9b7b

Crystal structure of humanized 44H10 Fab Version 22 in complex with HLA-DR (HLA-DRA01:01/HLA-DRB104:01)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 122.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9b7b
沉积日期 deposition_date	2024-03-27
结构标题 title	Crystal structure of humanized 44H10 Fab Version 22 in complex with HLA-DR (HLA-DRA01:01/HLA-DRB104:01)
关键词 keywords	Antibody, Humanized, MHC class II, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.14 Å
零角强度 I(0) i0	498300000.00
分子量 molecular_weight	182520.0 kDa
排除体积 excluded_volume	228260 Å³
包络体积 envelope_volume	324560 Å³
水化壳体积 shell_volume	66160 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.7 Å
壳层 Rg shell_rg	47.85 Å
包络 Rg envelope_rg	37.98 Å
形状 Rg shape_rg	40.13 Å
总 Rg total_rg	40.62 Å
总原子数 total_atoms	12878
残基数 n_residues	1614
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.5 Å
Rg (实空间) rg_real	40.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	498400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9066
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	59.7 Å
偏度 Skewness skewness	-0.065
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.704
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	49700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.968

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
分子量 formula_weight	22124.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	12878

IKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHVDMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITNVPPEVTVLTNSPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFLPSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDTSGENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA1 chain, HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
分子量 formula_weight	25935.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

GAPKYVKQNTLKLATSGGSGSIEGRGSGDTRPRFLEQVKHECHFFNGTERVRFLDRYFYHQEEYVRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDLLEQKRAAVDTYCRHNYGVGESFTVQRRVYPEVTVYPAKTQPLQHHNLLVCSVNGFYPGSIEVRWFRNGQEEKTGVVSTGLIQNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSLTSPLTVEWRATGGENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	h44H10-V22 Antibody, heavy chain
分子量 formula_weight	23537.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGFSLTSYGVHWIRQPPGKGLEWIGVIWAGGSINYNSALMSRVTISKDTSKNQVSLKLSSVTAADTAVYYCARAYGDYVHYAMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	h44H10-V22 Antibody, light chain
分子量 formula_weight	23494.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQEISGYLTWLQQKPGKAPKLLIYAASTLDSGVPKRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCLQYTNYPLTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	169.586 Å
晶胞边长 b length_b	178.801 Å
晶胞边长 c length_c	178.359 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.080 Å
最低分辨率 resolution_low	47.560 Å
R 因子 r_factor	0.2017
R_work r_work	0.1997
R_free r_free	0.2368

fit	/app/data/saxs_computation/b7/9b7b/9b7b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b7/9b7b/9b7b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b7/9b7b/9b7b.dat

Crystal structure of humanized 44H10 Fab Version 22 in complex with HLA-DR (HLA-DRA01:01/HLA-DRB104:01)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

Crystal structure of humanized 44H10 Fab Version 22 in complex with HLA-DR (HLA-DRA*01:01/HLA-DRB1*04:01)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

Crystal structure of humanized 44H10 Fab Version 22 in complex with HLA-DR (HLA-DRA01:01/HLA-DRB104:01)