SAXSdb — 2sfp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ALANINE RACEMASE)

Geobacillus stearothermophilus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–388 链 B； UniProt 1–388	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 PPI PROPANOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；pH 8.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2SFP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
13LD Deuterated alanine racemase from Geobacillus stearothermophilus 提交 2026-05-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–388（388 aa）链 B 1–388（388 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.204
13LD Deuterated alanine racemase from Geobacillus stearothermophilus 提交 2026-05-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–388（388 aa）链 D 1–388（388 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.204
1BD0 ALANINE RACEMASE COMPLEXED WITH ALANINE PHOSPHONATE 提交 1998-05-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–388（388 aa）链 B 1–388（388 aa）	未记录	IN5 {1-[(3-HYDROXY-METHYL-5-PHOSPHONOOXY-METHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL)-AMINO]-ETHYL}-PHOSPHONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100MM TRIS BUFFER, PH 8.5, 200MM SODIUM ACETATE, 21% PEG 4000, AND 4MM 1-AMINOETHYL PHOSPHONIC ACID.	分辨率 1.60 Å R-free 0.266
1EPV ALANINE RACEMASE WITH BOUND INHIBITOR DERIVED FROM D-CYCLOSERINE 提交 2000-03-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–388（387 aa）链 B 2–388（387 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	DCS D-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-N,O-CYCLOSERYLAMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 4000, sodium acetate, tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.226
1FTX Crystal structure of alanine racemase in complex with D-alanine phosphonate 提交 2000-09-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–388（387 aa）链 B 2–388（387 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EPC (1S)-1-[((1E)-{3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYLENE)AMINO]ETHYLPHOSPHONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；23% PEG 4000, 200mM sodium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.211
1L6F Alanine racemase bound with N-(5'-phosphopyridoxyl)-L-alanine 提交 2002-03-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–388（388 aa）链 B 1–388（388 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PP3 ALANYL-PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, sodium acetate, Tris-buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.225
1L6G Alanine racemase bound with N-(5'-phosphopyridoxyl)-D-alanine 提交 2002-03-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–388（388 aa）链 B 1–388（388 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PDD N-(5'-PHOSPHOPYRIDOXYL)-D-ALANINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, sodium acetate, Tris-buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.216
1NIU ALANINE RACEMASE WITH BOUND INHIBITOR DERIVED FROM L-CYCLOSERINE 提交 2002-12-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–388（388 aa）链 B 1–388（388 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	DCS D-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-N,O-CYCLOSERYLAMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；273 K；23% PEG 4K, 200mM sodium acetate, 100mM tris buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
1SFT ALANINE RACEMASE 提交 1996-09-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–388（388 aa）链 B 1–388（388 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.267
1XQK Effect of a Y265F Mutant on the Transamination Based Cycloserine Inactivation of Alanine Racemase 提交 2004-10-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–382（382 aa）链 B 1–382（382 aa）	突变：Y265F 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Y265F 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PMH (5-HYDROXY-4-{[(3-HYDROXYISOXAZOL-4-YL)AMINO]METHYL}-6-METHYLPYRIDIN-3-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 4K, NaAc, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 398K	分辨率 1.95 Å R-free 0.240
1XQL Effect of a Y265F Mutant on the Transamination Based Cycloserine Inactivation of Alanine Racemase 提交 2004-10-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–382（382 aa）链 B 1–382（382 aa）	突变：Y265F 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Y265F 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PMP 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 PMH (5-HYDROXY-4-{[(3-HYDROXYISOXAZOL-4-YL)AMINO]METHYL}-6-METHYLPYRIDIN-3-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 4AX (R)-4-AMINO-ISOXAZOLIDIN-3-ONE × 2 ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 4K, NaAc, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 398K	分辨率 1.80 Å R-free 0.214

共 10 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ALR_BACST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–388； UniProt 1–388 作者链 B； PDB构建体 1–388； UniProt 1–388

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2sfp
沉积日期 deposition_date	1999-02-16
结构标题 title	ALANINE RACEMASE WITH BOUND PROPIONATE INHIBITOR
关键词 keywords	RACEMASE, ISOMERASE, ALANINE, PYRIDOXAL PHOSPHATE; RACEMASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.47 Å
零角强度 I(0) i0	115017000.00
分子量 molecular_weight	86065.0 kDa
排除体积 excluded_volume	108280 Å³
包络体积 envelope_volume	124640 Å³
水化壳体积 shell_volume	37195 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.4 Å
壳层 Rg shell_rg	35.47 Å
包络 Rg envelope_rg	27.56 Å
形状 Rg shape_rg	27.50 Å
总 Rg total_rg	28.13 Å
总原子数 total_atoms	6072
残基数 n_residues	756
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.1 Å
Rg (实空间) rg_real	28.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	115000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8892
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.352
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.359
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	57200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.954

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (ALANINE RACEMASE)
分子量 formula_weight	43695.1 kDa
EC 编号 ec_number	5.1.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6279

MNDFHRDTWAEVDLDAIYDNVENLRRLLPDDTHIMAVVKANAYGHGDVQVARTALEAGASRLAVAFLDEALALREKGIEAPILVLGASRPADAALAAQQRIALTVFRSDWLEEASALYSGPFPIHFHLKMDTGMGRLGVKDEEETKRIVALIERHPHFVLEGLYTHFATADEVNTDYFSYQYTRFLHMLEWLPSRPPLVHCANSAASLRFPDRTFNMVRFGIAMYGLAPSPGIKPLLPYPLKEAFSLHSRLVHVKKLQPGEKVSYGATYTAQTEEWIGTIPIGYADGWLRRLQHFHVLVDGQKAPIVGRICMDQCMIRLPGPLPVGTKVTLIGRQGDEVISIDDVARHLETINYEVPCTISYRVPRIFFRHKRIMEVRNAIGRGESSA

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli str. K12 substr. W3110

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PROPANOIC ACID
分子量 formula_weight	74.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	207

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2sfpa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.49 — Domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase-like
超家族 Superfamily superfamily	b.49.2 — Alanine racemase C-terminal domain-like
家族 Family family	b.49.2.2 — Alanine racemase-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2sfpa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.6 — PLP-binding barrel
家族 Family family	c.1.6.1 — Alanine racemase-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2sfpb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.49 — Domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase-like
超家族 Superfamily superfamily	b.49.2 — Alanine racemase C-terminal domain-like
家族 Family family	b.49.2.2 — Alanine racemase-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2sfpb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.6 — PLP-binding barrel
家族 Family family	c.1.6.1 — Alanine racemase-like, N-terminal domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2sfpA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alanine racemase

结构域编号 domain_id	2sfpA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	37 — Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2sfpB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alanine racemase

结构域编号 domain_id	2sfpB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	37 — Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	98.700 Å
晶胞边长 b length_b	90.000 Å
晶胞边长 c length_c	85.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2050
R_free r_free	0.2590

fit	/app/data/saxs_computation/sf/2sfp/2sfp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sf/2sfp/2sfp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sf/2sfp/2sfp.dat

ALANINE RACEMASE WITH BOUND PROPIONATE INHIBITOR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ALANINE RACEMASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction