2qld

human Hsp40 Hdj1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DnaJ homolog subfamily B member 1

Homo sapiens

UniProt P25685

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 158–340 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;295 K;100mM Citric buffer, PEG400 25%, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.70 Å R-free 0.336

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DNJB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–183; UniProt 158–340

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2qld

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2qld
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2qld
沉积日期 deposition_date2007-07-12
结构标题 titlehuman Hsp40 Hdj1
关键词 keywordsprimarily beta sheets, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.72
零角强度 I(0) i06400370.00
分子量 molecular_weight19326.0 kDa
排除体积 excluded_volume24562 ų
包络体积 envelope_volume31894 ų
水化壳体积 shell_volume13046 ų
包络直径 envelope_diameter96.4
壳层 Rg shell_rg26.78
包络 Rg envelope_rg25.62
形状 Rg shape_rg24.68
总 Rg total_rg25.14
总原子数 total_atoms1359
残基数 n_residues171
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.8
Rg (实空间) rg_real25.21
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.12
I(0) (实空间) i0_real6.4000e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.6820e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.06
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6400000.0000
解质量估计 total_estimate0.6992
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.7
偏度 Skewness skewness0.697
峰度 Kurtosis kurtosis-0.127
角度范围 angular_range— – 0.3250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha822600.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.367; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.055; Smooth: 0.929

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2qlda1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.4 — HSP40/DnaJ peptide-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyb.4.1 — HSP40/DnaJ peptide-binding domain
家族 Family familyb.4.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2qlda2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.4 — HSP40/DnaJ peptide-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyb.4.1 — HSP40/DnaJ peptide-binding domain
家族 Family familyb.4.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2qldA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology260 — HSP40/DNAj peptide-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Urease metallochaperone UreE, N-terminal domain
结构域编号 domain_id2qldA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology260 — HSP40/DNAj peptide-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Urease metallochaperone UreE, N-terminal domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)