15–28（14 aa）片段：NR Box1 链 D 15–28（14 aa）片段：NR Box1	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
1YUC Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to Phospholipid and a Fragment of Human SHP 提交 2005-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 15–28（14 aa）片段：NR Box1 链 D 15–28（14 aa）片段：NR Box1	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
2Z4J Crystal structure of AR LBD with SHP peptide NR Box 2 提交 2007-06-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 115–124（10 aa）片段：residues 115-124	未记录	DHT 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.1M Bis-Tris Propane, 1.2M Potassium Sodium Tartrate tetrahydrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.234
4DOR Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, in its apo State Bound to a Fragment of Human SHP Box1 提交 2012-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 15–28（14 aa）片段：UNP residues 15-28 链 D 15–28（14 aa）片段：UNP residues 15-28	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
4DOR Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, in its apo State Bound to a Fragment of Human SHP Box1 提交 2012-02-10	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 15–28（14 aa）片段：UNP residues 15-28	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
4DOR Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, in its apo State Bound to a Fragment of Human SHP Box1 提交 2012-02-10	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 15–28（14 aa）片段：UNP residues 15-28	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
4ONI Structure of Human Orphan Receptor LRH1 bound to two bacterial phospholipids 提交 2014-01-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 12–30（19 aa）片段：NR Box1, UNP residues 12-30	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；298 K；20-30% PEG 3350, Bis Tris, 5% glycerol, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.202
4ONI Structure of Human Orphan Receptor LRH1 bound to two bacterial phospholipids 提交 2014-01-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 12–30（19 aa）片段：NR Box1, UNP residues 12-30	未记录	P6L (2S)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(6E)-HEXADEC-6-ENOYLOXY]PROPYL (8E)-OCTADEC-8-ENOATE × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；298 K；20-30% PEG 3350, Bis Tris, 5% glycerol, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.202
6W9M Structure of the Ancestral Glucocorticoid Receptor 2 ligand binding domain in complex with vamorolone and SHP coregulator fragment 提交 2020-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 17–27（11 aa）片段：eleven-residue fragment	未记录	TUV vamorolone × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；289.15 K；25% PEG 300 and 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 1.59 Å R-free 0.220
7YXC Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 17–27（11 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CO3 CARBONATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；85 mM sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M sodium acetate trihydrate, 25.5% (w/v) PEG8000, 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.25 Å R-free 0.245
7YXD Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 17–28（12 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
7YXD Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 17–28（12 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
7YXD Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 17–28（12 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
7YXD Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 17–28（12 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
7YXN Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 17–27（11 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；0.1 M PIPES, pH 7.0, 0.1 M ammonium acetate, 2.5 M sodium formate	分辨率 2.46 Å R-free 0.247
7YXN Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 17–27（11 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；0.1 M PIPES, pH 7.0, 0.1 M ammonium acetate, 2.5 M sodium formate	分辨率 2.46 Å R-free 0.247
7YXO Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 17–27（11 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.99 Å R-free 0.280
7YXO Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 17–27（11 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.99 Å R-free 0.280
7YXO Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 17–27（11 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.99 Å R-free 0.280
7YXR Crystal structure of mutant AncGR2-LBD (Y545A) bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 17–28（12 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；0.1 M PIPES, pH 7.0, 0.1 M ammonium acetate, 2.5 M sodium formate	分辨率 2.50 Å R-free 0.224
7YXR Crystal structure of mutant AncGR2-LBD (Y545A) bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 17–28（12 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 FMT FORMIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；0.1 M PIPES, pH 7.0, 0.1 M ammonium acetate, 2.5 M sodium formate	分辨率 2.50 Å R-free 0.224
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 a 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 j 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 k 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 l 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 IMD IMIDAZOLE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 13 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 m 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 14 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 n 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 15 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 o 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 16 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 p 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 b 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 IMD IMIDAZOLE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 c 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 d 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 e 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 f 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 g 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 h 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 i 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244

共 11 个其他 PDB 条目、39 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SHP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–10； UniProt 18–27

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2q3y
沉积日期 deposition_date	2007-05-30
结构标题 title	Ancestral Corticiod Receptor in Complex with DOC
关键词 keywords	Nuclear Receptor, mineralocoticiod, Ligand Binding Domain, DOC, cortisol, evolution, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.05 Å
零角强度 I(0) i0	14287600.00
分子量 molecular_weight	29849.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37887 Å³
包络体积 envelope_volume	42146 Å³
水化壳体积 shell_volume	19328 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.8 Å
壳层 Rg shell_rg	24.59 Å
包络 Rg envelope_rg	18.31 Å
形状 Rg shape_rg	18.07 Å
总 Rg total_rg	18.95 Å
总原子数 total_atoms	2095
残基数 n_residues	254
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.4 Å
Rg (实空间) rg_real	19.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4290e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14290000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8195
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.168
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.399
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3066000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ancestral Corticiod Receptor
分子量 formula_weight	28936.5 kDa
突变 mutation	C71S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2196

GEFLISILEAIEPEVVYAGYDNSQPDTTNYLLSSLNRLAGKQMVSVVKWAKALPGFRNLHLDDQMTLIQYSWMSLMAFSLGWRSYKHTNGQMLYFAPDLIFNEERMQQSAMYDLCQGMRQISQEFVRLQVTYEEFLCMKVLLLLSTVPKDGLKSQASFDEMRMNYIKELRRAIARNENNSSQNWQRFYQLTKLLDSMHDLVGGLLQFCFYTFVQSQALSVEFPEMLVEIISDQLPKVMAGMAKPLLFHK

来源 Source

来源生物 organism	unidentified
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32644
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nuclear receptor 0B2
分子量 formula_weight	1047.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

PAILYALLSS

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DESOXYCORTICOSTERONE
分子量 formula_weight	330.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	101

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2q3yA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	78.995 Å
晶胞边长 b length_b	78.995 Å
晶胞边长 c length_c	112.467 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	37.270 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2400

fit	/app/data/saxs_computation/q3/2q3y/2q3y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q3/2q3y/2q3y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q3/2q3y/2q3y.dat

Ancestral Corticiod Receptor in Complex with DOC

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear receptor 0B2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)