SAXSdb — 2rlb

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor

Bos taurus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 29–182 链 B； UniProt 29–182	突变：N31Q, N57Q, N68Q, N87Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 M6D 6-O-phosphono-beta-D-mannopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.1M cacodylate, 25% PEG5000MME, 0.2M ammonium sulfate, pH 6.5, temperature 292K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.75 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2RLB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C39 STRUCTURE OF CATION-DEPENDENT MANNOSE 6-PHOSPHATE RECEPTOR BOUND TO PENTAMANNOSYL PHOSPHATE 提交 1999-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–182（152 aa）片段：EXTRACYTOPLASMIC DOMAIN 链 B 31–182（152 aa）片段：EXTRACYTOPLASMIC DOMAIN	突变：N31Q, N57Q, N68Q, N87Q 突变：N31Q, N57Q, N68Q, N87Q	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.40	分辨率 1.85 Å R-free 0.246
1KEO TWISTS AND TURNS OF THE CD-MPR: LIGAND-BOUND VERSUS LIGAND-FREE RECEPTOR 提交 2001-11-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–182（154 aa）片段：(Residues 29-182) 链 B 29–182（154 aa）片段：(Residues 29-182)	突变：N31Q, N57Q, N68Q, N87Q 突变：N31Q, N57Q, N68Q, N87Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；25% PEG 5000 monomethyl ether, 0.2M ammonium acetate, 0.1M cacodoylate, 150 mM Nacl, 50 mM imidazole (pH=6.5), 10 mM Manganese chloride, 5 mM beta-glycerophosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.248
1M6P EXTRACYTOPLASMIC DOMAIN OF BOVINE CATION-DEPENDENT MANNOSE 6-PHOSPHATE RECEPTOR 提交 1998-04-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–182（152 aa）片段：EXTRACYTOPLASMIC DOMAIN 链 B 31–182（152 aa）片段：EXTRACYTOPLASMIC DOMAIN	突变：N31Q, N57Q, N68Q, N87Q 突变：N31Q, N57Q, N68Q, N87Q	MN MANGANESE (II) ION × 2 M6P 6-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.276
2RL7 Crystal Structure cation-dependent mannose 6-phosphate receptor at pH 4.8 提交 2007-10-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–182（154 aa）链 B 29–182（154 aa）	突变：N31Q, N57Q, N68Q, N87Q 突变：N31Q, N57Q, N68Q, N87Q	GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 2 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.8；277 K；0.05M cacodylate, 30% PEG5000MME, 0.2M ammonium sulfate, 0.09mM TritonX-100, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.257
2RL7 Crystal Structure cation-dependent mannose 6-phosphate receptor at pH 4.8 提交 2007-10-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 29–182（154 aa）链 D 29–182（154 aa）	突变：N31Q, N57Q, N68Q, N87Q 突变：N31Q, N57Q, N68Q, N87Q	GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.8；277 K；0.05M cacodylate, 30% PEG5000MME, 0.2M ammonium sulfate, 0.09mM TritonX-100, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.257
2RL8 Crystal Structure cation-dependent mannose 6-phosphate receptor at pH 6.5 bound to M6P 提交 2007-10-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–182（154 aa）链 B 29–182（154 aa）	突变：N31Q, N57Q, N68Q, N87Q 突变：N31Q, N57Q, N68Q, N87Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 M6D 6-O-phosphono-beta-D-mannopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；292 K；0.1M cacodylate, 25% PEG5000MME, 0.2M ammonium sulfate, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 292K	分辨率 1.45 Å R-free 0.237
2RL9 Crystal Structure cation-dependent mannose 6-phosphate receptor at pH 6.5 bound to trimannoside 提交 2007-10-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–182（154 aa）链 B 29–182（154 aa）	突变：N31Q, N57Q, N68Q, N87Q 突变：N31Q, N57Q, N68Q, N87Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；292 K；0.1M cacodylate, 25% PEG5000MME, 0.2M ammonium sulfate, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 292K	分辨率 2.40 Å R-free 0.265
3CY4 Crystal Structure cation-dependent mannose 6-phosphate receptor at pH 7.4 提交 2008-04-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–182（154 aa）链 B 29–182（154 aa）	突变：N31Q, N57Q, N68Q, N87Q 突变：N31Q, N57Q, N68Q, N87Q	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；292 K；0.1M cacodylate, 25% PEG5000MME, 0.2M ammonium sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 1.51 Å R-free 0.229
3K41 Crystal structure of sCD-MPR mutant E19Q/K137M bound to Man-6-P 提交 2009-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–182（154 aa）片段：UNP residues 29-182 链 B 29–182（154 aa）片段：UNP residues 29-182	突变：E19Q, K137M, N31Q, N57Q, N68Q, N87Q 突变：E19Q, K137M, N31Q, N57Q, N68Q, N87Q	M6D 6-O-phosphono-beta-D-mannopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；100 mM sodium cacodylate, pH 6.5;25% PEG 2000MME; 0.2M ammonium acetate; 0.025M OBG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.90 Å R-free 0.255
3K42 Crystal structure of sCD-MPR mutant E19Q/K137M pH 7.0 提交 2009-10-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–182（154 aa）片段：UNP residues 29-182 链 B 29–182（154 aa）片段：UNP residues 29-182	突变：E19Q, K137M, N31Q, N57Q, N68Q, N87Q 突变：E19Q, K137M, N31Q, N57Q, N68Q, N87Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 1GP SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；0.1M HEPES pH 7.0, 3M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.249
3K42 Crystal structure of sCD-MPR mutant E19Q/K137M pH 7.0 提交 2009-10-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–182（154 aa）片段：UNP residues 29-182 链 B 29–182（154 aa）片段：UNP residues 29-182	突变：E19Q, K137M, N31Q, N57Q, N68Q, N87Q 突变：E19Q, K137M, N31Q, N57Q, N68Q, N87Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 1GP SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；0.1M HEPES pH 7.0, 3M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.249
3K43 Crystal structure of sCD-MPR mutant E19Q/K137M pH 6.5 提交 2009-10-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–182（154 aa）片段：UNP residues 29-182 链 B 29–182（154 aa）片段：UNP residues 29-182	突变：E19Q, K137M,N31Q, N57Q, N68Q, N87Q 突变：E19Q, K137M,N31Q, N57Q, N68Q, N87Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.1M sodium cacodylate, 3M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.00 Å R-free 0.199

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MPRD_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–154； UniProt 29–182 作者链 B； PDB构建体 1–154； UniProt 29–182

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2rlb
沉积日期 deposition_date	2007-10-18
结构标题 title	Crystal Structure cation-dependent mannose 6-phosphate receptor at pH 6.5 bound to M6P in absence of Mn
关键词 keywords	;P-type lectin, receptor, mannose 6-phosphate, lectin, Glycoprotein, Lysosome, Membrane, Transmembrane, Transport, Protein transport, sugar binding protein ;; Protein transport, sugar binding protein
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.45 Å
零角强度 I(0) i0	23623200.00
分子量 molecular_weight	34938.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42864 Å³
包络体积 envelope_volume	50709 Å³
水化壳体积 shell_volume	21471 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.8 Å
壳层 Rg shell_rg	26.12 Å
包络 Rg envelope_rg	19.71 Å
形状 Rg shape_rg	19.44 Å
总 Rg total_rg	20.36 Å
总原子数 total_atoms	2440
残基数 n_residues	300
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.5 Å
Rg (实空间) rg_real	20.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7430e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8879
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	26.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.145
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.388
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3371000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.998

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor
分子量 formula_weight	17443.6 kDa
突变 mutation	N31Q, N57Q, N68Q, N87Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2726

TEEKTCDLVGEKGKESEKELALLKRLTPLFQKSFESTVGQSPDMYSYVFRVCREAGQHSSGAGLVQIQKSNGKETVVGRFNETQIFQGSNWIMLIYKGGDEYDNHCGREQRRAVVMISCNRHTLADNFNPVSEERGKVQDCFYLFEMDSSLACS

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	6-O-phosphono-beta-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	260.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	286

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2rlba_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.64 — Mannose 6-phosphate receptor domain
超家族 Superfamily superfamily	b.64.1 — Mannose 6-phosphate receptor domain
家族 Family family	b.64.1.1 — Mannose 6-phosphate receptor domain

结构域编号 domain_id	d2rlbb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.64 — Mannose 6-phosphate receptor domain
超家族 Superfamily superfamily	b.64.1 — Mannose 6-phosphate receptor domain
家族 Family family	b.64.1.1 — Mannose 6-phosphate receptor domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2rlbA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Cation-dependent Mannose-6-phosphate Receptor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-6-phosphate receptor binding domain

结构域编号 domain_id	2rlbB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Cation-dependent Mannose-6-phosphate Receptor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-6-phosphate receptor binding domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	91.386 Å
晶胞边长 b length_b	91.386 Å
晶胞边长 c length_c	84.816 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2030
R_free r_free	0.2290

fit	/app/data/saxs_computation/rl/2rlb/2rlb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rl/2rlb/2rlb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rl/2rlb/2rlb.dat

Crystal Structure cation-dependent mannose 6-phosphate receptor at pH 6.5 bound to M6P in absence of Mn

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction