2qrv

Structure of Dnmt3a-Dnmt3L C-terminal domain complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like × 2 （Q9UJW3） S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like × 2 （Q9UJW3） S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNM3A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 10–295； UniProt 624–909 作者链 D； PDB构建体 12–295； UniProt 624–909 作者链 E； PDB构建体 10–295； UniProt 624–909 作者链 H； PDB构建体 10–295； UniProt 624–909

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like

Homo sapiens

UniProt Q9UJW3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A × 2 （Q9Y6K1） S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A × 2 （Q9Y6K1） S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNM3L_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–230； UniProt 160–387 作者链 C； PDB构建体 4–230； UniProt 160–387 作者链 F； PDB构建体 4–230； UniProt 160–387 作者链 G； PDB构建体 4–230； UniProt 160–387

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2qrv
沉积日期 deposition_date	2007-07-29
结构标题 title	Structure of Dnmt3a-Dnmt3L C-terminal domain complex
关键词 keywords	;DNA methyltransferase 3a (Dnmt3a) and its regulatory factor, DNA methyltransferase 3-like protein (Dnmt3L), Nucleus, S-adenosyl-L-methionine, transferase-transferase regulator COMPLEX ;; transferase/transferase regulator
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2qrv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2qrv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2qrv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.76 Å
Rg（电子密度）	42.85 Å
总 Rg	42.63 Å
原子数	7336
残基数	911
排除体积	130790 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2qrv__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2qrv__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
分子量 formula_weight	33961.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,E,H
原子数 atom_count	14657

MGHHHHHHMPAEKRKPIRVLSLFDGIATGLLVLKDLGIQVDRYIASEVCEDSITVGMVRHQGKIMYVGDVRSVTQKHIQEWGPFDLVIGGSPCNDLSIVNPARKGLYEGTGRLFFEFYRLLHDARPKEGDDRPFFWLFENVVAMGVSDKRDISRFLESNPVMIDAKEVSAAHRARYFWGNLPGMNRPLASTVNDKLELQECLEHGRIAKFSKVRTITTRSNSIKQGKDQHFPVFMNEKEDILWCTEMERVFGFPVHYTDVSNMSRLARQRLLGRSWSVPVIRHLFAPLKEYFACV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
分子量 formula_weight	26692.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,F,G

GSMWRSQLKAFYDRESENPLEMFETVPVWRRQPVRVLSLFEDIKKELTSLGFLESGSDPGQLKHVVDVTDTVRKDVEEWGPFDLVYGATPPLGHTCDRPPSWYLFQFHRLLQYARPKPGSPRPFFWMFVDNLVLNKEDLDVASRFLEMEPVTIPDVHGGSLQNAVRVWSNIPAIRSRHWALVSEEELSLLAQNKQSSKLAAKWPTKLVKNCFLPLREYFKYFSTELTSSL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2qrvA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2qrvA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	70 — Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	2qrvB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2qrvC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2qrvD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2qrvD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	70 — Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	2qrvE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2qrvE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	70 — Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	2qrvF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2qrvG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2qrvH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2qrvH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	70 — Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

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晶胞边长 a length_a	401.881 Å
晶胞边长 b length_b	401.881 Å
晶胞边长 c length_c	49.689 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.890 Å
最低分辨率 resolution_low	38.900 Å
R 因子 r_factor	0.2590
R_work r_work	0.2590
R_free r_free	0.2810

Structure of Dnmt3a-Dnmt3L C-terminal domain complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qrv__assembly_1__model_1

2qrv__assembly_1__model_1 | I(q)

2qrv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Dnmt3a-Dnmt3L C-terminal domain complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qrv__assembly_1__model_1

2qrv__assembly_1__model_1 | I(q)

2qrv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)