2qwn

Crystal structure of disulfide-bond-crosslinked complex of bovine hsc70 (1-386aa)R171C and bovine Auxilin (810-910aa)D876C in the ADP*Pi state

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat shock cognate 71 kDa protein

Bos taurus

UniProt P19120

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–394 突变:R171C Putative tyrosine-protein phosphatase auxilin × 1 (Q27974) PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:microbatch under oil;pH 8;289 K;PEG3350, Ammonium Acetate, pH 8.0, microbatch under oil, temperature 289K 分辨率 2.40 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 41 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HSP7C_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–394; UniProt 1–394

Putative tyrosine-protein phosphatase auxilin

Bos taurus

UniProt Q27974

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 812–905 突变:D876C Heat shock cognate 71 kDa protein × 1 (P19120) PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:microbatch under oil;pH 8;289 K;PEG3350, Ammonium Acetate, pH 8.0, microbatch under oil, temperature 289K 分辨率 2.40 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AUXI_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–94; UniProt 812–905

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2qwn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2qwn
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2qwn
沉积日期 deposition_date2007-08-10
结构标题 titleCrystal structure of disulfide-bond-crosslinked complex of bovine hsc70 (1-386aa)R171C and bovine Auxilin (810-910aa)D876C in the ADP*Pi state
关键词 keywords;chaperone-cochaperone complex, ATP-binding, Nucleotide-binding, Nucleus, Phosphorylation, Stress response, Hydrolase, Protein phosphatase, SH3-binding, CHAPERONE ;; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.76
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.23
零角强度 I(0) i048135400.00
分子量 molecular_weight53517.0 kDa
排除体积 excluded_volume66893 ų
包络体积 envelope_volume82184 ų
水化壳体积 shell_volume27962 ų
包络直径 envelope_diameter96.7
壳层 Rg shell_rg31.78
包络 Rg envelope_rg25.57
形状 Rg shape_rg25.23
总 Rg total_rg25.93
总原子数 total_atoms3759
残基数 n_residues477
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.9
Rg (实空间) rg_real25.83
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.83
I(0) (实空间) i0_real4.8140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.2210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.81
I(0) (倒空间) i0_reciprocal48130000.0000
解质量估计 total_estimate0.8525
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary89.5
偏度 Skewness skewness0.497
峰度 Kurtosis kurtosis-0.009
角度范围 angular_range— – 0.3100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14750000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.727; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.950; Smooth: 0.947

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2qwna1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd2qwna2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd2qwnb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.2 — Long alpha-hairpin
超家族 Superfamily superfamilya.2.3 — Chaperone J-domain
家族 Family familya.2.3.1 — Chaperone J-domain

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id2qwnA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id2qwnA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30
结构域编号 domain_id2qwnA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id2qwnA04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id2qwnB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110 — DnaJ domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)