SAXSdb — 8vsj

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vsj
沉积日期 deposition_date	2024-01-24
结构标题 title	Engineered peptide-specific binder in complex with HLA-DR1/CLIP
关键词 keywords	complex, engineered protein, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.83 Å
零角强度 I(0) i0	109615000.00
分子量 molecular_weight	82752.0 kDa
排除体积 excluded_volume	103550 Å³
包络体积 envelope_volume	131580 Å³
水化壳体积 shell_volume	37859 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.8 Å
壳层 Rg shell_rg	36.17 Å
包络 Rg envelope_rg	28.98 Å
形状 Rg shape_rg	28.78 Å
总 Rg total_rg	29.68 Å
总原子数 total_atoms	5832
残基数 n_residues	711
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.3 Å
Rg (实空间) rg_real	29.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	109600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8912
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.266
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.346
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.978

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
分子量 formula_weight	21400.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5832

IKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHVDMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITNVPPEVTVLTNSPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFLPSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDASR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
分子量 formula_weight	22324.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GDTRPRFLWQLKFECHFFNGTERVRLLERCIYNQEESVRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDLLEQRRAAVDTYCRHNYGVGESFTVQRRVEPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFRNGQEEKAGVVSTGLIQNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRASR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Superantigen
分子量 formula_weight	15544.8 kDa
突变 mutation	V30C, Q37S, K38I, H39Y, F40L, V41A, Y59D, L72K, L75E, G86D, V88I, D90K, N92G, G93D, delta 94-97, I100V, T110I, I127T, S144C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MKLRCENPKKASIYLAQNLNNVVFTNKELEDIYDLSNKEETKEVLKKFKEKVNQFYRHAFDIINKYGDKEVFNMMFLKLSVVFDIQRKEANNVEQIKRNIATLDEIMAKADNDLCYFISQWLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Metamycoplasma arthritidis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2111
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	c44H10 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23668.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLKESGPGLVAPSQSLSITCTVSGFSLTSYGVHWVRQPPGKGLEWLGVIWAGGSINYNSALMSRLSISKDNFKSQVFLKMSSLQTDDTAMYYCARAYGDYVHYAMDYWGQGTSVTASSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	c44H10 Fab light chain
分子量 formula_weight	23505.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIQMTQSPSSLSASLGQRVSLTCRASQEISGYLTWLQQKPDGTIKRLVYAASTLDSGVPKRFSGSRSGSDYSLTISSLESEDFADYYCLQYTNYPLTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	Class-II-associated invariant chain peptide
分子量 formula_weight	1676.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

PVSKMRMATPLLMQA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.28 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	3706646

fit	/app/data/saxs_computation/vs/8vsj/8vsj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vs/8vsj/8vsj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vs/8vsj/8vsj.dat

Engineered peptide-specific binder in complex with HLA-DR1/CLIP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)