SAXSdb — 2sta

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (TRYPSIN)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 21–242	未记录	PROTEIN (TRYPSIN INHIBITOR) × 1 （P01074） CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；pH 6.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2STA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BZX THE CRYSTAL STRUCTURE OF ANIONIC SALMON TRYPSIN IN COMPLEX WITH BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR 提交 1998-11-05	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 21–242（222 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5, 0.8-1.2 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE	分辨率 2.10 Å R-free 0.238
1HJ8 1.00 AA Trypsin from Atlantic Salmon 提交 2001-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–242（222 aa）片段：RESIDUES 21-242	未记录	BEN BENZAMIDINE × 2 SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；pH 5.80	分辨率 1.00 Å R-free 0.149
1UTJ Trypsin specificity as elucidated by LIE calculations, X-ray structures and association constant measurements 提交 2003-12-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–242（242 aa）	未记录	ABN BENZYLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.00	分辨率 1.83 Å R-free 0.207
1UTK Trypsin specificity as elucidated by LIE calculations, X-ray structures and association constant measurements 提交 2003-12-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–242（242 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.00	分辨率 1.53 Å R-free 0.229
1UTL Trypsin specificity as elucidated by LIE calculations, X-ray structures and association constant measurements 提交 2003-12-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 M 1–242（242 aa）	未记录	PRA 3-PHENYLPROPYLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.00	分辨率 1.70 Å R-free 0.216
1UTM Trypsin specificity as elucidated by LIE calculations, X-ray structures and association constant measurements 提交 2003-12-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–242（242 aa）	未记录	PEA 2-PHENYLETHYLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.00	分辨率 1.50 Å R-free 0.217
2STB ANIONIC SALMON TRYPSIN IN COMPLEX WITH SQUASH SEED INHIBITOR (CUCURBITA PEPO TRYPSIN INHIBITOR II) 提交 1998-12-11	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 21–242（222 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.201
2TBS COLD-ADAPTION OF ENZYMES: STRUCTURAL COMPARISON BETWEEN SALMON AND BOVINE TRYPSINS 提交 1994-01-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–242（222 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 BEN BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRY1_SALSA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–222； UniProt 21–242

PROTEIN (TRYPSIN INHIBITOR)

物种未注明

UniProt P01074

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–29	未记录	PROTEIN (TRYPSIN) × 1 （P35031） CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；pH 6.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2STA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CTI DETERMINATION OF THE COMPLETE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE TRYPSIN INHIBITOR FROM SQUASH SEEDS IN AQUEOUS SOLUTION BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND A COMBINATION OF DISTANCE GEOMETRY AND DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING 提交 1990-08-28	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–29（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1LU0 Atomic Resolution Structure of Squash Trypsin Inhibitor: Unexpected Metal Coordination 提交 2002-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–29（29 aa）链 B 1–29（29 aa）	突变：M8L 突变：M8L	ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 2 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 8000, zinc sulfate, cacodylate, MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.03 Å R-free 0.145
1PPE THE REFINED 2.0 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN BOVINE BETA-TRYPSIN AND CMTI-I, A TRYPSIN INHIBITOR FROM SQUASH SEEDS (CUCURBITA MAXIMA): TOPOLOGICAL SIMILARITY OF THE SQUASH SEED INHIBITORS WITH THE CARBOXYPEPTIDASE A INHIBITOR FROM POTATOES 提交 1991-10-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 1–29（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
2CTI DETERMINATION OF THE COMPLETE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE TRYPSIN INHIBITOR FROM SQUASH SEEDS IN AQUEOUS SOLUTION BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND A COMBINATION OF DISTANCE GEOMETRY AND DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING 提交 1990-08-28	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–29（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2V1V 3D STRUCTURE OF THE M8L MUTANT OF SQUASH TRYPSIN INHIBITOR CMTI-I 提交 2007-05-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–29（29 aa）	突变：YES	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）300 NMR样品组成 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3CTI RELAXATION MATRIX REFINEMENT OF THE SOLUTION STRUCTURE OF SQUASH TRYPSIN INHIBITOR 提交 1991-03-27	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–29（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITR1_CUCMA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–29； UniProt 1–29

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2sta
沉积日期 deposition_date	1998-12-10
结构标题 title	ANIONIC SALMON TRYPSIN IN COMPLEX WITH SQUASH SEED INHIBITOR (CUCURBITA MAXIMA TRYPSIN INHIBITOR I)
关键词 keywords	SERINE PROTEINASE, TRYPSIN INHIBITOR, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.67 Å
零角强度 I(0) i0	14390300.00
分子量 molecular_weight	27155.0 kDa
排除体积 excluded_volume	33335 Å³
包络体积 envelope_volume	36906 Å³
水化壳体积 shell_volume	18074 Å³
包络直径 envelope_diameter	53.4 Å
壳层 Rg shell_rg	23.29 Å
包络 Rg envelope_rg	16.94 Å
形状 Rg shape_rg	16.67 Å
总 Rg total_rg	17.61 Å
总原子数 total_atoms	1889
残基数 n_residues	248
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.4 Å
Rg (实空间) rg_real	17.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5020e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14390000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8994
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.075
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.483
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3212000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.999

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (TRYPSIN)
分子量 formula_weight	23861.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	2041

IVGGYECKPYSQPHQVSLNSGYHFCGGSLVNENWVVSAAHCYKSRVEVRLGEHNIKVTEGSEQFISSSRVIRHPNYSSYNIDNDIMLIKLSKPATLNTYVQPVALPTSCAPAGTMCTVSGWGNTMSSTADSNKLQCLNIPILSYSDCNNSYPGMITNAMFCAGYLEGGKDSCQGDSGGPVVCNGELQGVVSWGYGCAEPGNPGVYAKVCIFNDWLTSTMASY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (TRYPSIN INHIBITOR)
分子量 formula_weight	3279.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

RVCPRILMECKKDSDCLAECVCLEHGYCG

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	139

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2stae_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2stai_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.2 — Plant inhibitors of proteinases and amylases
家族 Family family	g.3.2.1 — Plant inhibitors of proteinases and amylases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2staE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2staE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	62.300 Å
晶胞边长 b length_b	63.700 Å
晶胞边长 c length_c	82.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1930
R_free r_free	0.2330

fit	/app/data/saxs_computation/st/2sta/2sta.fit
pddf	/app/data/pr_computation/st/2sta/2sta.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/st/2sta/2sta.dat

ANIONIC SALMON TRYPSIN IN COMPLEX WITH SQUASH SEED INHIBITOR (CUCURBITA MAXIMA TRYPSIN INHIBITOR I)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (TRYPSIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN (TRYPSIN INHIBITOR)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)