9c6z

Crystal structure of Staphylococcal Superantigen-Like protein 11 in complex with FB127

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 69.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c6z
沉积日期 deposition_date	2024-06-10
最后修订 last_revision	2025-10-08
结构标题 title	Crystal structure of Staphylococcal Superantigen-Like protein 11 in complex with FB127
关键词 keywords	Complex, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.31 Å
零角强度 I(0) i0	18702900.00
分子量 molecular_weight	21262.0 kDa
排除体积 excluded_volume	20209 Å³
包络体积 envelope_volume	33724 Å³
水化壳体积 shell_volume	16554 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.4 Å
壳层 Rg shell_rg	23.28 Å
包络 Rg envelope_rg	17.70 Å
形状 Rg shape_rg	17.26 Å
总 Rg total_rg	18.12 Å
总原子数 total_atoms	1604
残基数 n_residues	189
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.9 Å
Rg (实空间) rg_real	18.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5580e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8130
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.344
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.058
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3564000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.547; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.924; Smooth: 1.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Superantigen-like protein 11
分子量 formula_weight	22687.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1694

STLEVRSQATQDLSEYYNRPYFDLRNLSGYREGNTVTFINHYQQTDVKLEGKDKDKIKDGNNENLDVFVVREGSGRQADNNSIGGITKTNRTQHIDTVQNVNLLVSKSTGQHTTSVTSTNYSIYKEEISLKELDFKLRKHLIDKHDLYKTEPKDSKIRVTMKNGDFYTFELNKKLQTHRMGDVIDGRNIEKIEVNL

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	(4aR,5S,6S,8R,8aS)-6-(hydroxymethyl)-8-methoxy-2,2-dimethylhexahydro-2H-pyrano[3,4-d][1,3]dioxin-5-ol
分子量 formula_weight	248.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	N-acetyl-alpha-neuraminic acid
分子量 formula_weight	309.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	90

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.370 Å
晶胞边长 b length_b	101.370 Å
晶胞边长 c length_c	65.230 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.137 Å
最低分辨率 resolution_low	52.413 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2011
R_free r_free	0.2363

fit	/app/data/saxs_computation/c6/9c6z/9c6z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c6/9c6z/9c6z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c6/9c6z/9c6z.dat