SAXSdb — 2r1b

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurexin-1-beta

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 77–294	片段：LNS/LG domain	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；17% Peg 8000, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.5% beta-octyl-glucoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.72 Å R-free 0.225
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 77–294	片段：LNS/LG domain	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；17% Peg 8000, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.5% beta-octyl-glucoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.72 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2R1B	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C4R THE STRUCTURE OF THE LIGAND-BINDING DOMAIN OF NEUREXIN 1BETA: REGULATION OF LNS DOMAIN FUNCTION BY ALTERNATIVE SPLICING 提交 1999-09-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 81–292（212 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.279
1C4R THE STRUCTURE OF THE LIGAND-BINDING DOMAIN OF NEUREXIN 1BETA: REGULATION OF LNS DOMAIN FUNCTION BY ALTERNATIVE SPLICING 提交 1999-09-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 81–292（212 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.279
1C4R THE STRUCTURE OF THE LIGAND-BINDING DOMAIN OF NEUREXIN 1BETA: REGULATION OF LNS DOMAIN FUNCTION BY ALTERNATIVE SPLICING 提交 1999-09-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 81–292（212 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.279
1C4R THE STRUCTURE OF THE LIGAND-BINDING DOMAIN OF NEUREXIN 1BETA: REGULATION OF LNS DOMAIN FUNCTION BY ALTERNATIVE SPLICING 提交 1999-09-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 81–292（212 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.279
1C4R THE STRUCTURE OF THE LIGAND-BINDING DOMAIN OF NEUREXIN 1BETA: REGULATION OF LNS DOMAIN FUNCTION BY ALTERNATIVE SPLICING 提交 1999-09-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 81–292（212 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.279
1C4R THE STRUCTURE OF THE LIGAND-BINDING DOMAIN OF NEUREXIN 1BETA: REGULATION OF LNS DOMAIN FUNCTION BY ALTERNATIVE SPLICING 提交 1999-09-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 81–292（212 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.279
1C4R THE STRUCTURE OF THE LIGAND-BINDING DOMAIN OF NEUREXIN 1BETA: REGULATION OF LNS DOMAIN FUNCTION BY ALTERNATIVE SPLICING 提交 1999-09-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 81–292（212 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.279
1C4R THE STRUCTURE OF THE LIGAND-BINDING DOMAIN OF NEUREXIN 1BETA: REGULATION OF LNS DOMAIN FUNCTION BY ALTERNATIVE SPLICING 提交 1999-09-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 81–292（212 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.279
2R1D Crystal structure of rat neurexin 1beta in the Ca2+ containing form 提交 2007-08-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–302（225 aa）片段：LNS/LG domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；21% Peg 5000 MME, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M AmSO4, 1.86% 1,2,3-heptanetriol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
2R1D Crystal structure of rat neurexin 1beta in the Ca2+ containing form 提交 2007-08-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 W 78–302（225 aa）片段：LNS/LG domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；21% Peg 5000 MME, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M AmSO4, 1.86% 1,2,3-heptanetriol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
2R1D Crystal structure of rat neurexin 1beta in the Ca2+ containing form 提交 2007-08-22	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 78–302（225 aa）片段：LNS/LG domain	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；21% Peg 5000 MME, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M AmSO4, 1.86% 1,2,3-heptanetriol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
2R1D Crystal structure of rat neurexin 1beta in the Ca2+ containing form 提交 2007-08-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 78–302（225 aa）片段：LNS/LG domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；21% Peg 5000 MME, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M AmSO4, 1.86% 1,2,3-heptanetriol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
2R1D Crystal structure of rat neurexin 1beta in the Ca2+ containing form 提交 2007-08-22	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 78–302（225 aa）片段：LNS/LG domain	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；21% Peg 5000 MME, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M AmSO4, 1.86% 1,2,3-heptanetriol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
2R1D Crystal structure of rat neurexin 1beta in the Ca2+ containing form 提交 2007-08-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 78–302（225 aa）片段：LNS/LG domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；21% Peg 5000 MME, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M AmSO4, 1.86% 1,2,3-heptanetriol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
2R1D Crystal structure of rat neurexin 1beta in the Ca2+ containing form 提交 2007-08-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 78–302（225 aa）片段：LNS/LG domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；21% Peg 5000 MME, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M AmSO4, 1.86% 1,2,3-heptanetriol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
2R1D Crystal structure of rat neurexin 1beta in the Ca2+ containing form 提交 2007-08-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 78–302（225 aa）片段：LNS/LG domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；21% Peg 5000 MME, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M AmSO4, 1.86% 1,2,3-heptanetriol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
2R1D Crystal structure of rat neurexin 1beta in the Ca2+ containing form 提交 2007-08-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 78–302（225 aa）片段：LNS/LG domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；21% Peg 5000 MME, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M AmSO4, 1.86% 1,2,3-heptanetriol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
2R1D Crystal structure of rat neurexin 1beta in the Ca2+ containing form 提交 2007-08-22	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 78–302（225 aa）片段：LNS/LG domain	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；21% Peg 5000 MME, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M AmSO4, 1.86% 1,2,3-heptanetriol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
2WQZ Crystal structure of synaptic protein neuroligin-4 in complex with neurexin-beta 1: alternative refinement 提交 2009-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 80–200（121 aa）片段：LNS DOMAIN, RESIDUES 80-258 链 D 201–258（58 aa）片段：LNS DOMAIN, RESIDUES 80-258	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；8% PEG 20000, 0.1M MES PH6.5	分辨率 3.90 Å R-free 0.276
2WQZ Crystal structure of synaptic protein neuroligin-4 in complex with neurexin-beta 1: alternative refinement 提交 2009-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 80–200（121 aa）片段：LNS DOMAIN, RESIDUES 80-258 链 C 201–258（58 aa）片段：LNS DOMAIN, RESIDUES 80-258	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；8% PEG 20000, 0.1M MES PH6.5	分辨率 3.90 Å R-free 0.276
2XB6 Revisited crystal structure of Neurexin1beta-Neuroligin4 complex 提交 2010-04-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 80–258（179 aa）片段：LNS DOMAIN, RESIDUES 80-258	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16 CL CHLORIDE ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.3；100MM MES PH6.3,10% PEG 20000, 2MM CACL2	分辨率 2.60 Å R-free 0.236
2XB6 Revisited crystal structure of Neurexin1beta-Neuroligin4 complex 提交 2010-04-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 80–258（179 aa）片段：LNS DOMAIN, RESIDUES 80-258	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14 CL CHLORIDE ION × 3 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.3；100MM MES PH6.3,10% PEG 20000, 2MM CACL2	分辨率 2.60 Å R-free 0.236
3BIW Crystal structure of the Neuroligin-1/Neurexin-1beta synaptic adhesion complex 提交 2007-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 47–201（155 aa）片段：extracellular LNS domain of Neurexin-1beta 链 E 232–299（68 aa）片段：extracellular LNS domain of Neurexin-1beta 链 H 47–201（155 aa）片段：extracellular LNS domain of Neurexin-1beta 链 H 232–299（68 aa）片段：extracellular LNS domain of Neurexin-1beta	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；8% PEG6000, 0.1 M MgCl2, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.276
3BIW Crystal structure of the Neuroligin-1/Neurexin-1beta synaptic adhesion complex 提交 2007-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 47–201（155 aa）片段：extracellular LNS domain of Neurexin-1beta 链 F 232–299（68 aa）片段：extracellular LNS domain of Neurexin-1beta 链 G 47–201（155 aa）片段：extracellular LNS domain of Neurexin-1beta 链 G 232–299（68 aa）片段：extracellular LNS domain of Neurexin-1beta	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；8% PEG6000, 0.1 M MgCl2, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.276

共 5 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NRX1B_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–220； UniProt 77–294 作者链 B； PDB构建体 3–220； UniProt 77–294

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2r1b
沉积日期 deposition_date	2007-08-22
结构标题 title	Crystal Structure of rat neurexin 1beta with a splice insert at SS#4
关键词 keywords	beta-sandwich, CELL ADHESION, SPLICING; CELL ADHESION, SPLICING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.63 Å
零角强度 I(0) i0	28130300.00
分子量 molecular_weight	42215.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52701 Å³
包络体积 envelope_volume	90956 Å³
水化壳体积 shell_volume	19221 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.4 Å
壳层 Rg shell_rg	46.74 Å
包络 Rg envelope_rg	36.37 Å
形状 Rg shape_rg	39.61 Å
总 Rg total_rg	40.18 Å
总原子数 total_atoms	2982
残基数 n_residues	394
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.5 Å
Rg (实空间) rg_real	40.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6820e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28120000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5566
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.049
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.455
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2027000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.023; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.152; Smooth: 0.013

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Neurexin-1-beta
分子量 formula_weight	23994.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3378

GSSLRGGHAGTTYIFSKGGGQITYKWPPNDRPSTRADRLAIGFSTVQKEAVLVRVDSSSGLGDYLELHIHQGKIGVKFNVGTDDIAIEESNAIINDGKYHVVRFTRSGGNATLQVDSWPVIERYPAGNNDNERLAIARQRIPYRLGRVVDEWLLDKGRQLTIFNSQATIIIGGKEQGQPFQGQLSGLYYNGLKVLNMAAENDANIAIVGNVRLVGEVPSS

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	353

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2r1ba_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.4 — Laminin G-like module

结构域编号 domain_id	d2r1bb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.4 — Laminin G-like module

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2r1bA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	2r1bB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	84.122 Å
晶胞边长 b length_b	39.260 Å
晶胞边长 c length_c	85.410 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.47 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.720 Å
最低分辨率 resolution_low	19.900 Å
R 因子 r_factor	0.1996
R_work r_work	0.1974
R_free r_free	0.2247

fit	/app/data/saxs_computation/r1/2r1b/2r1b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r1/2r1b/2r1b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r1/2r1b/2r1b.dat

Crystal Structure of rat neurexin 1beta with a splice insert at SS#4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurexin-1-beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction