SAXSdb — 2r5k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein L1

Human papillomavirus type 11

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 5	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VL1_HPV11
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–381； UniProt 20–399 作者链 A； PDB构建体 387–424； UniProt 433–470 作者链 B； PDB构建体 2–381； UniProt 20–399 作者链 B； PDB构建体 387–424； UniProt 433–470 作者链 C； PDB构建体 2–381； UniProt 20–399 作者链 C； PDB构建体 387–424； UniProt 433–470 作者链 D； PDB构建体 2–381； UniProt 20–399 作者链 D； PDB构建体 387–424； UniProt 433–470 作者链 E； PDB构建体 2–381； UniProt 20–399 作者链 E； PDB构建体 387–424； UniProt 433–470

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2r5k
沉积日期 deposition_date	2007-09-03
结构标题 title	Pentamer Structure of Major Capsid protein L1 of Human Papilloma Virus type 11
关键词 keywords	HPV11, Capsid, Pentamer, Type specific epitope, Capsid protein, Late protein, Virion, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2r5k__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2r5k__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2r5k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.21 Å
Rg（电子密度）	38.30 Å
总 Rg	38.84 Å
原子数	16390
残基数	2095
排除体积	289970 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2r5k__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	2r5kA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus

结构域编号 domain_id	2r5kB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus

结构域编号 domain_id	2r5kC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus

结构域编号 domain_id	2r5kD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus

结构域编号 domain_id	2r5kE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus

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晶胞边长 a length_a	115.710 Å
晶胞边长 b length_b	159.970 Å
晶胞边长 c length_c	158.440 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	48.240 Å
R 因子 r_factor	0.2890
R_work r_work	0.2890
R_free r_free	0.3170

描述 description	Major capsid protein L1
分子量 formula_weight	46942.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	16390

Pentamer Structure of Major Capsid protein L1 of Human Papilloma Virus type 11

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein L1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2r5k__assembly_1__model_1

2r5k__assembly_1__model_1 | I(q)

2r5k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Human papillomavirus type 11
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10580
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Pentamer Structure of Major Capsid protein L1 of Human Papilloma Virus type 11

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein L1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2r5k__assembly_1__model_1

2r5k__assembly_1__model_1 | I(q)

2r5k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)