SAXSdb — 2rbl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tenascin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 802–893 链 B； UniProt 802–893	片段：unp residues 802-896 突变：M24F, P25K, S27L, Q28A, P29E, V30I, F33I	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3；298 K；2.0 M Ammonium Sulfate, pH = 3.0, 10% additive 0.1 M cupric chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.300
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 802–893	片段：unp residues 802-896 突变：M24F, P25K, S27L, Q28A, P29E, V30I, F33I	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3；298 K；2.0 M Ammonium Sulfate, pH = 3.0, 10% additive 0.1 M cupric chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2RBL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1TEN STRUCTURE OF A FIBRONECTIN TYPE III DOMAIN FROM TENASCIN PHASED BY MAD ANALYSIS OF THE SELENOMETHIONYL PROTEIN 提交 1992-08-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 802–891（90 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
2RB8 High resolution design of a protein loop 提交 2007-09-18	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 802–893（92 aa）片段：unp residues 802-896	突变：M24F, P25K, S27L, Q28A, P29E, V30I, F33I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；3.8M sodium formate, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.196
6QNV Fibrinogen-like globe domain of Human Tenascin-C 提交 2019-02-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1979–2196（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；Morpheus 0.09M NPS, 0.1M Buffer System 3 pH = 8.5, 50% v/v Precipitant Mix 1	分辨率 1.40 Å R-free 0.182
8FN8 Crystal structure of the C-terminal Fg domain of TNC with the single FN domain of PTPRZ 提交 2022-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1975–2201（227 aa）片段：Fg domain (UNP residues 1975-2201)	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% w/v PEG3350, 100 mM Tris-HCl, pH 8.0	分辨率 1.89 Å R-free 0.205
8FNB Crystal structure of the C-terminal Fg domain of human TNC with the mutations Y2140H and S2164H 提交 2022-12-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1975–2201（227 aa）片段：Fg domain (UNP residues 1975-2201)	突变：Y2140H, S2164H	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200 mM lithium sulfate, 25% PEG1500, 50 mM Tris, pH 8.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.174
8FNB Crystal structure of the C-terminal Fg domain of human TNC with the mutations Y2140H and S2164H 提交 2022-12-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1975–2201（227 aa）片段：Fg domain (UNP residues 1975-2201)	突变：Y2140H, S2164H	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200 mM lithium sulfate, 25% PEG1500, 50 mM Tris, pH 8.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.174
9NIG PB TCR in complex with HLA-DR4 presenting citrullinated Tenascin C peptide 提交 2025-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 P 1013–1024（12 aa）片段：residues 1013-1024	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH7.5, 0.3M NaCl, 0.05 M Glutamic acid, 0.05M Arginine, 20% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.260
9NIG PB TCR in complex with HLA-DR4 presenting citrullinated Tenascin C peptide 提交 2025-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 1013–1024（12 aa）片段：residues 1013-1024	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH7.5, 0.3M NaCl, 0.05 M Glutamic acid, 0.05M Arginine, 20% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.260
9NIG PB TCR in complex with HLA-DR4 presenting citrullinated Tenascin C peptide 提交 2025-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 L 1013–1024（12 aa）片段：residues 1013-1024	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH7.5, 0.3M NaCl, 0.05 M Glutamic acid, 0.05M Arginine, 20% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.260
9NIH Crystal structure of HLA-DR4 presenting citrullinated Tenascin C peptide 提交 2025-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1013–1024（12 aa）片段：residues 1013-1024	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Bis Tris pH 5.5, 29% PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.219
9R5Y Crystal structure of the C-terminal domain of human TNC in complex with Adhiron 52 提交 2025-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1976–2193（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；291.15 K；10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium l-tartrate, 0.02 M sodium oxamate, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5	分辨率 1.40 Å R-free 0.185
9R5Y Crystal structure of the C-terminal domain of human TNC in complex with Adhiron 52 提交 2025-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1976–2193（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；291.15 K；10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium l-tartrate, 0.02 M sodium oxamate, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5	分辨率 1.40 Å R-free 0.185

共 8 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TENA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–93； UniProt 802–893 作者链 B； PDB构建体 2–93； UniProt 802–893 作者链 M； PDB构建体 2–93； UniProt 802–893

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2rbl
沉积日期 deposition_date	2007-09-19
结构标题 title	High resolution design of a protein loop
关键词 keywords	;Beta sheet, loop design, Alternative splicing, Cell adhesion, Coiled coil, EGF-like domain, Extracellular matrix, Glycoprotein, Phosphorylation, Polymorphism, Secreted ;; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.71 Å
零角强度 I(0) i0	15163800.00
分子量 molecular_weight	28598.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35422 Å³
包络体积 envelope_volume	44904 Å³
水化壳体积 shell_volume	17856 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.9 Å
壳层 Rg shell_rg	27.73 Å
包络 Rg envelope_rg	22.72 Å
形状 Rg shape_rg	22.72 Å
总 Rg total_rg	23.35 Å
总原子数 total_atoms	2009
残基数 n_residues	258
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	75.8 Å
Rg (实空间) rg_real	23.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9270e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15160000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6919
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	22.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.433
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.425
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.171; Positv: 1.000; Valcen: 0.864; Smooth: 0.972

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2rbla_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.1 — Fibronectin type III

结构域编号 domain_id	d2rblb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.1 — Fibronectin type III

结构域编号 domain_id	d2rblm_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.1 — Fibronectin type III

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2rblA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2rblA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2rblB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2rblM00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	137.200 Å
晶胞边长 b length_b	137.200 Å
晶胞边长 c length_c	86.682 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	54

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2500
R_work r_work	0.2500
R_free r_free	0.3000

描述 description	Tenascin
分子量 formula_weight	11648.8 kDa
突变 mutation	M24F, P25K, S27L, Q28A, P29E, V30I, F33I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,M
原子数 atom_count	2009

High resolution design of a protein loop

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tenascin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/rb/2rbl/2rbl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rb/2rbl/2rbl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rb/2rbl/2rbl.dat