SAXSdb — 2qi9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin B12 import system permease protein btuC

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–326 链 B； UniProt 1–326	突变：C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Vitamin B12 import ATP-binding protein btuD × 2 （P06611） Vitamin B12-binding protein btuF × 1 （P37028） PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；30-38% (w/v) polyethylene glycol 400, 50mM either of Tris‑HCl pH 8.4 or Glycine-NaOH pH 9.4 and 400mM (NH4)2SO4., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2QI9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1L7V Bacterial ABC Transporter Involved in B12 Uptake 提交 2002-03-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–326（326 aa）链 B 1–326（326 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	V4O CYCLO-TETRAMETAVANADATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；278 K；PEG 2000, LDAO, Tris, magnesium nitrate, MPD, D2O, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K	分辨率 3.20 Å R-free 0.286
4DBL Crystal structure of E159Q mutant of BtuCDF 提交 2012-01-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–326（326 aa）链 B 1–326（326 aa）	突变：C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S 突变：C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S	PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；0.1M sodium citrate, pH 5.4, 0.3-0.4M ammonium sulphate, 30-35% PEG-400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.251
4DBL Crystal structure of E159Q mutant of BtuCDF 提交 2012-01-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 1–326（326 aa）链 G 1–326（326 aa）	突变：C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S 突变：C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S	PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；0.1M sodium citrate, pH 5.4, 0.3-0.4M ammonium sulphate, 30-35% PEG-400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.251
4FI3 Structure of vitamin B12 transporter BtuCD-F in a nucleotide-bound state 提交 2012-06-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–326（326 aa）链 B 1–326（326 aa）	突变：C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S 突变：C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；20-30% PEG400, 100 mM ADA pH6.8, 100 mM Na/K-citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.47 Å R-free 0.274
4R9U Structure of vitamin B12 transporter BtuCD in a nucleotide-bound outward facing state 提交 2014-09-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–326（326 aa）链 B 1–326（326 aa）	突变：C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S 突变：C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S	LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 4 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；283 K；PEG2000MME (14-18%), NaCl (1.2 M), ADA (100 mM, pH 6.9), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K	分辨率 2.79 Å R-free 0.246

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BTUC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 B； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326

Vitamin B12 import ATP-binding protein btuD

Escherichia coli

UniProt P06611

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–249 链 D； UniProt 1–249	突变：C180S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Vitamin B12 import system permease protein btuC × 2 （P06609） Vitamin B12-binding protein btuF × 1 （P37028） PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；30-38% (w/v) polyethylene glycol 400, 50mM either of Tris‑HCl pH 8.4 or Glycine-NaOH pH 9.4 and 400mM (NH4)2SO4., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2QI9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1L7V Bacterial ABC Transporter Involved in B12 Uptake 提交 2002-03-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–249（249 aa）链 D 1–249（249 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	V4O CYCLO-TETRAMETAVANADATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；278 K；PEG 2000, LDAO, Tris, magnesium nitrate, MPD, D2O, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K	分辨率 3.20 Å R-free 0.286
4DBL Crystal structure of E159Q mutant of BtuCDF 提交 2012-01-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–249（249 aa）链 D 1–249（249 aa）	突变：C180S 突变：C180S	PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；0.1M sodium citrate, pH 5.4, 0.3-0.4M ammonium sulphate, 30-35% PEG-400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.251
4DBL Crystal structure of E159Q mutant of BtuCDF 提交 2012-01-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 H 1–249（249 aa）链 I 1–249（249 aa）	突变：C180S 突变：C180S	PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；0.1M sodium citrate, pH 5.4, 0.3-0.4M ammonium sulphate, 30-35% PEG-400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.251
4FI3 Structure of vitamin B12 transporter BtuCD-F in a nucleotide-bound state 提交 2012-06-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–249（249 aa）链 D 1–249（249 aa）	突变：C180S, E159Q, N162C 突变：C180S, E159Q, N162C	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；20-30% PEG400, 100 mM ADA pH6.8, 100 mM Na/K-citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.47 Å R-free 0.274
4R9U Structure of vitamin B12 transporter BtuCD in a nucleotide-bound outward facing state 提交 2014-09-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–249（249 aa）链 D 1–249（249 aa）	突变：C180S, E159Q, N162C 突变：C180S, E159Q, N162C	LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 4 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；283 K；PEG2000MME (14-18%), NaCl (1.2 M), ADA (100 mM, pH 6.9), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K	分辨率 2.79 Å R-free 0.246

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BTUD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 D； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249

Vitamin B12-binding protein btuF

Escherichia coli

UniProt P37028

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 22–266	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Vitamin B12 import system permease protein btuC × 2 （P06609） Vitamin B12 import ATP-binding protein btuD × 2 （P06611） PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；30-38% (w/v) polyethylene glycol 400, 50mM either of Tris‑HCl pH 8.4 or Glycine-NaOH pH 9.4 and 400mM (NH4)2SO4., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2QI9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1N2Z 2.0 Angstrom structure of BtuF, the vitamin B12 binding protein of E. coli 提交 2002-10-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–266（245 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 13 CL CHLORIDE ION × 4 CNC CYANOCOBALAMIN × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.210
1N2Z 2.0 Angstrom structure of BtuF, the vitamin B12 binding protein of E. coli 提交 2002-10-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 22–266（245 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 9 CL CHLORIDE ION × 2 CNC CYANOCOBALAMIN × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.210
1N2Z 2.0 Angstrom structure of BtuF, the vitamin B12 binding protein of E. coli 提交 2002-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–266（245 aa）链 B 22–266（245 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 22 CL CHLORIDE ION × 6 CNC CYANOCOBALAMIN × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.210
1N2Z 2.0 Angstrom structure of BtuF, the vitamin B12 binding protein of E. coli 提交 2002-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–266（245 aa）链 B 22–266（245 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 22 CL CHLORIDE ION × 6 CNC CYANOCOBALAMIN × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.210
1N4A The Ligand Bound Structure of E.coli BtuF, the Periplasmic Binding Protein for Vitamin B12 提交 2002-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–266（244 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CNC CYANOCOBALAMIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；NaCl, ethanol, acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.261
1N4A The Ligand Bound Structure of E.coli BtuF, the Periplasmic Binding Protein for Vitamin B12 提交 2002-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–266（244 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CNC CYANOCOBALAMIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；NaCl, ethanol, acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.261
1N4D The Ligand-Free Structure of E coli BtuF, the Periplasmic Binding Protein for Vitamin B12 提交 2002-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–266（244 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；acetate, PEG4000, (NH4)OAc, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.298
1N4D The Ligand-Free Structure of E coli BtuF, the Periplasmic Binding Protein for Vitamin B12 提交 2002-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–266（244 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；acetate, PEG4000, (NH4)OAc, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.298
4DBL Crystal structure of E159Q mutant of BtuCDF 提交 2012-01-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 22–266（245 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；0.1M sodium citrate, pH 5.4, 0.3-0.4M ammonium sulphate, 30-35% PEG-400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.251
4DBL Crystal structure of E159Q mutant of BtuCDF 提交 2012-01-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 J 22–266（245 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；0.1M sodium citrate, pH 5.4, 0.3-0.4M ammonium sulphate, 30-35% PEG-400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.251
4FI3 Structure of vitamin B12 transporter BtuCD-F in a nucleotide-bound state 提交 2012-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 22–266（245 aa）片段：UNP residues 22-266	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；20-30% PEG400, 100 mM ADA pH6.8, 100 mM Na/K-citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.47 Å R-free 0.274
5M29 Structure of cobinamide-bound BtuF, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli 提交 2016-10-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–266（245 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CBY COB(II)INAMIDE × 1 CYN CYANIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；HEPES sodium pH 7.0 PEG3350 Tryptone	分辨率 1.50 Å R-free 0.213
5M29 Structure of cobinamide-bound BtuF, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli 提交 2016-10-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 22–266（245 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CBY COB(II)INAMIDE × 1 CYN CYANIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；HEPES sodium pH 7.0 PEG3350 Tryptone	分辨率 1.50 Å R-free 0.213
5M2Q Structure of cobinamide-bound BtuF mutant W66F, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli 提交 2016-10-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–266（245 aa）	突变：W66F	CBY COB(II)INAMIDE × 1 CYN CYANIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG3350 HEPES pH 7 Tryptone	分辨率 1.70 Å R-free 0.249
5M2Q Structure of cobinamide-bound BtuF mutant W66F, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli 提交 2016-10-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 22–266（245 aa）	突变：W66F	CBY COB(II)INAMIDE × 1 CYN CYANIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG3350 HEPES pH 7 Tryptone	分辨率 1.70 Å R-free 0.249
5M34 Structure of cobinamide-bound BtuF mutant W66Y, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli 提交 2016-10-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–266（245 aa）	未记录	CBY COB(II)INAMIDE × 1 CYN CYANIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG3350 HEPES pH 7 Tryptone	分辨率 1.60 Å R-free 0.233
5M34 Structure of cobinamide-bound BtuF mutant W66Y, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli 提交 2016-10-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 22–266（245 aa）	未记录	CBY COB(II)INAMIDE × 1 CYN CYANIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG3350 HEPES pH 7 Tryptone	分辨率 1.60 Å R-free 0.233
5M3B Structure of cobinamide-bound BtuF mutant W66L, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli 提交 2016-10-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–266（245 aa）	未记录	CYN CYANIDE ION × 2 CBY COB(II)INAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG3350 HEPES pH 7 Tryptone	分辨率 1.50 Å R-free 0.229
5M3B Structure of cobinamide-bound BtuF mutant W66L, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli 提交 2016-10-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 22–266（245 aa）	未记录	CYN CYANIDE ION × 1 CBY COB(II)INAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG3350 HEPES pH 7 Tryptone	分辨率 1.50 Å R-free 0.229
5OVW Nanobody-bound BtuF, the vitamin B12 binding protein in Escherichia coli 提交 2017-08-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–266（245 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG4000, Tris-HCl, Magnesium chloride	分辨率 2.65 Å R-free 0.259
5OVW Nanobody-bound BtuF, the vitamin B12 binding protein in Escherichia coli 提交 2017-08-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 22–266（245 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG4000, Tris-HCl, Magnesium chloride	分辨率 2.65 Å R-free 0.259
5OVW Nanobody-bound BtuF, the vitamin B12 binding protein in Escherichia coli 提交 2017-08-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 22–266（245 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG4000, Tris-HCl, Magnesium chloride	分辨率 2.65 Å R-free 0.259
5OVW Nanobody-bound BtuF, the vitamin B12 binding protein in Escherichia coli 提交 2017-08-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 22–266（245 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG4000, Tris-HCl, Magnesium chloride	分辨率 2.65 Å R-free 0.259
5OVW Nanobody-bound BtuF, the vitamin B12 binding protein in Escherichia coli 提交 2017-08-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 22–266（245 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG4000, Tris-HCl, Magnesium chloride	分辨率 2.65 Å R-free 0.259
5OVW Nanobody-bound BtuF, the vitamin B12 binding protein in Escherichia coli 提交 2017-08-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 22–266（245 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG4000, Tris-HCl, Magnesium chloride	分辨率 2.65 Å R-free 0.259

共 10 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BTUF_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–245； UniProt 22–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2qi9
沉积日期 deposition_date	2007-07-03
结构标题 title	ABC-transporter BtuCD in complex with its periplasmic binding protein BtuF
关键词 keywords	Inner membrane, Membrane, Transmembrane, Transport, ATP-binding, Hydrolase, Nucleotide-binding, Periplasm, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.63 Å
零角强度 I(0) i0	343347000.00
分子量 molecular_weight	153710.0 kDa
排除体积 excluded_volume	193400 Å³
包络体积 envelope_volume	242710 Å³
水化壳体积 shell_volume	54384 Å³
包络直径 envelope_diameter	131.2 Å
壳层 Rg shell_rg	43.34 Å
包络 Rg envelope_rg	37.29 Å
形状 Rg shape_rg	37.65 Å
总 Rg total_rg	37.89 Å
总原子数 total_atoms	10676
残基数 n_residues	1349
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.1 Å
Rg (实空间) rg_real	38.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3430e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	343300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8715
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.412
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.399
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	75510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.835; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.854

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vitamin B12 import system permease protein btuC
分子量 formula_weight	35375.5 kDa
突变 mutation	C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10692

MLTLARQQQRQNIRWLLSLSVLMLLALLLSLSAGEQWISPGDWFTPRGELFVWQIRLPRTLAVLLVGAALAISGAVMQALFENPLAEPGLLGVSNGAGVGLIAAVLLGQGQLPNWALGLSAIAGALIITLILLRFARRHLSTSRLLLAGVALGIISSALMTWAIYFSTSVDLRQLMYWMMGGFGGVDWRQSWLMLALIPVLLWISSQSRPMNMLALGEISARQLGLPLWFWRNVLVAATGWMVGVSVALAGAIGFIGLVIPHILRLSGLTDHRVLLPGCALAGASALLLADIVARLALAAAELPIGVVTATLGAPVFIWLLLKAGR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Vitamin B12 import ATP-binding protein btuD
分子量 formula_weight	27520.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.33
突变 mutation	C180S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MSIVMQLQDVAESTRLGPLSGEVRAGEILHLVGPNGAGKSTLLARMAGMTSGKGSIQFAGQPLEAWSATKLALHRAYLSQQQTPPFATPVWHYLTLHQHDKTRTELLNDVAGALALDDKLGRSTNQLSGGEWQRVRLAAVVLQITPQANPAGQLLLLDEPMNSLDVAQQSALDKILSALSQQGLAIVMSSHDLNHTLRHAHRAWLLKGGKMLASGRREEVLTPPNLAQAYGMNFRRLDIEGHRMLISTI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Vitamin B12-binding protein btuF
分子量 formula_weight	27140.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

AAPRVITLSPANTELAFAAGITPVGVSSYSDYPPQAQKIEQVSTWQGMNLERIVALKPDLVIAWRGGNAERQVDQLASLGIKVMWVDATSIEQIANALRQLAPWSPQPDKAEQAAQSLLDQYAQLKAQYADKPKKRVFLQFGINPPFTSGKESIQNQVLEVCGGENIFKDSRVPWPQVSREQVLARSPQAIVITGGPDQIPKIKQYWGEQLKIPVIPLTSDWFERASPRIILAAQQLCNALSQVD

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d2qi9a_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.22 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC
超家族 Superfamily superfamily	f.22.1 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC
家族 Family family	f.22.1.1 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC

结构域编号 domain_id	d2qi9b_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.22 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC
超家族 Superfamily superfamily	f.22.1 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC
家族 Family family	f.22.1.1 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC

结构域编号 domain_id	d2qi9c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.12 — ABC transporter ATPase domain-like

结构域编号 domain_id	d2qi9d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.12 — ABC transporter ATPase domain-like

结构域编号 domain_id	d2qi9f_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.2 — TroA-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2qi9A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3470 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC

结构域编号 domain_id	2qi9B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3470 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC

结构域编号 domain_id	2qi9C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2qi9D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2qi9F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2qi9F02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	213.582 Å
晶胞边长 b length_b	127.396 Å
晶胞边长 c length_c	97.547 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.76 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	29.814 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2620
R_free r_free	0.2800

fit	/app/data/saxs_computation/qi/2qi9/2qi9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qi/2qi9/2qi9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qi/2qi9/2qi9.dat

ABC-transporter BtuCD in complex with its periplasmic binding protein BtuF

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin B12 import system permease protein btuC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Vitamin B12 import ATP-binding protein btuD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Vitamin B12-binding protein btuF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)