2r9k

Crystal Structure of Misteltoe Lectin I in Complex with Phloretamide

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B

Viscum album

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Beta-galactoside-specific lectin 1 × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(4-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SULFATE ION × 4 GLYCEROL × 4 CHLORIDE ION × 1 3-(4-hydroxyphenyl)propanamide × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 2	Beta-galactoside-specific lectin 1 × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(4-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 SULFATE ION × 8 GLYCEROL × 8 CHLORIDE ION × 2 3-(4-hydroxyphenyl)propanamide × 2 water × 4	与蛋白数一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 2	Beta-galactoside-specific lectin 1 × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(4-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 SULFATE ION × 8 GLYCEROL × 8 CHLORIDE ION × 2 3-(4-hydroxyphenyl)propanamide × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ML1_VISAL
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–263； UniProt 302–564

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2r9k
沉积日期 deposition_date	2007-09-13
结构标题 title	Crystal Structure of Misteltoe Lectin I in Complex with Phloretamide
关键词 keywords	ML-I, phloretamide, Viscum album, Glycoprotein, Hydrolase, Lectin, Plant defense, Protein synthesis inhibitor, Toxin; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2r9k__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2r9k__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2r9k__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.63 Å
Rg（电子密度）	31.75 Å
总 Rg	32.39 Å
原子数	8104
残基数	1020
排除体积	143110 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2r9k__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2r9k__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2r9k__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Beta-galactoside-specific lectin 1
分子量 formula_weight	27820.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4135

YERLRLRTDQQTTGAEYFSFITVLRDYVSSGSFSNNIPLLRQSTVPVSEGQRFVLVELTNAGGDTITAAIDVTNLYVVAYEAGNQSYFLSDAPAGAETQDFSGTTSSSQPFNGSYPDLERYAGHRDQIPLGIDQLIQSVTALRFPGGQTKTQARSILILIQMISEAARFNPILWRARQYINSGASFLPDVYMLELETSWGQQSTQVQHSTDGVFNNPIALAIAPGVIVTLTNIRDVIASLAIMLFVCGERPSSS

来源 Source

来源生物 organism	Viscum album
通用名 common_name	European mistletoe
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3972

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B
分子量 formula_weight	28568.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DAVTCTASEPIVRIVGRNGMTVDVRDDDFHDGNQIQLWPSKSNNDPNQLWTIKKDGTIRSNGSCLTTYGYTAGVYVMIFDCNTAVREATIWQIWGNGTIINPRSNLVLAASSGIKGTTLTVQTLDYTLGQGWLAGNDTAPRETTIYGFRDLCMESAGGSVYVETCTAGQENQRWALYGDGSIRPKQLQSQCLTNGRDSISTVINIVSCSAGSSGQRWVFTNEGAILNLKNGLAMDVAQANPSLQRIIIYPATGNPNQMWLPVP

来源 Source

来源生物 organism	Viscum album
通用名 common_name	European mistletoe
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3972

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(4-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	3-(4-hydroxyphenyl)propanamide
分子量 formula_weight	165.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	72

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2r9ka_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.165 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
超家族 Superfamily superfamily	d.165.1 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
家族 Family family	d.165.1.1 — Plant cytotoxins

结构域编号 domain_id	d2r9kb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.1 — Ricin B-like

结构域编号 domain_id	d2r9kb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.1 — Ricin B-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2r9kA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Ricin (A subunit); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A subunit), domain 1

结构域编号 domain_id	2r9kA02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	470 — Ricin (A Subunit), domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A Subunit), domain 2

结构域编号 domain_id	2r9kB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2r9kB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

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晶胞边长 a length_a	107.059 Å
晶胞边长 b length_b	107.059 Å
晶胞边长 c length_c	312.375 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	19.740 Å
R 因子 r_factor	0.2282
R_work r_work	0.2262
R_free r_free	0.2670

Crystal Structure of Misteltoe Lectin I in Complex with Phloretamide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2r9k__assembly_3__model_1

2r9k__assembly_3__model_1 | I(q)

2r9k__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Misteltoe Lectin I in Complex with Phloretamide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2r9k__assembly_3__model_1

2r9k__assembly_3__model_1 | I(q)

2r9k__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)