SAXSdb — 2r5y

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Homeotic protein Sex combs reduced

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(DAPDCPDTPDCPDTPDAPDTPDGPDAPDTPDTPDTPDAPDTPDGPDGPDGPDCPDTPDG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DTPDCPDAPDGPDCPDCPDCPDAPDTPDAPDAPDAPDTPDCPDAPDTPDAPDGPDAPDG)-3') ; × 1 Homeobox protein extradenticle × 1 （P40427） water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCR_DROME
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–88； UniProt 298–384

Homeobox protein extradenticle

Drosophila melanogaster

UniProt P40427

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(DAPDCPDTPDCPDTPDAPDTPDGPDAPDTPDTPDTPDAPDTPDGPDGPDGPDCPDTPDG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DTPDCPDAPDGPDCPDCPDCPDAPDTPDAPDAPDAPDTPDCPDAPDTPDAPDGPDAPDG)-3') ; × 1 Homeotic protein Sex combs reduced × 1 （P09077） water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EXD_DROME
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–63； UniProt 238–300

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2r5y
沉积日期 deposition_date	2007-09-04
结构标题 title	Structure of Scr/Exd complex bound to a consensus Hox-Exd site
关键词 keywords	;Homeodomain, homeotic proteins, specificity, Developmental protein, DNA-binding, Homeobox, Nucleus, Transcription, Transcription regulation, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2r5y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2r5y__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2r5y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.46 Å
Rg（电子密度）	19.83 Å
总 Rg	20.57 Å
原子数	1963
残基数	172
排除体积	32272 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2r5y__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DAPDCPDTPDCPDTPDAPDTPDGPDAPDTPDTPDTPDAPDTPDGPDGPDGPDCPDTPDG)-3') ;
分子量 formula_weight	6155.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	2066

ACTCTATGATTTATGGGCTG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DTPDCPDAPDGPDCPDCPDCPDAPDTPDAPDAPDAPDTPDCPDAPDTPDAPDGPDAPDG)-3') ;
分子量 formula_weight	6111.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TCAGCCCATAAATCATAGAG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Homeotic protein Sex combs reduced
分子量 formula_weight	10967.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GKKNPPQIYPWMKRVHLGTSTVNANGETKRQRTSYTRYQTLELEKEFHFNRYLTRRRRIEIAHALSLTERQIKIWFQNRRMKWKKEHK

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Homeobox protein extradenticle
分子量 formula_weight	7553.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ARRKRRNFSKQASEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELARKCGITVSQVSNWFGNKRIRYKKNI

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	103

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2r5ya1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.1 — Homeodomain

结构域编号 domain_id	d2r5ya2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2r5yb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.1 — Homeodomain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2r5yA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	2r5yB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

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晶胞边长 a length_a	65.310 Å
晶胞边长 b length_b	65.310 Å
晶胞边长 c length_c	200.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	11.960 Å
R 因子 r_factor	0.2550
R_work r_work	0.2550
R_free r_free	0.2990

Structure of Scr/Exd complex bound to a consensus Hox-Exd site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Homeotic protein Sex combs reduced

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Homeobox protein extradenticle

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2r5y__assembly_1__model_1

2r5y__assembly_1__model_1 | I(q)

2r5y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Scr/Exd complex bound to a consensus Hox-Exd site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Homeotic protein Sex combs reduced

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Homeobox protein extradenticle

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2r5y__assembly_1__model_1

2r5y__assembly_1__model_1 | I(q)

2r5y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)