2rdd

X-ray crystal structure of AcrB in complex with a novel transmembrane helix.

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acriflavine resistance protein B

物种未注明

UniProt P31224

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 UPF0092 membrane protein yajC × 3 (P0ADZ7) (2S,5R,6R)-6-{[(2R)-2-AMINO-2-PHENYLETHANOYL]AMINO}-3,3-DIMETHYL-7-OXO-4-THIA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLIC ACID × 6 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACRB_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1036; UniProt 1–1036

UPF0092 membrane protein yajC

物种未注明

UniProt P0ADZ7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 Acriflavine resistance protein B × 3 (P31224) (2S,5R,6R)-6-{[(2R)-2-AMINO-2-PHENYLETHANOYL]AMINO}-3,3-DIMETHYL-7-OXO-4-THIA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLIC ACID × 6 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 YAJC_ECOLI
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–37; UniProt 19–55

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2rdd
沉积日期 deposition_date2007-09-22
结构标题 titleX-ray crystal structure of AcrB in complex with a novel transmembrane helix.
关键词 keywords;DRUG RESISTANCE, MULTIDRUG EFFLUX, TRANSPORTER, ANTIPORTER, MEMBRANE PROTEIN, NOVEL TRANSMEMBRANE HELIX, ACRB, YAJC, Inner membrane, Membrane protein-TRANSPORT PROTEIN COMPLEX ;; Membrane protein/TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2rdd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2rdd__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2rdd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)46.03 Å
Rg(电子密度)45.31 Å
总 Rg45.61 Å
原子数24078
残基数3165
排除体积434850 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2rdd__assembly_1__model_1 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id2rddA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1640 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain
结构域编号 domain_id2rddA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1430 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain
结构域编号 domain_id2rddA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1320 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like
结构域编号 domain_id2rddA04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
结构域编号 domain_id2rddA05
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1640 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain
结构域编号 domain_id2rddA06
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1430 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain
结构域编号 domain_id2rddA07
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain
结构域编号 domain_id2rddA08
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
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7. 引用文献 (1)