2q9q

The crystal structure of full length human GINS complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA replication complex GINS protein PSF2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	GINS complex subunit 4 × 1 （Q9BRT9） DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 （Q14691） GINS complex subunit 3 × 1 （Q9BRX5） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	GINS complex subunit 4 × 1 （Q9BRT9） DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 （Q14691） GINS complex subunit 3 × 1 （Q9BRX5） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSF2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–191； UniProt 1–185 作者链 E； PDB构建体 7–191； UniProt 1–185

GINS complex subunit 4

Homo sapiens

UniProt Q9BRT9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 （Q9Y248） DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 （Q14691） GINS complex subunit 3 × 1 （Q9BRX5） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 （Q9Y248） DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 （Q14691） GINS complex subunit 3 × 1 （Q9BRX5） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9BRT9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–223； UniProt 1–223 作者链 F； PDB构建体 1–223； UniProt 1–223

DNA replication complex GINS protein PSF1

Homo sapiens

UniProt Q14691

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 （Q9Y248） GINS complex subunit 4 × 1 （Q9BRT9） GINS complex subunit 3 × 1 （Q9BRX5） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 （Q9Y248） GINS complex subunit 4 × 1 （Q9BRT9） GINS complex subunit 3 × 1 （Q9BRX5） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–196； UniProt 1–196 作者链 G； PDB构建体 1–196； UniProt 1–196

GINS complex subunit 3

Homo sapiens

UniProt Q9BRX5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 （Q9Y248） GINS complex subunit 4 × 1 （Q9BRT9） DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 （Q14691） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 （Q9Y248） GINS complex subunit 4 × 1 （Q9BRT9） DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 （Q14691） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9BRX5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 6–220； UniProt 2–216 作者链 H； PDB构建体 6–220； UniProt 2–216

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2q9q
沉积日期 deposition_date	2007-06-13
结构标题 title	The crystal structure of full length human GINS complex
关键词 keywords	elongated spindle, helix bundle, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2q9q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2q9q__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2q9q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.82 Å
Rg（电子密度）	29.08 Å
总 Rg	29.77 Å
原子数	5715
残基数	702
排除体积	101880 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2q9q__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2q9q__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA replication complex GINS protein PSF2
分子量 formula_weight	21979.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	11883

GPLGSNMDAAEVEFLAEKELVTIIPNFSLDKIYLIGGDLGPFNPGLPVEVPLWLAINLKQRQKCRLLPPEWMDVEKLEKMRDHERKEETFTPMPSPYYMELTKLLLNHASDNIPKADEIRTLVKDMWDTRIAKLRVSADSFVRQQEAHAKLDNLTLMEINTSGTFLTQALNHMYKLRTNLQPLESTQSQDF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	GINS complex subunit 4
分子量 formula_weight	26081.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MTEEVDFLGQDSDGGSEEVVLTPAELIERLEQAWMNEKFAPELLESKPEIVECVMEQLEHMEENLRRAKREDLKVSIHQMEMERIRYVLSSYLRCRLMKIEKFFPHVLEKEKTRPEGEPSSLSPEELAFAREFMANTESYLKNVALKHMPPNLQKVDLFRAVPKPDLDSYVFLRVRERQENILVEPDTDEQRDYVIDLEKGSQHLIRYKTIAPLVASGAVQLI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA replication complex GINS protein PSF1
分子量 formula_weight	23036.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MFCEKAMELIRELHRAPEGQLPAFNEDGLRQVLEEMKALYEQNQSDVNEAKSGGRSDLIPTIKFRHCSLLRNRRCTVAYLYDRLLRIRALRWEYGSILPNALRFHMAAEEMEWFNNYKRSLATYMRSLGGDEGLDITQDMKPPKSLYIEVRCLKDYGEFEVDDGTSVLLKKNSQHFLPRWKCEQLIRQGVLEHILS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	GINS complex subunit 3
分子量 formula_weight	24756.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

GPGGGSEAYFRVESGALGPEENFLSLDDILMSHEKLPVRTETAMPRLGAFFLERSAGAETDNAVPQGSKLELPLWLAKGLFDNKRRILSVELPKIYQEGWRTVFSADPNVVDLHKMGPHFYGFGSQLLHFDSPENADISQSLLQTFIGRFRRIMDSSQNAYNEDTSALVARLDEMERGLFQTGQKGLNDFQCWEKGQASQITASNLVQNYKKRKFTDMED

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	453

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_id	d2q9qa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.278 — GINS helical bundle-like
超家族 Superfamily superfamily	a.278.1 — GINS helical bundle-like
家族 Family family	a.278.1.2 — PSF2 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2q9qa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.344 — GINS/PriA/YqbF domain
超家族 Superfamily superfamily	d.344.1 — PriA/YqbF domain
家族 Family family	d.344.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2q9qb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.278 — GINS helical bundle-like
超家族 Superfamily superfamily	a.278.1 — GINS helical bundle-like
家族 Family family	a.278.1.4 — SLD5 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2q9qb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.344 — GINS/PriA/YqbF domain
超家族 Superfamily superfamily	d.344.1 — PriA/YqbF domain
家族 Family family	d.344.1.3 — SLD5 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2q9qc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.278 — GINS helical bundle-like
超家族 Superfamily superfamily	a.278.1 — GINS helical bundle-like
家族 Family family	a.278.1.1 — PSF1 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2q9qd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.278 — GINS helical bundle-like
超家族 Superfamily superfamily	a.278.1 — GINS helical bundle-like
家族 Family family	a.278.1.3 — PSF3 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2q9qd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.344 — GINS/PriA/YqbF domain
超家族 Superfamily superfamily	d.344.1 — PriA/YqbF domain
家族 Family family	d.344.1.4 — PSF3 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2q9qe1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.278 — GINS helical bundle-like
超家族 Superfamily superfamily	a.278.1 — GINS helical bundle-like
家族 Family family	a.278.1.2 — PSF2 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2q9qe2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.344 — GINS/PriA/YqbF domain
超家族 Superfamily superfamily	d.344.1 — PriA/YqbF domain
家族 Family family	d.344.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2q9qf1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.278 — GINS helical bundle-like
超家族 Superfamily superfamily	a.278.1 — GINS helical bundle-like
家族 Family family	a.278.1.4 — SLD5 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2q9qf2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.344 — GINS/PriA/YqbF domain
超家族 Superfamily superfamily	d.344.1 — PriA/YqbF domain
家族 Family family	d.344.1.3 — SLD5 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2q9qg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.278 — GINS helical bundle-like
超家族 Superfamily superfamily	a.278.1 — GINS helical bundle-like
家族 Family family	a.278.1.1 — PSF1 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2q9qh1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.278 — GINS helical bundle-like
超家族 Superfamily superfamily	a.278.1 — GINS helical bundle-like
家族 Family family	a.278.1.3 — PSF3 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2q9qh2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.344 — GINS/PriA/YqbF domain
超家族 Superfamily superfamily	d.344.1 — PriA/YqbF domain
家族 Family family	d.344.1.4 — PSF3 N-terminal domain-like

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2q9qA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2q9qA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1020 —

结构域编号 domain_id	2q9qB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1030 —

结构域编号 domain_id	2q9qB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	2q9qC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1030 —

结构域编号 domain_id	2q9qD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2050 —

结构域编号 domain_id	2q9qE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2q9qE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1020 —

结构域编号 domain_id	2q9qF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1030 —

结构域编号 domain_id	2q9qF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	2q9qG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1030 —

结构域编号 domain_id	2q9qH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2050 —

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晶胞边长 a length_a	58.269 Å
晶胞边长 b length_b	89.096 Å
晶胞边长 c length_c	103.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	105.02 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	95.07 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.360 Å
最低分辨率 resolution_low	29.580 Å
R 因子 r_factor	0.2100
R_work r_work	0.2100
R_free r_free	0.2480

The crystal structure of full length human GINS complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA replication complex GINS protein PSF2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GINS complex subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA replication complex GINS protein PSF1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GINS complex subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2q9q__assembly_1__model_1

2q9q__assembly_1__model_1 | I(q)

2q9q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)