2rdh

Crystal structure of Staphylococcal Superantigen-Like protein 11

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Superantigen-like protein 11

Staphylococcus aureus

UniProt A8E1U5

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 PHOSPHATE ION × 2 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 PHOSPHATE ION × 2 SODIUM ION × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A8E1U5_STAAU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–196; UniProt 1–196 作者链 B; PDB构建体 1–196; UniProt 1–196 作者链 C; PDB构建体 1–196; UniProt 1–196 作者链 D; PDB构建体 1–196; UniProt 1–196

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2rdh
沉积日期 deposition_date2007-09-24
结构标题 titleCrystal structure of Staphylococcal Superantigen-Like protein 11
关键词 keywordsOB fold, beta grasp, TOXIN; TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2rdh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2rdh__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2rdh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)23.15 Å
Rg(电子密度)21.93 Å
总 Rg22.82 Å
原子数3096
残基数377
排除体积54364 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2rdh__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2rdh__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd2rdha1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2rdha2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.6 — Superantigen toxins, C-terminal domain
家族 Family familyd.15.6.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2rdhb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2rdhb2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.6 — Superantigen toxins, C-terminal domain
家族 Family familyd.15.6.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2rdhc1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2rdhc2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.6 — Superantigen toxins, C-terminal domain
家族 Family familyd.15.6.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2rdhd1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2rdhd2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.6 — Superantigen toxins, C-terminal domain
家族 Family familyd.15.6.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id2rdhA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 —
结构域编号 domain_id2rdhA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110 —
结构域编号 domain_id2rdhB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 —
结构域编号 domain_id2rdhB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110 —
结构域编号 domain_id2rdhC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 —
结构域编号 domain_id2rdhC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110 —
结构域编号 domain_id2rdhD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 —
结构域编号 domain_id2rdhD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110 —
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7. 引用文献 (1)