9nig

PB TCR in complex with HLA-DR4 presenting citrullinated Tenascin C peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain

Homo sapiens

UniProt P01903

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain × 1 （A0A1V1IGJ9） PB TCR alpha chain × 1 PB TCR beta chain × 1 Tenascin × 1 （P24821） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain × 1 （A0A1V1IGJ9） PB TCR alpha chain × 1 PB TCR beta chain × 1 Tenascin × 1 （P24821） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 1,2-ETHANEDIOL × 1	与蛋白数一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain × 1 （A0A1V1IGJ9） PB TCR alpha chain × 1 PB TCR beta chain × 1 Tenascin × 1 （P24821） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DRA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–181； UniProt 30–206 作者链 C； PDB构建体 5–181； UniProt 30–206 作者链 H； PDB构建体 5–181； UniProt 30–206

HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain

Homo sapiens

UniProt A0A1V1IGJ9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain × 1 （P01903） PB TCR alpha chain × 1 PB TCR beta chain × 1 Tenascin × 1 （P24821） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain × 1 （P01903） PB TCR alpha chain × 1 PB TCR beta chain × 1 Tenascin × 1 （P24821） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 1,2-ETHANEDIOL × 1	与蛋白数一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain × 1 （P01903） PB TCR alpha chain × 1 PB TCR beta chain × 1 Tenascin × 1 （P24821） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1V1IGJ9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–190； UniProt 31–220 作者链 D； PDB构建体 1–190； UniProt 31–220 作者链 I； PDB构建体 1–190； UniProt 31–220

Tenascin

物种未注明

UniProt P24821

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain × 1 （P01903） HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain × 1 （A0A1V1IGJ9） PB TCR alpha chain × 1 PB TCR beta chain × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain × 1 （P01903） HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain × 1 （A0A1V1IGJ9） PB TCR alpha chain × 1 PB TCR beta chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 1,2-ETHANEDIOL × 1	与蛋白数一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain × 1 （P01903） HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain × 1 （A0A1V1IGJ9） PB TCR alpha chain × 1 PB TCR beta chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TENA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–12； UniProt 1013–1024 作者链 L； PDB构建体 1–12； UniProt 1013–1024 作者链 P； PDB构建体 1–12； UniProt 1013–1024

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nig
沉积日期 deposition_date	2025-02-26
结构标题 title	PB TCR in complex with HLA-DR4 presenting citrullinated Tenascin C peptide
关键词 keywords	Human Leukocyte Antigen, T cell receptor, citrullinated epitope, rheumatoid arthritis., IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9nig__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9nig__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9nig__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.63 Å
Rg（电子密度）	36.95 Å
总 Rg	37.11 Å
原子数	6355
残基数	808
排除体积	111730 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9nig__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9nig__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`9nig__assembly_3__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
分子量 formula_weight	21919.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,H
原子数 atom_count	18764

IKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHVDMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITNVPPEVTVLTNSPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFLPSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDTSGDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
分子量 formula_weight	22319.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,I

DTRPRFLEQVKHECHFFNGTERVRFLDRYFYHQEEYVRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDLLEQKRAAVDTYCRHNYGVGESFTVQRRVYPEVTVYPAKTQPLQHHNLLVCSVNGFYPGSIEVRWFRNGQEEKTGVVSTGLIQNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSLTSPLTVEWRAT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PB TCR alpha chain
分子量 formula_weight	22779.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,E,J

MQQLNQSPQSMFIQEGEDVSMNCTSSSIFNTWLWYKQEPGEGPVLLIALYKAGELTSNGRLTAQFGITRKDSFLNISASIPSDVGIYFCAGQDVGNTNAGKSTFGDGTTLTVKPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	PB TCR beta chain
分子量 formula_weight	27058.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,F,K

GITQSPRYKITETGRQVTLMCHQTWSHSYMFWYRQDLGHGLRLIYYSAAADITDKGEVPDGYVVSRSKTENFPLTLESATRSQTSVYFCASSGVPPVQFFGPGTRLTVLEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRAD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Tenascin
分子量 formula_weight	1714.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,G,L

DRYRLNYSLPTGKK

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	76.928 Å
晶胞边长 b length_b	88.668 Å
晶胞边长 c length_c	126.070 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	81.47 °
晶胞夹角 β angle_beta	76.75 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	65.45 °
晶胞分子数 Z z_pdb	3

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	44.320 Å
R 因子 r_factor	0.2209
R_work r_work	0.2187
R_free r_free	0.2604

PB TCR in complex with HLA-DR4 presenting citrullinated Tenascin C peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tenascin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9nig__assembly_1__model_1

9nig__assembly_1__model_1 | I(q)

9nig__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)