9nig

PB TCR in complex with HLA-DR4 presenting citrullinated Tenascin C peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 197.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nig
沉积日期 deposition_date	2025-02-26
结构标题 title	PB TCR in complex with HLA-DR4 presenting citrullinated Tenascin C peptide
关键词 keywords	Human Leukocyte Antigen, T cell receptor, citrullinated epitope, rheumatoid arthritis., IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.98 Å
零角强度 I(0) i0	1057620000.00
分子量 molecular_weight	265500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	329700 Å³
包络体积 envelope_volume	479490 Å³
水化壳体积 shell_volume	81824 Å³
包络直径 envelope_diameter	215.0 Å
壳层 Rg shell_rg	51.14 Å
包络 Rg envelope_rg	51.26 Å
形状 Rg shape_rg	50.99 Å
总 Rg total_rg	50.92 Å
总原子数 total_atoms	18764
残基数 n_residues	2411
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	197.4 Å
Rg (实空间) rg_real	51.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0580e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2350e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1057000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5668
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	57.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.647
峰度 Kurtosis kurtosis	0.446
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	64580000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.515; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.003; Positv: 1.000; Valcen: 0.865; Smooth: 0.945

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
分子量 formula_weight	21919.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,H
原子数 atom_count	18764

IKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHVDMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITNVPPEVTVLTNSPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFLPSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDTSGDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
分子量 formula_weight	22319.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,I

DTRPRFLEQVKHECHFFNGTERVRFLDRYFYHQEEYVRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDLLEQKRAAVDTYCRHNYGVGESFTVQRRVYPEVTVYPAKTQPLQHHNLLVCSVNGFYPGSIEVRWFRNGQEEKTGVVSTGLIQNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSLTSPLTVEWRAT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	PB TCR alpha chain
分子量 formula_weight	22779.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,E,J

MQQLNQSPQSMFIQEGEDVSMNCTSSSIFNTWLWYKQEPGEGPVLLIALYKAGELTSNGRLTAQFGITRKDSFLNISASIPSDVGIYFCAGQDVGNTNAGKSTFGDGTTLTVKPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	PB TCR beta chain
分子量 formula_weight	27058.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,F,K

GITQSPRYKITETGRQVTLMCHQTWSHSYMFWYRQDLGHGLRLIYYSAAADITDKGEVPDGYVVSRSKTENFPLTLESATRSQTSVYFCASSGVPPVQFFGPGTRLTVLEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRAD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	Tenascin
分子量 formula_weight	1714.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,G,L

DRYRLNYSLPTGKK

Entity 6 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	76.928 Å
晶胞边长 b length_b	88.668 Å
晶胞边长 c length_c	126.070 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	81.47 °
晶胞夹角 β angle_beta	76.75 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	65.45 °
晶胞分子数 Z z_pdb	3

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	44.320 Å
R 因子 r_factor	0.2209
R_work r_work	0.2187
R_free r_free	0.2604

fit	/app/data/saxs_computation/ni/9nig/9nig.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ni/9nig/9nig.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ni/9nig/9nig.dat

PB TCR in complex with HLA-DR4 presenting citrullinated Tenascin C peptide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 branched

Entity 7 branched

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)