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2v6z

Solution Structure of Amino-Terminal Domain of Human DNA Polymerase Epsilon Subunit B

Method: SOLUTION NMR Dmax: 38.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA POLYMERASE EPSILON SUBUNIT 2

HOMO SAPIENS

UniProt P56282

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 M； UniProt 1–75 片段：AMINO TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-75 突变：YES 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.62；298 K；压力 1.0 NMR样品组成：0.7 MM PROTEIN NMR样品组成：155 MM NACL NMR样品组成：25 MM TRIS-HCL NMR样品组成：25 MM IMIDAZOLE NMR样品组成：1.25 MM EDTA NMR样品组成：93% H2O, 7% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2V6Z Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5VBN Crystal Structure of human DNA polymerase epsilon B-subunit in complex with C-terminal domain of catalytic subunit 提交 2017-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–527（527 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；50 mM sodium citrate, pH5.6, 0.70 M ammonium sulfate and 2 mM TCEP
分辨率 2.35 Å R-free 0.264
5VBN Crystal Structure of human DNA polymerase epsilon B-subunit in complex with C-terminal domain of catalytic subunit 提交 2017-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–527（527 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；50 mM sodium citrate, pH5.6, 0.70 M ammonium sulfate and 2 mM TCEP
分辨率 2.35 Å R-free 0.264
7PFO Core human replisome 提交 2021-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 A 1–527（527 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 SO4 SULFATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7PLO H. sapiens replisome-CUL2/LRR1 complex 提交 2021-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 A 1–527（527 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 SO4 SULFATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPOE2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 M； PDB构建体 25–99； UniProt 1–75

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2v6z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2v6z
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2v6z
沉积日期 deposition_date2007-07-24
结构标题 titleSolution Structure of Amino-Terminal Domain of Human DNA Polymerase Epsilon Subunit B
关键词 keywordsDNA REPLICATION, DNA POLYMERASE EPSILON, DPOE2, TRANSFERASE, AAA PROTEIN FAMILY; TRANSFERASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.84 Å
零角强度 I(0) i0385347000.00
分子量 molecular_weight167950.0 kDa
排除体积 excluded_volume211920 ų
包络体积 envelope_volume19486 ų
水化壳体积 shell_volume12073 ų
包络直径 envelope_diameter44.3 Å
壳层 Rg shell_rg19.51 Å
包络 Rg envelope_rg14.13 Å
形状 Rg shape_rg11.80 Å
总 Rg total_rg12.16 Å
总原子数 total_atoms22020
残基数 n_residues1500
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax38.2 Å
Rg (实空间) rg_real12.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real3.8530e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2810e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal385300000.0000
解质量估计 total_estimate0.7873
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary16.4 Å
偏度 Skewness skewness0.051
峰度 Kurtosis kurtosis-0.162
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha291900.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.757; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2v6zM00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)