← 返回搜索
2tbs

COLD-ADAPTION OF ENZYMES: STRUCTURAL COMPARISON BETWEEN SALMON AND BOVINE TRYPSINS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 58.3 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRYPSIN

Salmo salar

UniProt P35031

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 21–242 未记录 CA CALCIUM ION × 1 BEN BENZAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2TBS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BZX THE CRYSTAL STRUCTURE OF ANIONIC SALMON TRYPSIN IN COMPLEX WITH BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR 提交 1998-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 21–242（222 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5, 0.8-1.2 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE
分辨率 2.10 Å R-free 0.238
1HJ8 1.00 AA Trypsin from Atlantic Salmon 提交 2001-01-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–242（222 aa） 片段：RESIDUES 21-242
未记录 BEN BENZAMIDINE × 2 SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.8；pH 5.80
分辨率 1.00 Å R-free 0.149
1UTJ Trypsin specificity as elucidated by LIE calculations, X-ray structures and association constant measurements 提交 2003-12-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–242（242 aa）
未记录 ABN BENZYLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.00
分辨率 1.83 Å R-free 0.207
1UTK Trypsin specificity as elucidated by LIE calculations, X-ray structures and association constant measurements 提交 2003-12-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–242（242 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.00
分辨率 1.53 Å R-free 0.229
1UTL Trypsin specificity as elucidated by LIE calculations, X-ray structures and association constant measurements 提交 2003-12-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 M 1–242（242 aa）
未记录 PRA 3-PHENYLPROPYLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.00
分辨率 1.70 Å R-free 0.216
1UTM Trypsin specificity as elucidated by LIE calculations, X-ray structures and association constant measurements 提交 2003-12-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–242（242 aa）
未记录 PEA 2-PHENYLETHYLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.00
分辨率 1.50 Å R-free 0.217
2STA ANIONIC SALMON TRYPSIN IN COMPLEX WITH SQUASH SEED INHIBITOR (CUCURBITA MAXIMA TRYPSIN INHIBITOR I) 提交 1998-12-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 21–242（222 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.233
2STB ANIONIC SALMON TRYPSIN IN COMPLEX WITH SQUASH SEED INHIBITOR (CUCURBITA PEPO TRYPSIN INHIBITOR II) 提交 1998-12-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 21–242（222 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.201

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRY1_SALSA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–222； UniProt 21–242

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2tbs

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2tbs
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2tbs
沉积日期 deposition_date1994-01-14
结构标题 titleCOLD-ADAPTION OF ENZYMES: STRUCTURAL COMPARISON BETWEEN SALMON AND BOVINE TRYPSINS
关键词 keywordsHYDROLASE(SERINE PROTEINASE); HYDROLASE(SERINE PROTEINASE)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.21 Å
零角强度 I(0) i011144200.00
分子量 molecular_weight23905.0 kDa
排除体积 excluded_volume29411 ų
包络体积 envelope_volume32608 ų
水化壳体积 shell_volume16598 ų
包络直径 envelope_diameter55.1 Å
壳层 Rg shell_rg22.55 Å
包络 Rg envelope_rg16.50 Å
形状 Rg shape_rg16.22 Å
总 Rg total_rg17.15 Å
总原子数 total_atoms1669
残基数 n_residues222
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax58.3 Å
Rg (实空间) rg_real17.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal11140000.0000
解质量估计 total_estimate0.7904
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary22.2 Å
偏度 Skewness skewness0.133
峰度 Kurtosis kurtosis-0.433
角度范围 angular_range— – 0.4600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3145000.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.759; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2tbsa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2tbsA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2tbsA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
▶

8. 引用文献 (4)

▶

9. 文件与曲线 (10)