2qil

TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 AT 2.07 A RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 102.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1

物种未注明

UniProt P06886

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 41–234 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.07 Å
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 41–234 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.07 Å
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 41–234 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.07 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TSST_STAAU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–194; UniProt 41–234 作者链 B; PDB构建体 1–194; UniProt 41–234 作者链 C; PDB构建体 1–194; UniProt 41–234

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2qil

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2qil
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2qil
沉积日期 deposition_date1997-03-27
结构标题 titleTOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 AT 2.07 A RESOLUTION
关键词 keywordsSTAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN, SUPERANTIGEN, TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN; STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.43
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.02
零角强度 I(0) i069455100.00
分子量 molecular_weight66221.0 kDa
排除体积 excluded_volume83205 ų
包络体积 envelope_volume108280 ų
水化壳体积 shell_volume30704 ų
包络直径 envelope_diameter108.4
壳层 Rg shell_rg36.13
包络 Rg envelope_rg30.87
形状 Rg shape_rg31.00
总 Rg total_rg31.59
总原子数 total_atoms4677
残基数 n_residues582
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax102.9
Rg (实空间) rg_real31.61
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.87
I(0) (实空间) i0_real6.9460e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0610e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.54
I(0) (倒空间) i0_reciprocal69450000.0000
解质量估计 total_estimate0.8688
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.9
偏度 Skewness skewness0.408
峰度 Kurtosis kurtosis-0.577
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9601000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.844; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.905; Smooth: 0.853

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd2qila1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.2 — Superantigen toxins, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd2qila2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.6 — Superantigen toxins, C-terminal domain
家族 Family familyd.15.6.1 — Superantigen toxins, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd2qilb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.2 — Superantigen toxins, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd2qilb2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.6 — Superantigen toxins, C-terminal domain
家族 Family familyd.15.6.1 — Superantigen toxins, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd2qilc1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.2 — Superantigen toxins, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd2qilc2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.6 — Superantigen toxins, C-terminal domain
家族 Family familyd.15.6.1 — Superantigen toxins, C-terminal domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2qilA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120
结构域编号 domain_id2qilA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110
结构域编号 domain_id2qilB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120
结构域编号 domain_id2qilB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110
结构域编号 domain_id2qilC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120
结构域编号 domain_id2qilC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)