9nfs

Structure of J-PKAc chimera in complex with Aplithianine j1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 105.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nfs
沉积日期 deposition_date	2025-02-21
最后修订 last_revision	2026-03-04
结构标题 title	Structure of J-PKAc chimera in complex with Aplithianine j1
关键词 keywords	Protein kinase A, Fibrolamellar Hepatocellular carcinoma, Natural Product, Signaling protein, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.52 Å
零角强度 I(0) i0	289415000.00
分子量 molecular_weight	92422.0 kDa
排除体积 excluded_volume	90046 Å³
包络体积 envelope_volume	160500 Å³
水化壳体积 shell_volume	41048 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.2 Å
壳层 Rg shell_rg	39.48 Å
包络 Rg envelope_rg	32.46 Å
形状 Rg shape_rg	32.46 Å
总 Rg total_rg	33.04 Å
总原子数 total_atoms	7060
残基数 n_residues	844
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.9 Å
Rg (实空间) rg_real	33.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	289400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9020
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.203
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.648
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31790000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.907

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
分子量 formula_weight	2226.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C
原子数 atom_count	7060

TTYADFIASGRTGRRNAIHD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	DnaJ homolog subfamily B member 1,cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
分子量 formula_weight	47432.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.11
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

GKDYYQTLGLARGASDEEIKRAYRRQALRYHPDKNKEPGAEEKFKEIAEAYDVLSDPRKREIFDRYGEEVKEFLAKAKEDFLKKWESPAQNTAHLDQFERIKTLGTGSFGRVMLVKHKETGNHYAMKILDKQKVVKLKQIEHTLNEKRILQAVNFPFLVKLEFSFKDNSNLYMVMEYVPGGEMFSHLRRIGRFSEPHARFYAAQIVLTFEYLHSLDLIYRDLKPENLLIDQQGYIQVTDFGFAKRVKGRTWTLCGTPEYLAPEIILSKGYNKAVDWWALGVLIYEMAAGYPPFFADQPIQIYEKIVSGKVRFPSHFSSDLKDLLRNLLQVDLTKRFGNLKNGVNDIKNHKWFATTDWIAIYQRKVEAPFIPKFKGPGDTSNFDDYEEEEIRVSINEKCGKEFSEF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	(4P)-4-[4-(pyrimidin-4-yl)-3,4-dihydro-2H-1,4-thiazin-6-yl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine
分子量 formula_weight	295.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	50.605 Å
晶胞边长 b length_b	59.273 Å
晶胞边长 c length_c	90.817 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.87 °
晶胞夹角 β angle_beta	86.31 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.77 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.450 Å
最低分辨率 resolution_low	45.370 Å
R 因子 r_factor	0.2817
R_work r_work	0.2786
R_free r_free	0.3335

fit	/app/data/saxs_computation/nf/9nfs/9nfs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nf/9nfs/9nfs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nf/9nfs/9nfs.dat

Structure of J-PKAc chimera in complex with Aplithianine j1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)