SAXSdb — 2qj9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bone morphogenetic protein 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 283–396 链 B； UniProt 283–396	片段：mature part (residues 283-396)	Bone morphogenetic protein receptor type IA × 2 （P36894）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；0.8M K Na phosphate, 25% ethylene glycol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.44 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2QJ9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ES7 COMPLEX BETWEEN BMP-2 AND TWO BMP RECEPTOR IA ECTODOMAINS 提交 2000-04-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 283–396（114 aa）链 C 283–396（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；296 K；sodium acetate, imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.90 Å R-free 0.229
1REU Structure of the bone morphogenetic protein 2 mutant L51P 提交 2003-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 294–396（103 aa）片段：mature part	突变：L51P	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；lithium sulfate, tert-butanol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.65 Å R-free 0.235
1REU Structure of the bone morphogenetic protein 2 mutant L51P 提交 2003-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 294–396（103 aa）片段：mature part	突变：L51P	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；lithium sulfate, tert-butanol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.65 Å R-free 0.235
1REW Structural refinement of the complex of bone morphogenetic protein 2 and its type IA receptor 提交 2003-11-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 283–396（114 aa）片段：mature part 链 B 283–396（114 aa）片段：mature part	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；280 K；sodium acetate, imidazole, glucose, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K	分辨率 1.86 Å R-free 0.229
2GOO Ternary Complex of BMP-2 bound to BMPR-Ia-ECD and ActRII-ECD 提交 2006-04-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 283–396（114 aa）片段：Residues 283-396 链 D 283–396（114 aa）片段：Residues 283-396	未记录	NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；4M sodium formate, 100mM Hepes, 3% dioxane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
2H62 Crystal structure of a ternary ligand-receptor complex of BMP-2 提交 2006-05-30	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 283–396（114 aa）链 B 283–396（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；294 K；50% PPG400, 0.1M Bis-Tris, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.85 Å R-free 0.225
2H64 Crystal structure of a ternary ligand-receptor complex of BMP-2 提交 2006-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 283–396（114 aa）	突变：L100K, N102D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.75；294 K；30% PEG3350, 0.1M Tris-HCl pH 8.75, 0.2M NH4CH3COO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.92 Å R-free 0.264
2QJA Crystal structure analysis of BMP-2 in complex with BMPR-IA variant B12 提交 2007-07-06	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 283–396（114 aa）片段：mature part (residues 283-396) 链 B 283–396（114 aa）片段：mature part (residues 283-396)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；0.8M K Na phosphate, 25% ethylene glycol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.254
2QJB Crystal structure analysis of BMP-2 in complex with BMPR-IA variant IA/IB 提交 2007-07-06	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 283–396（114 aa）片段：mature part (residues 283-396) 链 B 283–396（114 aa）片段：mature part (residues 283-396)	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；0.8M K Na phosphate, 25% ethylene glycol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.263
3BK3 Crystal structure of the complex of BMP-2 and the first Von Willebrand domain type C of Crossveinless-2 提交 2007-12-05	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 283–396（114 aa）链 B 283–396（114 aa）	突变：F41M, Y91M 突变：F41M, Y91M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；2.2M ammonium phosphate, 0.1M Tris pH 7.5, 8% glycerol, 5% sucrose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.245
3BK3 Crystal structure of the complex of BMP-2 and the first Von Willebrand domain type C of Crossveinless-2 提交 2007-12-05	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 283–396（114 aa）链 B 283–396（114 aa）	突变：F41M, Y91M 突变：F41M, Y91M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；2.2M ammonium phosphate, 0.1M Tris pH 7.5, 8% glycerol, 5% sucrose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.245
3BK3 Crystal structure of the complex of BMP-2 and the first Von Willebrand domain type C of Crossveinless-2 提交 2007-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 283–396（114 aa）	突变：F41M, Y91M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；2.2M ammonium phosphate, 0.1M Tris pH 7.5, 8% glycerol, 5% sucrose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.245
3BK3 Crystal structure of the complex of BMP-2 and the first Von Willebrand domain type C of Crossveinless-2 提交 2007-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 283–396（114 aa）	突变：F41M, Y91M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；2.2M ammonium phosphate, 0.1M Tris pH 7.5, 8% glycerol, 5% sucrose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.245
3BMP HUMAN BONE MORPHOGENETIC PROTEIN-2 (BMP-2) 提交 1999-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 283–396（114 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM LITHIUM SULFATE, 12% TERT-BUTANOL, 50 MM CITRATE, PH 5.4	分辨率 2.70 Å R-free 0.278
4N1D Nodal/BMP2 chimera NB250 提交 2013-10-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 283–305（23 aa）链 A 362–396（35 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；0.2M NaCl, 0.1 M Na acetate pH 4.6, 30% 2-Methyl-2,4-pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 1.91 Å R-free 0.204
4UHY Crystal structure of the human RGMA-BMP2 complex 提交 2015-03-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 283–396（114 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN SIGNALING DOMAIN, RESIDUES 283-396 链 B 283–396（114 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN SIGNALING DOMAIN, RESIDUES 283-396	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；0.1 M CITRIC ACID, PH 4.0, 20% (V/V) 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL (MPD), 0.2 M GLYCINE	分辨率 3.20 Å R-free 0.264
4UHZ Crystal structure of the human RGMB-BMP2 complex, crystal form 1 提交 2015-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 283–396（114 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN SIGNALING DOMAIN, RESIDUES 283-396	未记录	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 2 M AMMONIUM SULPHATE, 8% (V/V) 2,5- HEXANEDIOL	分辨率 2.85 Å R-free 0.229
4UI0 Crystal structure of the human RGMB-BMP2 complex, crystal form 2 提交 2015-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 283–396（114 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN SIGNALING DOMAIN, RESIDUES 283-396 链 B 283–396（114 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN SIGNALING DOMAIN, RESIDUES 283-396	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 FLC CITRATE ANION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；0.08 M CITRIC ACID PH 4.0, 15% (V/V) MPD	分辨率 2.80 Å R-free 0.267
4UI1 Crystal structure of the human RGMC-BMP2 complex 提交 2015-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 283–396（114 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN SIGNALING DOMAIN, RESIDUES 283-396	未记录	NO3 NITRATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；20% (W/V) PEG3350, 0.2 M AMMONIUM NITRATE, PH 7.5	分辨率 2.35 Å R-free 0.238
4UI1 Crystal structure of the human RGMC-BMP2 complex 提交 2015-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 283–396（114 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN SIGNALING DOMAIN, RESIDUES 283-396	未记录	NO3 NITRATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；20% (W/V) PEG3350, 0.2 M AMMONIUM NITRATE, PH 7.5	分辨率 2.35 Å R-free 0.238
4UI2 Crystal structure of the ternary RGMB-BMP2-NEO1 complex 提交 2015-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 283–396（114 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN SIGNALING DOMAIN	未记录	SRT S,R MESO-TARTARIC ACID × 6 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 1.5 M AMMONIUM SULPHATE, 12% (V/V) GLYCEROL	分辨率 3.15 Å R-free 0.236
6OMN Glycosylated BMP2 homodimer 提交 2019-04-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 289–396（108 aa）链 F 289–396（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100mM TrisHCl pH 8.5, 100mM NaCl, 12% MPD	分辨率 2.68 Å R-free 0.243
6OMN Glycosylated BMP2 homodimer 提交 2019-04-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 289–396（108 aa）链 H 289–396（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100mM TrisHCl pH 8.5, 100mM NaCl, 12% MPD	分辨率 2.68 Å R-free 0.243
7AG0 Complex between the bone morphogenetic protein 2 and its antagonist Noggin 提交 2020-09-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 283–396（114 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；1.4 M NaKPO4	分辨率 3.10 Å R-free 0.280
8E3G BMP2/GDF5 heterodimer 提交 2022-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 283–396（114 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Tris, magnesium formate	分辨率 2.80 Å R-free 0.234
8E3G BMP2/GDF5 heterodimer 提交 2022-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 283–396（114 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Tris, magnesium formate	分辨率 2.80 Å R-free 0.234

共 19 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BMP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–116； UniProt 283–396 作者链 B； PDB构建体 3–116； UniProt 283–396

Bone morphogenetic protein receptor type IA

Homo sapiens

UniProt P36894

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 24–152 链 D； UniProt 24–152	片段：extracellular domain (residues 24-152) 突变：K88R,S90T,K92I,A93P,Q94H,L95Q,T98S	Bone morphogenetic protein 2 × 2 （P12643）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；0.8M K Na phosphate, 25% ethylene glycol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.44 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2QJ9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ES7 COMPLEX BETWEEN BMP-2 AND TWO BMP RECEPTOR IA ECTODOMAINS 提交 2000-04-07	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 55–143（89 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN 链 D 55–143（89 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；296 K；sodium acetate, imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.90 Å R-free 0.229
1REW Structural refinement of the complex of bone morphogenetic protein 2 and its type IA receptor 提交 2003-11-07	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 24–152（129 aa）片段：extracellular domain 链 D 24–152（129 aa）片段：extracellular domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；280 K；sodium acetate, imidazole, glucose, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K	分辨率 1.86 Å R-free 0.229
2GOO Ternary Complex of BMP-2 bound to BMPR-Ia-ECD and ActRII-ECD 提交 2006-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 24–152（129 aa）片段：Residues 24-152 链 E 24–152（129 aa）片段：Residues 24-152	未记录	NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；4M sodium formate, 100mM Hepes, 3% dioxane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
2H62 Crystal structure of a ternary ligand-receptor complex of BMP-2 提交 2006-05-30	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 24–152（129 aa）片段：extracellular domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；294 K；50% PPG400, 0.1M Bis-Tris, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.85 Å R-free 0.225
2H64 Crystal structure of a ternary ligand-receptor complex of BMP-2 提交 2006-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 24–152（129 aa）片段：extracellular domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.75；294 K；30% PEG3350, 0.1M Tris-HCl pH 8.75, 0.2M NH4CH3COO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.92 Å R-free 0.264
2K3G NMR structure analysis of a BMP receptor 提交 2008-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 51–152（102 aa）片段：Extracellular domain (UNP residues 51-152)	突变：A28G	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；298 K；压力 ambient NMR样品组成 1.1 mM [U-99% 15N] Bone Morphogenetic Protein Receptor Type IA, 10 mM potassium phosphate, 0.2 w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-94% 13C; U-98% 15N] Bone Morphogenetic Protein Receptor Type IA, 10 mM potassium phosphate, 0.2 w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2QJA Crystal structure analysis of BMP-2 in complex with BMPR-IA variant B12 提交 2007-07-06	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 24–152（129 aa）片段：extracellular domain (residues 24-152) 链 D 24–152（129 aa）片段：extracellular domain (residues 24-152)	突变：K88R,S90T,K92I,A93P,Q94H,L95Q,T98S,A74T,M78L,K79G,Y80L 突变：K88R,S90T,K92I,A93P,Q94H,L95Q,T98S,A74T,M78L,K79G,Y80L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；0.8M K Na phosphate, 25% ethylene glycol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.254
2QJB Crystal structure analysis of BMP-2 in complex with BMPR-IA variant IA/IB 提交 2007-07-06	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 24–152（129 aa）片段：extracellular domain (residues 24-152) 链 D 24–152（129 aa）片段：extracellular domain (residues 24-152)	突变：K88R,S90T,K92I,A93P,Q94H,L95Q,T98S,A74T,M78L,K79G,Y80L,D46E,G42H,A61T,I62M 突变：K88R,S90T,K92I,A93P,Q94H,L95Q,T98S,A74T,M78L,K79G,Y80L,D46E,G42H,A61T,I62M	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；0.8M K Na phosphate, 25% ethylene glycol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.263
3NH7 Crystal structure of the neutralizing Fab fragment AbD1556 bound to the BMP type I receptor IA 提交 2010-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 24–152（129 aa）片段：extracellular domain, UNP residues 24-152	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；100mM Tris-HCl pH 7.0, 20% (w/v) PEG 8000 and 10% (w/v) glucose , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.280
3NH7 Crystal structure of the neutralizing Fab fragment AbD1556 bound to the BMP type I receptor IA 提交 2010-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 24–152（129 aa）片段：extracellular domain, UNP residues 24-152	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；100mM Tris-HCl pH 7.0, 20% (w/v) PEG 8000 and 10% (w/v) glucose , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.280
3NH7 Crystal structure of the neutralizing Fab fragment AbD1556 bound to the BMP type I receptor IA 提交 2010-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 24–152（129 aa）片段：extracellular domain, UNP residues 24-152	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；100mM Tris-HCl pH 7.0, 20% (w/v) PEG 8000 and 10% (w/v) glucose , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.280
3NH7 Crystal structure of the neutralizing Fab fragment AbD1556 bound to the BMP type I receptor IA 提交 2010-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 24–152（129 aa）片段：extracellular domain, UNP residues 24-152	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；100mM Tris-HCl pH 7.0, 20% (w/v) PEG 8000 and 10% (w/v) glucose , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.280
3QB4 Crystal structure of a TGF-beta ligand-receptor complex 提交 2011-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–152（129 aa）片段：BMP receptor BMPR-IA, residues 24-152	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M NaCl 20% (w/v) PEG3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.28 Å R-free 0.241
3QB4 Crystal structure of a TGF-beta ligand-receptor complex 提交 2011-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 24–152（129 aa）片段：BMP receptor BMPR-IA, residues 24-152	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M NaCl 20% (w/v) PEG3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.28 Å R-free 0.241
3QB4 Crystal structure of a TGF-beta ligand-receptor complex 提交 2011-01-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 24–152（129 aa）片段：BMP receptor BMPR-IA, residues 24-152 链 D 24–152（129 aa）片段：BMP receptor BMPR-IA, residues 24-152	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M NaCl 20% (w/v) PEG3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.28 Å R-free 0.241

共 10 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BMR1A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 7–135； UniProt 24–152 作者链 D； PDB构建体 7–135； UniProt 24–152

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2qj9
沉积日期 deposition_date	2007-07-06
结构标题 title	Crystal structure analysis of BMP-2 in complex with BMPR-IA variant B1
关键词 keywords	;ligand-receptor complex, Chondrogenesis, Cleavage on pair of basic residues, Cytokine, Developmental protein, Differentiation, Glycoprotein, Growth factor, Osteogenesis, ATP-binding, Disease mutation, Kinase, Magnesium, Manganese, Membrane, Metal-binding, Nucleotide-binding, Phosphorylation, Serine/threonine-protein kinase, Transferase, Transmembrane, Cytokine-Receptor COMPLEX ;; Cytokine/Receptor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.04 Å
零角强度 I(0) i0	34638900.00
分子量 molecular_weight	43131.0 kDa
排除体积 excluded_volume	53012 Å³
包络体积 envelope_volume	67544 Å³
水化壳体积 shell_volume	23872 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.9 Å
壳层 Rg shell_rg	30.49 Å
包络 Rg envelope_rg	24.19 Å
形状 Rg shape_rg	24.07 Å
总 Rg total_rg	24.70 Å
总原子数 total_atoms	3008
残基数 n_residues	386
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.6 Å
Rg (实空间) rg_real	24.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4640e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0650e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34640000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8859
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.370
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.477
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5591000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.940; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Bone morphogenetic protein 2
分子量 formula_weight	13126.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	3190

MAQAKHKQRKRLKSSCKRHPLYVDFSDVGWNDWIVAPPGYHAFYCHGECPFPLADHLNSTNHAIVQTLVNSVNSKIPKACCVPTELSAISMLYLDENEKVVLKNYQDMVVEGCGCR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Bone morphogenetic protein receptor type IA
分子量 formula_weight	14737.5 kDa
突变 mutation	K88R,S90T,K92I,A93P,Q94H,L95Q,T98S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C

GSGAMAQNLDSMLHGTGMKSDSDQKKSENGVTLAPEDTLPFLKCYCSGHCPDDAINNTCITNGHCFAIIEEDDQGETTLASGCMKYEGSDFQCRDTPIPHQRRSIECCRTNLCNQYLQPTLPPVVIGPFFDGSIR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	182

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2qj9a_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta

结构域编号 domain_id	d2qj9b_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta

结构域编号 domain_id	d2qj9c_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family family	g.7.1.3 — Extracellular domain of cell surface receptors

结构域编号 domain_id	d2qj9d_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family family	g.7.1.3 — Extracellular domain of cell surface receptors

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2qj9A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	2qj9B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	2qj9C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CD59

结构域编号 domain_id	2qj9D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CD59

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	105.961 Å
晶胞边长 b length_b	105.961 Å
晶胞边长 c length_c	96.789 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.440 Å
最低分辨率 resolution_low	30.590 Å
R 因子 r_factor	0.1998
R_work r_work	0.1971
R_free r_free	0.2534

fit	/app/data/saxs_computation/qj/2qj9/2qj9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qj/2qj9/2qj9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qj/2qj9/2qj9.dat

Crystal structure analysis of BMP-2 in complex with BMPR-IA variant B1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bone morphogenetic protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Bone morphogenetic protein receptor type IA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)