Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 6
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 110–214 | 片段:SH2 domain | NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein × 1 (P26715) | SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7.4;离子强度(mmCIF原始值)120;压力 ambient NMR样品组成:0.8mM [U-13C; U-15N] SHP-1 C-terminal SH2 domain; 0.8mM tyrosine-phosphorylated peptide; 20mM [U-2H] TRIS; 100mM sodium chloride; 0.02% sodium azide; 1mM [U-2H] DTT; 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O | 分辨率未提供 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 2RMX | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1FPR CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN THE CATALYTIC DOMAIN OF SHP-1 AND AN IN VITRO PEPTIDE SUBSTRATE PY469 DERIVED FROM SHPS-1. 提交 2000-08-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
243–526(284 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN
|
突变:C455S | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 8.5;277 K;ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.303 |
| 1FPR CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN THE CATALYTIC DOMAIN OF SHP-1 AND AN IN VITRO PEPTIDE SUBSTRATE PY469 DERIVED FROM SHPS-1. 提交 2000-08-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
243–526(284 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN
|
突变:C455S | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 8.5;277 K;ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.303 |
| 1GWZ CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF THE PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE SHP-1 提交 1998-08-22 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
243–541(299 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5;pH 7.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.293 |
| 1X6C Solution structures of the SH2 domain of human protein-tyrosine phosphatase SHP-1 提交 2005-05-17 | 聚集状态不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
110–214(105 aa)
片段:SH2 domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7;298 K;离子强度(mmCIF原始值)120mM;压力 ambient
NMR样品组成
1mM SH2 domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2B3O Crystal structure of human tyrosine phosphatase SHP-1 提交 2005-09-20 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–532(532 aa)
片段:SHP-1
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;277 K;PEG 800, DTT, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.296 |
| 2YU7 Solution structure of the SHP-1 C-terminal SH2 domain complexed with a tyrosine-phosphorylated peptide from NKG2A 提交 2007-04-05 | 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
110–214(105 aa)
片段:SH2 domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4;296 K;离子强度(mmCIF原始值)120mM;压力 ambient
NMR测量条件
pH 7.4;298 K;离子强度(mmCIF原始值)120mM;压力 ambient
NMR样品组成
0.89mM SHP1 SH2 domain U-15N,13C; 0.89mM NKG2A peptide; 20mM d-Tris-HCl (pH 7.4); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3PS5 Crystal structure of the full-length Human Protein Tyrosine Phosphatase SHP-1 提交 2010-11-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–595(595 aa)
|
突变:C453S | SO4 SULFATE ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;278 K;2.5 ul of SHP-1 at 3.5 mg/ml in 25mM Tris-HCl, beta-mercaptoethanol, 1mM EDTA mixed with 2.5 ul of 1.8M ammonium sulfate, 0.1M glycine, 0.1M Tris-HCl, with the addition of 0.5 ul 14mM deoxy Big Chap to form the final drop., pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.276 |
| 3PS5 Crystal structure of the full-length Human Protein Tyrosine Phosphatase SHP-1 提交 2010-11-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–595(595 aa)
|
突变:C453S | SO4 SULFATE ION × 10 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;278 K;2.5 ul of SHP-1 at 3.5 mg/ml in 25mM Tris-HCl, beta-mercaptoethanol, 1mM EDTA mixed with 2.5 ul of 1.8M ammonium sulfate, 0.1M glycine, 0.1M Tris-HCl, with the addition of 0.5 ul 14mM deoxy Big Chap to form the final drop., pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.276 |
| 4GRY Crystal structure of SHP1 catalytic domain with SO4 提交 2012-08-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
243–528(286 aa)
片段:Phosphatase domain UNP Residues 242-528
|
突变:C453S | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;0.1 M MES pH 6.5, 1.5 M ammonium sulfate, 3% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.231 |
| 4GRZ Crystal structure of SHP1 catalytic domain with PO4 提交 2012-08-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
243–528(286 aa)
片段:Phosphatase domain UNP Residues 242-528
|
突变:C453S | PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;298 K;0.2 M ammonium phosphate, 12% PEG2000 , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.37 Å R-free 0.189 |
| 4GS0 Crystal structure of SHP1 catalytic domain with JAK1 activation loop peptide 提交 2012-08-27 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
243–528(286 aa)
片段:Phosphatase domain (UNP Residues 242-528)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;0.2 M calcium acetate, 13% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.195 |
| 4GS0 Crystal structure of SHP1 catalytic domain with JAK1 activation loop peptide 提交 2012-08-27 | 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 B
243–528(286 aa)
片段:Phosphatase domain (UNP Residues 242-528)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;0.2 M calcium acetate, 13% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.195 |
| 4HJP SHP-1 catalytic domain WPD loop open 提交 2012-10-13 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
243–528(286 aa)
片段:Phosphatase domain (UNP Residues 242-528)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;0.1 M HEPES pH 7.5, 1.0 M tri-sodium citrate, 2-4% 1-propanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.186 |
| 4HJQ SHP-1 catalytic domain WPD loop closed 提交 2012-10-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
243–528(286 aa)
片段:Phosphatase domain (UNP Residues 242-528)
|
突变:C453S | PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;0.1 M HEPES pH7.5, 20 mM MgCl2, 28% sodium polyacrylate 5100 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.202 |
| 4HJQ SHP-1 catalytic domain WPD loop closed 提交 2012-10-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
243–528(286 aa)
片段:Phosphatase domain (UNP Residues 242-528)
|
突变:C453S | PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;0.1 M HEPES pH7.5, 20 mM MgCl2, 28% sodium polyacrylate 5100 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.202 |
| 6SM5 MbC/SHP1-C-SH2 complex 提交 2019-08-21 | 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
100–214(115 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;0.2 M sodium citrate tribasic, 0.1 M bistros propane 8.4 and 20 % PEG 3350
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.276 |
| 8YHI The Crystal Structure of SHP1 from Biortus. 提交 2024-02-28 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
243–528(286 aa)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1M Hepes pH7.5, 2% PEG 400, 2.0M (NH4)2SO4
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.227 |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | PTN6_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 8–112; UniProt 110–214 |