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2r5y

Structure of Scr/Exd complex bound to a consensus Hox-Exd site

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Homeotic protein Sex combs reduced

Drosophila melanogaster

UniProt P09077

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 298–384 片段：Homeobox DNA-binding domain ;DNA (5'-D(*DAP*DCP*DTP*DCP*DTP*DAP*DTP*DGP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DGP*DGP*DGP*DCP*DTP*DG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*DTP*DCP*DAP*DGP*DCP*DCP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DCP*DAP*DTP*DAP*DGP*DAP*DG)-3') ; × 1 Homeobox protein extradenticle × 1 （P40427） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；277 K；20% MPD, 10-14% PEG 4000, 0.2M sodium acetate, 0.2M potassium chloride, 0.1M Tris , pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.60 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2R5Y Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2R5Z Structure of Scr/Exd complex bound to a DNA sequence derived from the fkh gene 提交 2007-09-04 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 298–384（87 aa） 片段：Homeobox DNA-binding domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.7；10-14 % PEG 4K, 20 % MPD, 0.1 M Tris, pH 8.7-8.9, 0.2 M Sodium Acetate, 0.2 M Potassium Chloride
分辨率 2.60 Å R-free 0.303

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SCR_DROME
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–88； UniProt 298–384

Homeobox protein extradenticle

Drosophila melanogaster

UniProt P40427

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 238–300 片段：Homeobox TALE-type DNA-binding domain ;DNA (5'-D(*DAP*DCP*DTP*DCP*DTP*DAP*DTP*DGP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DGP*DGP*DGP*DCP*DTP*DG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*DTP*DCP*DAP*DGP*DCP*DCP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DCP*DAP*DTP*DAP*DGP*DAP*DG)-3') ; × 1 Homeotic protein Sex combs reduced × 1 （P09077） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；277 K；20% MPD, 10-14% PEG 4000, 0.2M sodium acetate, 0.2M potassium chloride, 0.1M Tris , pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.60 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2R5Y Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B8I STRUCTURE OF THE HOMEOTIC UBX/EXD/DNA TERNARY COMPLEX 提交 1999-02-01 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 238–300（63 aa） 片段：HOMEODOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；0.6M AMMONIUM PHOSPHATE, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.40 Å R-free 0.304
2R5Z Structure of Scr/Exd complex bound to a DNA sequence derived from the fkh gene 提交 2007-09-04 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 238–300（63 aa） 片段：Homeobox TALE-type DNA-binding domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.7；10-14 % PEG 4K, 20 % MPD, 0.1 M Tris, pH 8.7-8.9, 0.2 M Sodium Acetate, 0.2 M Potassium Chloride
分辨率 2.60 Å R-free 0.303
4CYC CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE HEXAPEPTIDE AND UBDA MOTIFS 提交 2014-04-10 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 238–312（75 aa） 片段：HOMEODOMAIN RESIDUES 238-312
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M AMMONIUM PHOSPHATE, pH 7.5
分辨率 2.36 Å R-free 0.227
4UUS CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE UBDA MOTIF 提交 2014-07-31 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 238–312（75 aa） 片段：HOMEODOMAIN RESIDUES 238-312
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；0.2M AMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM-CITRATE PH 4.5, 4% P4000
分辨率 2.55 Å R-free 0.239
4UUS CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE UBDA MOTIF 提交 2014-07-31 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 F 238–312（75 aa） 片段：HOMEODOMAIN RESIDUES 238-312
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；0.2M AMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM-CITRATE PH 4.5, 4% P4000
分辨率 2.55 Å R-free 0.239
5ZJQ Structure of AbdB/Exd complex bound to a 'Red14' DNA sequence 提交 2018-03-22 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 237–310（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；200mM MgCl2, 0.1M Tris pH 5.8, 17.5% PEG 4000, 5% glycerol
分辨率 2.44 Å R-free 0.252
5ZJR Structure of AbdB/Exd complex bound to a 'Magenta14' DNA sequence 提交 2018-03-22 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 237–310（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；90mM MgCl2, 0.1M Tris pH9.0, 22% PEG 3350
分辨率 3.03 Å R-free 0.288
5ZJS Structure of AbdB/Exd complex bound to a 'Blue14' DNA sequence 提交 2018-03-22 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 237–310（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200mM MgCl2, 0.1M Tris pH 5.8, 17.5% PEG 3350, 2.5% glycerol
分辨率 2.90 Å R-free 0.281
5ZJT Structure of AbdB/Exd complex bound to a 'Black14' DNA sequence 提交 2018-03-22 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 237–310（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1M Sodium citrate pH 5.3, 25% PEG 3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.276
7YB4 Solution structure of homeodomain of EXTRADENTICLE 提交 2022-06-28 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 238–300（63 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 0.6 mM [U-13C; U-15N] Homeobox protein Extradenticle, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-13C; U-15N] Homeobox protein Extradenticle, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EXD_DROME
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–63； UniProt 238–300

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2r5y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2r5y
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2r5y
沉积日期 deposition_date2007-09-04
结构标题 titleStructure of Scr/Exd complex bound to a consensus Hox-Exd site
关键词 keywords;Homeodomain, homeotic proteins, specificity, Developmental protein, DNA-binding, Homeobox, Nucleus, Transcription, Transcription regulation, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.83 Å
零角强度 I(0) i022872600.00
分子量 molecular_weight28513.0 kDa
排除体积 excluded_volume32272 ų
包络体积 envelope_volume42035 ų
水化壳体积 shell_volume18375 ų
包络直径 envelope_diameter75.2 Å
壳层 Rg shell_rg25.52 Å
包络 Rg envelope_rg20.02 Å
形状 Rg shape_rg19.80 Å
总 Rg total_rg20.57 Å
总原子数 total_atoms1963
残基数 n_residues172
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.9 Å
Rg (实空间) rg_real20.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2600e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal22870000.0000
解质量估计 total_estimate0.7819
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.6 Å
偏度 Skewness skewness0.413
峰度 Kurtosis kurtosis-0.151
角度范围 angular_range— – 0.3900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3367000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.737; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.953; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2r5ya1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family familya.4.1.1 — Homeodomain
结构域编号 domain_idd2r5ya2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2r5yb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family familya.4.1.1 — Homeodomain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2r5yA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like
结构域编号 domain_id2r5yB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)