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2v3j

The yeast ribosome synthesis factor Emg1 alpha beta knot fold methyltransferase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 65.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ESSENTIAL FOR MITOTIC GROWTH 1

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

UniProt Q06287

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–252 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；25% PEG4K, 0.2M LI2SO4, 0.1M TRIS PH7.5, 20% GLYCEROL 分辨率 2.00 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2V3J Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2V3K The yeast ribosome synthesis factor Emg1 alpha beta knot fold methyltransferase 提交 2007-06-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–252（252 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；25% PEG4K, 0.2M LI2SO4, 0.1M TRIS PH7.5, 20% GLYCEROL, pH 7.50
分辨率 2.00 Å R-free 0.247
3OII Crystal structure of Saccharomyces Cerevisiae Nep1/Emg1 bound to S-adenosylhomocysteine 提交 2010-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–252（252 aa）
链 B 1–252（252 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.05M Ammonium Sulfate, 0.05M Bis-Tris, 30% Pentaerythritol ethoxylate, 20% glycerol, pH 6.5, Vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.216
3OIJ Crystal structure of Saccharomyces Cerevisiae Nep1/Emg1 bound to S-adenosylhomocysteine and 2 molecules of cognate RNA 提交 2010-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–252（252 aa）
链 B 1–252（252 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.05M MES, 15mM MgS04, 7% PEG 4000, 20% glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.260
3OIN Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Nep1/Emg1 bound to S-adenosylhomocysteine and 1 molecule of cognate RNA 提交 2010-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 1–252（252 aa）
链 B 1–252（252 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES, 10% PEG 6000, 20% glycerol, pH 7.0, Vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.230
5TZS Architecture of the yeast small subunit processome 提交 2016-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric
链 j 1–252（252 aa）
链 k 1–252（252 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Incubated 10 seconds on the grid before blotting (blot time 2.0 seconds, blot force 0) and freezing.
分辨率 5.10 Å
5WLC The complete structure of the small subunit processome 提交 2017-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：70-meric
链 SJ 1–252（252 aa）
链 SK 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
5WYJ Cryo-EM structure of the 90S small subunit pre-ribosome (Dhr1-depleted, Enp1-TAP, state 1) 提交 2017-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：64-meric
链 E1 1–252（252 aa）
链 E2 1–252（252 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.70 Å
5WYK Cryo-EM structure of the 90S small subunit pre-ribosome (Mtr4-depleted, Enp1-TAP) 提交 2017-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric
链 E1 1–252（252 aa）
链 E2 1–252（252 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging
分辨率 4.50 Å
6KE6 3.4 angstrom cryo-EM structure of yeast 90S small subunit preribosome 提交 2019-07-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric
链 RG 1–252（252 aa）
链 RH 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；wait 30s and blot 2s before plunging
分辨率 3.40 Å
6LQP Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State A) 提交 2020-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：73-meric
链 RG 1–252（252 aa）
链 RH 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6LQQ Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State B) 提交 2020-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：70-meric
链 RG 1–252（252 aa）
链 RH 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6LQR Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State C) 提交 2020-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：68-meric
链 RG 1–252（252 aa）
链 RH 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.60 Å
6LQS Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State D) 提交 2020-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：79-meric
链 RG 1–252（252 aa）
链 RH 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6LQT Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State E) 提交 2020-01-14 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric
链 RH 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.90 Å
6LQU Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State A1) 提交 2020-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric
链 RG 1–252（252 aa）
链 RH 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6LQV Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State C1) 提交 2020-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric
链 RG 1–252（252 aa）
链 RH 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
6ZQA Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state A (Poly-Ala) 提交 2020-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：60-meric
链 JF 1–252（252 aa）
链 JG 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
6ZQB Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state B2 提交 2020-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric
链 JF 1–252（252 aa）
链 JG 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6ZQC Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Pre-A1 提交 2020-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric
链 JF 1–252（252 aa）
链 JG 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6ZQD Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Post-A1 提交 2020-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 63 PDB 声明：66-meric
链 JF 1–252（252 aa）
链 JG 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6ZQE Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Dis-A (Poly-Ala) 提交 2020-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：62-meric
链 JF 1–252（252 aa）
链 JG 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.10 Å
6ZQF Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Dis-B (Poly-Ala) 提交 2020-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric
链 JF 1–252（252 aa）
链 JG 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.90 Å
6ZQG Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Dis-C 提交 2020-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：37-meric
链 JF 1–252（252 aa）
链 JG 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 39 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7AJT Cryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Pre-A1-exosome) 提交 2020-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 JF 1–252（252 aa）
链 JG 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
7AJU Cryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Post-A1-exosome) 提交 2020-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：78-meric
链 JF 1–252（252 aa）
链 JG 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7D4I Cryo-EM structure of 90S small ribosomal precursors complex with the DEAH-box RNA helicase Dhr1 (State F) 提交 2020-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：82-meric
链 RG 1–252（252 aa）
链 RH 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7D5S Cryo-EM structure of 90S preribosome with inactive Utp24 (state A2) 提交 2020-09-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric
链 RG 1–252（252 aa）
链 RH 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
7D63 Cryo-EM structure of 90S preribosome with inactive Utp24 (state C) 提交 2020-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric
链 RG 1–252（252 aa）
链 RH 1–252（252 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.30 Å
7SUK Structure of Bfr2-Lcp5 Complex Observed in the Small Subunit Processome Isolated from R2TP-depleted Yeast Cells 提交 2021-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：70-meric
链 SJ 16–251（236 aa）
链 SK 16–251（236 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.99 Å
9G33 Stalled 90S - Utp23-Krr1-deltaC3 提交 2024-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 62 PDB 声明：65-meric
链 JF 1–252（252 aa）
链 JG 1–252（252 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
9N6V SSU processome maturation and disassembly, State A 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric
链 SJ 1–252（252 aa）
链 SK 1–252（252 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 25 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å
9N6W SSU processome maturation and disassembly, State A* 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric
链 SJ 1–252（252 aa）
链 SK 1–252（252 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 25 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
9N6X SSU processome maturation and disassembly, State B 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric
链 SJ 1–252（252 aa）
链 SK 1–252（252 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 34 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
9N6Y SSU processome maturation and disassembly, State C 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：73-meric
链 SJ 1–252（252 aa）
链 SK 1–252（252 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 34 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.65 Å
9N6Z SSU processome maturation and disassembly, State D 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric
链 SJ 1–252（252 aa）
链 SK 1–252（252 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.74 Å
9N70 SSU processome maturation and disassembly, State E 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric
链 SJ 1–252（252 aa）
链 SK 1–252（252 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.17 Å
9N72 SSU processome maturation and disassembly, State F 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：73-meric
链 SJ 1–252（252 aa）
链 SK 1–252（252 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.94 Å
9N73 SSU processome maturation and disassembly, State G 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 71 PDB 声明：74-meric
链 SJ 1–252（252 aa）
链 SK 1–252（252 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.96 Å
9N74 SSU processome maturation and disassembly, State H 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric
链 SJ 1–252（252 aa）
链 SK 1–252（252 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 39 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.65 Å
9N75 SSU processome maturation and disassembly, State I 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：68-meric
链 SJ 1–252（252 aa）
链 SK 1–252（252 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 59 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.01 Å
9N76 SSU processome maturation and disassembly, State J 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：67-meric
链 SJ 1–252（252 aa）
链 SK 1–252（252 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 38 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9N77 SSU processome maturation and disassembly, State K 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：64-meric
链 SJ 1–252（252 aa）
链 SK 1–252（252 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 48 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.94 Å
9N78 SSU processome maturation and disassembly, State L 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：59-meric
链 SJ 1–252（252 aa）
链 SK 1–252（252 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 47 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.17 Å
9N79 SSU processome maturation and disassembly, State M 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：45-meric
链 SJ 1–252（252 aa）
链 SK 1–252（252 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 47 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
9N7A SSU processome maturation and disassembly, State N 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：39-meric
链 SJ 1–252（252 aa）
链 SK 1–252（252 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 47 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.84 Å
9N7B SSU processome maturation and disassembly, State O 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：37-meric
链 SJ 1–252（252 aa）
链 SK 1–252（252 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 47 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å

共 46 个其他 PDB 条目、46 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EMG1_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–252； UniProt 1–252

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2v3j

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2v3j
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2v3j
沉积日期 deposition_date2007-06-18
结构标题 titleThe yeast ribosome synthesis factor Emg1 alpha beta knot fold methyltransferase
关键词 keywords;EMG1, RRNA PROCESSING, NUCLEAR PROTEIN, RIBONUCLEOPROTEIN, RIBOSOME BIOGENESIS, ALPHA/BETA KNOT FOLD METHYLTRANSFERASE, RIBOSOMAL PROTEIN ;; RIBOSOMAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.46 Å
零角强度 I(0) i011163400.00
分子量 molecular_weight24775.0 kDa
排除体积 excluded_volume31030 ų
包络体积 envelope_volume36630 ų
水化壳体积 shell_volume17578 ų
包络直径 envelope_diameter66.5 Å
壳层 Rg shell_rg23.64 Å
包络 Rg envelope_rg17.87 Å
形状 Rg shape_rg17.47 Å
总 Rg total_rg18.42 Å
总原子数 total_atoms1716
残基数 n_residues212
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.4 Å
Rg (实空间) rg_real18.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal11160000.0000
解质量估计 total_estimate0.7768
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary23.3 Å
偏度 Skewness skewness0.230
峰度 Kurtosis kurtosis-0.300
角度范围 angular_range— – 0.4250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2500000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.699; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2v3ja1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.116 — alpha/beta knot
超家族 Superfamily superfamilyc.116.1 — alpha/beta knot
家族 Family familyc.116.1.6 — EMG1/NEP1-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2v3jA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1280 — Alpha/beta knot
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)