SAXSdb — 2vbb

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ISOPENICILLIN N SYNTHETASE

Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	N^6^-{(1R)-2-{[(1S,2R)-1-carboxy-2-hydroxy-2-(methylsulfanyl)ethyl]oxy}-1-[(oxidosulfanyl)methyl]-2-oxoethyl}-6-oxo-L-lysine × 1 FE (II) ION × 1 SULFATE ION × 2 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IPNS_EMENI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–331； UniProt 1–331

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vbb
沉积日期 deposition_date	2007-09-07
结构标题 title	Isopenicillin N synthase with substrate analogue ACOMP (35minutes oxygen exposure)
关键词 keywords	;OXIDOREDUCTASE, ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS, PENICILLIN BIOSYNTHESIS, IRON, OXYGENASE, VITAMIN C, METAL-BINDING, MONOCYCLIC INTERMEDIATE, B-LACTAM ANTIBIOTIC ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vbb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vbb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vbb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.61 Å
Rg（电子密度）	19.30 Å
总 Rg	20.25 Å
原子数	2688
残基数	329
排除体积	47375 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2vbb__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ISOPENICILLIN N SYNTHETASE
分子量 formula_weight	37563.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.21.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3152

MGSVSKANVPKIDVSPLFGDDQAAKMRVAQQIDAASRDTGFFYAVNHGINVQRLSQKTKEFHMSITPEEKWDLAIRAYNKEHQDQVRAGYYLSIPGKKAVESFCYLNPNFTPDHPRIQAKTPTHEVNVWPDETKHPGFQDFAEQYYWDVFGLSSALLKGYALALGKEENFFARHFKPDDTLASVVLIRYPYLDPYPEAAIKTAADGTKLSFEWHEDVSLITVLYQSNVQNLQVETAAGYQDIEADDTGYLINCGSYMAHLTNNYYKAPIHRVKWVNAERQSLPFFVNLGYDSVIDPFDPREPNGKSDREPLSYGDYLQNGLVSLINKNGQT

来源 Source

来源生物 organism	Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139)
通用名 common_name	Aspergillus nidulans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	227321
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N^6^-{(1R)-2-{[(1S,2R)-1-carboxy-2-hydroxy-2-(methylsulfanyl)ethyl]oxy}-1-[(oxidosulfanyl)methyl]-2-oxoethyl}-6-oxo-L-lysine
分子量 formula_weight	414.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	447

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2vbba_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.2 — Clavaminate synthase-like
家族 Family family	b.82.2.1 — Penicillin synthase-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2vbbA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain

▶

晶胞边长 a length_a	46.655 Å
晶胞边长 b length_b	71.041 Å
晶胞边长 c length_c	100.763 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	58.030 Å
R 因子 r_factor	0.1520
R_work r_work	0.1510
R_free r_free	0.1720

Isopenicillin N synthase with substrate analogue ACOMP (35minutes oxygen exposure)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ISOPENICILLIN N SYNTHETASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vbb__assembly_1__model_1

2vbb__assembly_1__model_1 | I(q)

2vbb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Isopenicillin N synthase with substrate analogue ACOMP (35minutes oxygen exposure)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ISOPENICILLIN N SYNTHETASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vbb__assembly_1__model_1

2vbb__assembly_1__model_1 | I(q)

2vbb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)