SAXSdb — 2v53

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SPARC

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 70–212 链 A； UniProt 221–303	片段：FS AND EC DOMAINS, RESIDUES 70-212,221-303	COLLAGEN ALPHA-1(III) CHAIN × 3 （P02461） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；pH 5.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.320

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2V53	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BMO BM-40, FS/EC DOMAIN PAIR 提交 1997-03-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 71–303（233 aa）片段：FS/EC DOMAIN PAIR, RESIDUES 53 - 286 链 B 71–303（233 aa）片段：FS/EC DOMAIN PAIR, RESIDUES 53 - 286	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION AT 20 DEG C: 10 MG/ML PROTEIN IN 10 MM TRIS PH 7.5 + 2 MM CACL2; 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.15 M NA-ACETATE, 15% PEG4K, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 3.10 Å R-free 0.322
1NUB HELIX C DELETION MUTANT OF BM-40 FS-EC DOMAIN PAIR 提交 1997-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 71–303（233 aa）片段：FS-EC DOMAIN PAIR, FS, FOLLISTATIN-LIKE, EC, EXTRACELLULAR CALCIUM-BINDING	突变：DEL(1-52, 196-203)	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION AT ROOM TEMPERATURE. PROTEIN SOLUTION: 8-10 MG/ML IN 10 MM TRIS PH 7.5, 2 MM CACL2. RESERVOIR SOLUTION: 0.1 M HEPES PH 7.5, 12-14% (W/V) PEG4000, 10% (V/V) 2-PROPANOL., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.80 Å R-free 0.306
1NUB HELIX C DELETION MUTANT OF BM-40 FS-EC DOMAIN PAIR 提交 1997-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 71–303（233 aa）片段：FS-EC DOMAIN PAIR, FS, FOLLISTATIN-LIKE, EC, EXTRACELLULAR CALCIUM-BINDING	突变：DEL(1-52, 196-203)	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION AT ROOM TEMPERATURE. PROTEIN SOLUTION: 8-10 MG/ML IN 10 MM TRIS PH 7.5, 2 MM CACL2. RESERVOIR SOLUTION: 0.1 M HEPES PH 7.5, 12-14% (W/V) PEG4000, 10% (V/V) 2-PROPANOL., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.80 Å R-free 0.306
1SRA STRUCTURE OF A NOVEL EXTRACELLULAR CA2+-BINDING MODULE IN BM-40(SLASH)SPARC(SLASH)OSTEONECTIN 提交 1995-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 153–303（151 aa）片段：CARBOXY-TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 136 - 286)	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.249

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPRC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–147； UniProt 70–212 作者链 A； PDB构建体 148–230； UniProt 221–303

COLLAGEN ALPHA-1(III) CHAIN

物种未注明

UniProt P02461

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 564–584 链 C； UniProt 564–584 链 D； UniProt 564–584	片段：RESIDUES 564-584 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SPARC × 1 （P09486） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；pH 5.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.320

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2V53	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3DMW Crystal structure of human type III collagen G982-G1023 containing C-terminal cystine knot 提交 2008-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1158–1199（42 aa）片段：UNP residues 1158-1199 链 B 1158–1199（42 aa）片段：UNP residues 1158-1199 链 C 1158–1199（42 aa）片段：UNP residues 1158-1199	突变：Q1183M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Q1183M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Q1183M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；30% PEG 550, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.274
4AE2 Crystal structure of Human fibrillar procollagen type III C- propeptide trimer 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1222–1466（245 aa）片段：CPROPEPTIDE OF PROCOLLAGEN III, RESIDUES 1222-1466 链 B 1222–1466（245 aa）片段：CPROPEPTIDE OF PROCOLLAGEN III, RESIDUES 1222-1466 链 C 1222–1466（245 aa）片段：CPROPEPTIDE OF PROCOLLAGEN III, RESIDUES 1222-1466	突变：YES 突变：YES 突变：YES	CA CALCIUM ION × 3 NO3 NITRATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；20% PEG 3350, 0.1 M BIS TRIS PROPANE PH 6.5, POTASSIUM NITRATE 0.2 M	分辨率 1.68 Å R-free 0.214
4AEJ Crystal structure of Human fibrillar procollagen type III C- propeptide trimer 提交 2012-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1222–1466（245 aa）片段：CPROPEPTIDE OF PROCOLLAGEN III, RESIDUES 1222-1466 链 B 1222–1466（245 aa）片段：CPROPEPTIDE OF PROCOLLAGEN III, RESIDUES 1222-1466 链 C 1222–1466（245 aa）片段：CPROPEPTIDE OF PROCOLLAGEN III, RESIDUES 1222-1466	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% PEG 3350, 0.2 M NACL	分辨率 2.21 Å R-free 0.237
4AK3 Crystal structure of Human fibrillar procollagen type III C- propeptide trimer 提交 2012-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1222–1466（245 aa）片段：CPROPEPTIDE, RESIDUES 1222-1466	突变：YES	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å R-free 0.337
6FZV Crystal structure of the metalloproteinase enhancer PCPE-1 bound to the procollagen C propeptide trimer (short) 提交 2018-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1222–1466（245 aa）链 B 1222–1466（245 aa）链 C 1222–1466（245 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 FLC CITRATE ANION × 3 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；20 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 180 mM NaCl, 2.5 mM calcium chloride; 0.2 M potassium citrate, 16% PEG3350	分辨率 2.70 Å R-free 0.258
6FZW Crystal structure of the metalloproteinase enhancer PCPE-1 bound to the procollagen C propeptide trimer (long) 提交 2018-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1185–1466（282 aa）链 B 1185–1466（282 aa）链 C 1185–1466（282 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 FLC CITRATE ANION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；20 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 180 mM NaCl, 2.5 mM calcium chloride; 0.2 M ammonium citrate, 18% PEG3350	分辨率 2.78 Å R-free 0.271
7WWR Structure of a triple-helix region of human collagen type III from Trautec 提交 2022-02-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 973–1002（30 aa）链 B 973–1002（30 aa）链 C 973–1002（30 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M MIB pH5.0, 25% PEG 1500	分辨率 1.30 Å R-free 0.194
7WWS Structure of a triple-helix region of human collagen type III from Trautec 提交 2022-02-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 976–1002（27 aa）链 B 976–1002（27 aa）链 C 976–1002（27 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M MgAc2, 0.1M Na cacodylate pH6.5, 20% PEG 8000	分辨率 1.30 Å R-free 0.158
7XAN Structure of a triple-helix region of human collagen type III from Trautec 提交 2022-03-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 922–948（27 aa）链 B 922–948（27 aa）链 C 922–948（27 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.04M K phosphate monobasic, 16% w/v PEG 8000, 20% v/v Glycerol	分辨率 1.50 Å R-free 0.200

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CO3A1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 7–27； UniProt 564–584 作者链 C； PDB构建体 7–27； UniProt 564–584 作者链 D； PDB构建体 7–27； UniProt 564–584

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2v53
沉积日期 deposition_date	2008-10-01
结构标题 title	Crystal structure of a SPARC-collagen complex
关键词 keywords	;GLYCOSYLATED PROTEIN, CELL ADHESION, GLYCOPROTEIN, IONIC CHANNEL, ION TRANSPORT, COPPER, CALCIUM, SECRETED, COLLAGEN, TRANSPORT, BASEMENT MEMBRANE, EXTRACELLULAR MATRIX ;; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.73 Å
零角强度 I(0) i0	20558600.00
分子量 molecular_weight	32822.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40263 Å³
包络体积 envelope_volume	53258 Å³
水化壳体积 shell_volume	20420 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.5 Å
壳层 Rg shell_rg	28.20 Å
包络 Rg envelope_rg	24.03 Å
形状 Rg shape_rg	23.72 Å
总 Rg total_rg	24.31 Å
总原子数 total_atoms	2300
残基数 n_residues	293
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.6 Å
Rg (实空间) rg_real	24.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0560e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20560000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6520
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	27.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.592
峰度 Kurtosis kurtosis	0.355
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1426000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.334; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.470; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SPARC
分子量 formula_weight	26633.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2300

APLANPCQNHHCKHGKVCELDENNTPMCVCQDPTSCPAPIGEFEKVCSNDNKTFDSSCHFFATKCTLEGTKKGHKLHLDYIGPCKYIPPCLDSELTEFPLRMRDWLKNVLVTLYERDEDNNLLTEKQKLRVKKIHENEKRLEAGDHPEKNYNMYIFPVHWQFGQLDQHPIDGYLSHTELAPLRAPLIPMEHCTTRFFETCDLDNDKYIALDEWAGCFGIKQKDIDKDLVI

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	COLLAGEN ALPHA-1(III) CHAIN
分子量 formula_weight	3067.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D

GPPGPPGPPGPSGPRGQPGVMGFPGPKGPPGAP

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2v53A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	2v53A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	89.790 Å
晶胞边长 b length_b	89.790 Å
晶胞边长 c length_c	127.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	19.842 Å
R 因子 r_factor	0.2609
R_work r_work	0.2536
R_free r_free	0.3202

fit	/app/data/saxs_computation/v5/2v53/2v53.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v5/2v53/2v53.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v5/2v53/2v53.dat

Crystal structure of a SPARC-collagen complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SPARC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

COLLAGEN ALPHA-1(III) CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)