SAXSdb — 2r25

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphorelay intermediate protein YPD1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Osmosensing histidine protein kinase SLN1 × 1 （P39928） MAGNESIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YPD1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–167； UniProt 1–167

Osmosensing histidine protein kinase SLN1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P39928

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Phosphorelay intermediate protein YPD1 × 1 （Q07688） MAGNESIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SLN1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–133； UniProt 1086–1218

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2r25
沉积日期 deposition_date	2007-08-24
结构标题 title	Complex of YPD1 and SLN1-R1 with bound Mg2+ and BeF3-
关键词 keywords	;alpha5-beta5, response regulator, four helix bundle, histidine phosphotransfer (HPt) protein, histidine kinase (HK), Cytoplasm, Nucleus, Phosphorylation, Two-component regulatory system, Glycoprotein, Magnesium, Membrane, Metal-binding, Transferase, Transmembrane, Signaling PROTEIN-Transferase COMPLEX ;; Signaling PROTEIN/Transferase
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2r25__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2r25__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2r25__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.34 Å
Rg（电子密度）	20.29 Å
总 Rg	21.16 Å
原子数	2383
残基数	299
排除体积	42685 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2r25__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphorelay intermediate protein YPD1
分子量 formula_weight	19187.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2723

MSTIPSEIINWTILNEIISMDDDDSDFSKGLIIQFIDQAQTTFAQMQRQLDGEKNLTELDNLGHFLKGSSAALGLQRIAWVCERIQNLGRKMEHFFPNKTELVNTLSDKSIINGINIDEDDEEIKIQVDDKDENSIYLILIAKALNQSRLEFKLARIELSKYYNTNL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Osmosensing histidine protein kinase SLN1
分子量 formula_weight	14950.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.13.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

TSVKILVVEDNHVNQEVIKRMLNLEGIENIELACDGQEAFDKVKELTSKGENYNMIFMDVQMPKVDGLLSTKMIRRDLGYTSPIVALTAFADDSNIKECLESGMNGFLSKPIKRPKLKTILTEFCAAYQGKKN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	238

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2r25a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.10 — Histidine-containing phosphotransfer domain, HPT domain
家族 Family family	a.24.10.2 — Phosphorelay protein-like

结构域编号 domain_id	d2r25b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.1 — CheY-like
家族 Family family	c.23.1.1 — CheY-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2r25A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — HPT domain

结构域编号 domain_id	2r25B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

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晶胞边长 a length_a	52.013 Å
晶胞边长 b length_b	75.544 Å
晶胞边长 c length_c	98.392 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	17.750 Å
R 因子 r_factor	0.1990
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2400

Complex of YPD1 and SLN1-R1 with bound Mg2+ and BeF3-

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphorelay intermediate protein YPD1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Osmosensing histidine protein kinase SLN1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2r25__assembly_1__model_1

2r25__assembly_1__model_1 | I(q)

2r25__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Complex of YPD1 and SLN1-R1 with bound Mg2+ and BeF3-

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphorelay intermediate protein YPD1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Osmosensing histidine protein kinase SLN1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2r25__assembly_1__model_1

2r25__assembly_1__model_1 | I(q)

2r25__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)