2qnc

Crystal structure of T4 Endonuclease VII N62D mutant in complex with a DNA Holliday junction

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Recombination endonuclease VII

Enterobacteria phage T4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	;DNA (5'-D(DCPDGDAPDAPDGPDAPDAPDTPDTPDCPDCPDGPDGPDAPDTPDTPDAPDGPDGPDGPDAPDTPDCPDC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DGPDGPDAPDTPDCPDCPDCPDTPDAPDAPDGPDCPDTPDCPDCPDAPDTPDCPDGPDAPDTPDGPDTPDG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DCPDAPDCPDAPDTPDCPDGPDAPDTPDGPDGPDAPDGPDCPDCPDGPDCPDTPDAPDGPDGPDCPDCPDT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DAPDGPDGPDCPDCPDTPDAPDGPDCPDGPDTPDCPDCPDGPDGPDAPDAPDTPDTPDCPDTPDTPDCPDG)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 2 ZINC ION × 2 1,2-ETHANEDIOL × 2 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	END7_BPT4
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 B； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2qnc
沉积日期 deposition_date	2007-07-18
结构标题 title	Crystal structure of T4 Endonuclease VII N62D mutant in complex with a DNA Holliday junction
关键词 keywords	;T4 Endonuclease VII, Endo VII, Holliday junction, four-way junction, resolvase, resolving-enzyme, Alternative initiation, Calcium, Hydrolase, Metal-binding, Zinc, Hydrolase-DNA COMPLEX ;; Hydrolase/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2qnc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2qnc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2qnc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.44 Å
Rg（电子密度）	28.86 Å
总 Rg	29.40 Å
原子数	4449
残基数	407
排除体积	72989 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2qnc__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DCPDGDAPDAPDGPDAPDAPDTPDTPDCPDCPDGPDGPDAPDTPDTPDAPDGPDGPDGPDAPDTPDCPDC)-3') ;
分子量 formula_weight	7418.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	4460

CGAAGAATTCCGGATTAGGGATCC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DGPDGPDAPDTPDCPDCPDCPDTPDAPDAPDGPDCPDTPDCPDCPDAPDTPDCPDGPDAPDTPDGPDTPDG)-3') ;
分子量 formula_weight	7345.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GGATCCCTAAGCTCCATCGATGTG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DCPDAPDCPDAPDTPDCPDGPDAPDTPDGPDGPDAPDGPDCPDCPDGPDCPDTPDAPDGPDGPDCPDCPDT)-3') ;
分子量 formula_weight	7355.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CACATCGATGGAGCCGCTAGGCCT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DAPDGPDGPDCPDCPDTPDAPDGPDCPDGPDTPDCPDCPDGPDGPDAPDAPDTPDTPDCPDTPDTPDCPDG)-3') ;
分子量 formula_weight	7361.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

AGGCCTAGCGTCCGGAATTCTTCG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Recombination endonuclease VII
分子量 formula_weight	18174.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.22.4
突变 mutation	N62D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MLLTGKLYKEEKQKFYDAQNGKCLICQRELNPDVQANHLDHDHELNGPKAGKVRGLLCNLCDAAEGQMKHKFNRSGLKGQGVDYLEWLENLLTYLKSDYTQNNIHPNFVGDKSKEFSRLGKEEMMAEMLQRGFEYNESDTKTQLIASFKKQLRKSLK

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2qnca1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.140 — LEM/SAP HeH motif
超家族 Superfamily superfamily	a.140.4 — Recombination endonuclease VII, C-terminal and dimerization domains
家族 Family family	a.140.4.1 — Recombination endonuclease VII, C-terminal and dimerization domains

结构域编号 domain_id	d2qnca2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.4 — His-Me finger endonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.4.1 — His-Me finger endonucleases
家族 Family family	d.4.1.5 — Recombination endonuclease VII, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2qncb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.140 — LEM/SAP HeH motif
超家族 Superfamily superfamily	a.140.4 — Recombination endonuclease VII, C-terminal and dimerization domains
家族 Family family	a.140.4.1 — Recombination endonuclease VII, C-terminal and dimerization domains

结构域编号 domain_id	d2qncb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.4 — His-Me finger endonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.4.1 — His-Me finger endonucleases
家族 Family family	d.4.1.5 — Recombination endonuclease VII, N-terminal domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2qncA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1800 — His-Me finger endonuclease fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — His-Me finger endonucleases

结构域编号 domain_id	2qncA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	720 — Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2qncB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1800 — His-Me finger endonuclease fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — His-Me finger endonucleases

结构域编号 domain_id	2qncB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	720 — Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	99.197 Å
晶胞边长 b length_b	99.197 Å
晶胞边长 c length_c	186.884 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	42.270 Å
R 因子 r_factor	0.2580
R_work r_work	0.2580
R_free r_free	0.2780

Crystal structure of T4 Endonuclease VII N62D mutant in complex with a DNA Holliday junction

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Recombination endonuclease VII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qnc__assembly_1__model_1

2qnc__assembly_1__model_1 | I(q)

2qnc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of T4 Endonuclease VII N62D mutant in complex with a DNA Holliday junction

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Recombination endonuclease VII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qnc__assembly_1__model_1

2qnc__assembly_1__model_1 | I(q)

2qnc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)